การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง
การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองหรือ สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง เป็นความขัดแย้งทางทหารครั้งที่สองระหว่างราชวงศ์โก้นบองแห่งพม่า กับราชวงศ์บ้านพลูหลวงแห่งอยุธยาในการทัพครั้งนี้ กรุงศรีอยุธยาซึ่งเป็นราชธานีคนไทยเกือบสี่ศตวรรษได้เสียแก่พม่าและถึงกาลสิ้นสุดลงไปด้วย เหตุการณ์ได้เกิดขึ้นเมื่อวันอังคาร ขึ้น 9 ค่ำ เดือน 5 ปีกุน ตรงกับวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310

ยุทธนาการนี้เป็นผลพวงของสงครามพระเจ้าอลองพญาเมื่อ พ.ศ. 2303 และอุบัติขึ้นใน พ.ศ. 2308 เมื่อพม่าส่งกองทัพเข้าบุกครองอยุธยาเป็นสองทางแบบคีม ทัพพม่าพิชิตการป้องกันของฝ่ายอยุธยาที่ประกอบด้วยกำลังอันเหนือกว่าแต่ขาดการประสานงานกันได้ และเริ่มล้อมกรุงศรีอยุธยานาน 14 เดือน กระทั่งเดือนมีนาคม พ.ศ. 2310 พระเจ้าเอกทัศทรงยอมเป็นประเทศราชของพม่า แต่พม่าประสงค์ให้ยอมแพ้อย่างไม่มีเงื่อนไขในที่สุด กองทัพพม่าหักเข้าพระนครได้เป็นครั้งที่สองในประวัติศาสตร์ แล้วทำลายล้างพระนคร ทำให้ความสัมพันธ์ไทย-พม่าเสื่อมลงจนถึงปัจจุบัน

การเสียกรุงครั้งนี้ นอกจากจะส่งผลให้อาณาจักรอยุธยาล่มสลายลงแล้ว ตะนาวศรีตอนใต้ยังได้ตกเป็นของพม่าเป็นการถาวร และเกิดความขัดแย้งระหว่างกลุ่มการเมืองในระดับต่าง ๆ จนแทบนำไปสู่การล่มสลายของรัฐไทย อย่างไรก็ดี พม่าจำต้องถอนกำลังส่วนใหญ่ในอาณาจักรอยุธยาเดิมกลับคืนประเทศไปเมื่อถูกจีนบุกครอง จึงเป็นเหตุให้สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีทรงเถลิงอำนาจและตั้งอาณาจักรของคนไทยใหม่

ภูมิหลัง

กำเนิดราชวงศ์คองบอง 

ในช่วงที่ราชวงศ์ตองอูซึ่งปกครองพม่ามาเป็นเวลาประมาณสองร้อยปีนั้นอ่อนแอลง ชาวมอญในพม่าตอนล่างสามารถแยกตัวเป็นอิสระกลายเป็นอาณาจักรหงสาวดีใหม่ขึ้นได้สำเร็จ พระภิกษุมอญสมิงทอพุทธเกตุยึดอำนาจในเมืองหงสาวดีให้แก่ชาวมอญใน พ.ศ. 2283 ชาวมอญจึงยกสมิงทอให้ขึ้นเป็นกษัตริย์แห่งหงสาวดี แต่ทว่าสมิงทออยู่ในราชสมบัติได้เจ็ดปี พญาทะละกรมช้างขุนนางชาวมอญได้กบฏยึดอำนาจจากสมิงทอ ทำให้สมิงทอถูกขับออกจากราชสมบัติและหลบหนีมายังกรุงศรีอยุธยาในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ พญาทะละขึ้นครองราชสมบัติเป็นกษัตริย์มอญแห่งหงสาวดี ฝ่ายพม่าราชวงศ์ตองอู พระมหาธรรมราชาธิบดี กษัตริย์องค์สุดท้ายของราชวงศ์ตองอู มีอำนาจแต่เพียงในพม่าตอนบนเท่านั้นใน พ.ศ. 2295 อุปราชอนุชาของพญาทะละกษัตริย์มอญได้ยกทัพมอญเข้าโจมตีและปิดล้อมเมืองอังวะราชธานีของพม่าราชวงศ์ตองอู ทัพมอญของอุปราชสามารถเข้ายึดเมืองอังวะได้ในที่สุดและจับกุมกษัตริย์พม่ากลับไปยังหงสาวดี

ในระหว่างที่ทัพมอญกำลังล้อมเมืองอังวะอยู่ใน พ.ศ. 2295 นั้น ชาวบ้านนายพรานคนหนึ่งแห่งหมู่บ้านมุกโซโบ ชื่อว่าอองไจยะ หรือ อ่องชัย ได้รวบรวมกำลังชาวพม่าขึ้นต่อต้านกองทัพมอญ และปราบดาภิเษกตนเองเป็นพระเจ้าอลองพญา แปลว่าพระศรีอาริย์ฯ ก่อตั้งราชวงศ์คองบองขึ้น ในเวลานั้นพญาทะละมุ่งเน้นการป้องกันการรุกรานจากสยาม โดยที่ไม่สนใจการสะสมกำลังพลของพระเจ้าอลองพญาในพม่าบน อุปราชมอญส่งแม่ทัพตละปั้นขึ้นมาปราบพระเจ้าอลองพญาแต่พ่ายแพ้กลับไปใน พ.ศ. 2297 พระเจ้าอลองพญาส่งโอรสคือเจ้าชายมังระเข้ายึดเมืองอังวะคืนจากมอญได้สำเร็จ สถาปนาอำนาจของราชวงศ์คองบองขึ้นในพม่าตอนบนได้อย่างมั่นคง ทำให้อุปราชหงสาวดีต้องยกทัพมาด้วยตนเองมาปราบพม่าราชวงศ์ใหม่แต่ไม่สำเร็จ

พระเจ้าอลองพญายกทัพลงใต้ ยึดเมืองแปรได้ใน พ.ศ. 2298 จากนั้นจึงยกเข้าโจมตีป้อมเมืองสีเรียมซึ่งมีชาวอังกฤษและชาวฝรั่งเศสอาศัยอยู่ พระเจ้าอลองพญายึดเมืองสีเรียมได้ ถึงแม้ว่าต้องสูญเสียกำลังพลมาก สังหารหัวหน้าชาวฝรั่งเศสและยึดเรือรบฝรั่งเศส ได้อาวุธยุทโธปกรณ์ฝรั่งเศสประกอบด้วยปืนคาบศิลาและปืนใหญ่รางเกวียนจำนวนมาก ปีต่อมา พ.ศ. 2300 พระเจ้าอลองพญาจึงเข้าโจมตีเมืองหงสาวดี ฝ่ายพญาทะละกษัตริย์มอญตัดสินใจสำเร็จโทษประหารชีวิตพระมหาธรรมราชาธิบดีอดีตกษัตริย์พม่าไปเสีย ทำให้พระเจ้าอลองพญากลายเป็นกษัตริย์พม่าเพียงพระองค์เดียว ฝ่ายพม่าเข้ายึดเมืองหงสาวดีได้ในที่สุด พระเจ้าอลองพญาให้เผาทำลายเมืองหงสาวดีลงอย่างสิ้นเชิง จากนั้นศูนย์กลางของพม่าตอนล่างจึงย้ายไปที่เมืองร่างกุ้ง พญาทะละกษัตริย์มอญและอุปราชอนุชาถูกนำตัวไปกักไว้ที่เมืองร่างกุ้ง 

เมื่อพระเจ้าอลองพญาทรงปราบชาวมอญรวบรวมอาณาจักรพม่าได้สำเร็จแล้ว อังกฤษจึงเข้ามาเจริญสัมพันธไมตรี ในพ.ศ. 2300 บริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษส่งคณะทูตมาเข้าเฝ้าพระเจ้าอลองพญา นำไปสู่สนธิสัญญาอังกฤษ-พม่า พ.ศ. 2300 พระเจ้าอลองพญามีพระราชานุญาติให้อังกฤษเข้ามาตั้งสถานีการค้าที่เมืองพะสิมและเมืองเนกราย (Negrais) และอังกฤษยังสัญญาว่าจะถวายอาวุธปืนกระสุนดินดำแก่พระเจ้าอลองพญาไว้ใช้ทำสงครามอีกด้วย แต่เกิดเหตุในปีต่อมา พ.ศ. 2301 เมื่อพระเจ้าอลองพญากำลังทรงปราบเมืองมณีปุระอยู่นั้น ชาวมอญได้ก่อกบฏขึ้นที่เมืองหงสาวดี เมืองย่างกุ้ง และเมืองสิเรียม เรือรบของอังกฤษชื่อว่าอาร์โคต (Arcot) เข้าโจมตีฝ่ายพม่าที่เมืองย่างกุ้ง ฝ่ายพม่าเข้ายึดเรืออาร์โคตของอังกฤษได้ พระเจ้าอลองพญาทรงปราบบกฏมอญได้สำเร็จในพ.ศ. 2302 ไต่สวนแล้วทราบว่าอังกฤษได้ขายและส่งมอบอาวุธปืนให้แก่กบฏมอญ พระเจ้าอลองพญาจึงมีพระราชโองการให้นำทัพเข้ายึดและทำลายสถานีการค้าของอังกฤษที่เมืองเนกรายที่ปากแม่น้ำพะสิม ฝ่ายพม่าเข้าสังหารชาวยุโรปสิบคนและชาวอินเดียร้อยคนที่ทำงานให้แก่บริษัทอินเดียฯที่เมืองเนกราย ความสัมพันธ์ระหว่างพม่าและอังกฤษจึงชะงักลงชั่วคราว

ปัจจัยและเหตุการณ์ภายในอยุธยา 
นับตั้งแต่การปฏิวัติสยาม พ.ศ. 2231 พระเพทราชาได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นกษัตริย์อยุธยาและเป็นจุดเริ่มต้นของราชวงศ์บ้านพลูหลวง อยุธยาในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวงมีความขัดแย้งทางการเมืองความไม่สงบภายในหลายครั้ง ได้แก่ กบฏเมืองนครราชสีมาและนครศรีธรรมราชในช่วงต้นรัชสมัยของสมเด็จพระเพทราชา กบฏธรรมเถียรเมื่อ พ.ศ. 2237 กบฏบุญกว้าง พ.ศ. 2241 เหตุการณ์สงครามกลางเมืองระหว่างกรมพระราชวังบวรสถานมงคลเจ้าฟ้าพร กับเจ้าฟ้าอภัยเจ้าฟ้าปรเมศร์โอรสของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระใน พ.ศ. 2276 เมื่อเจ้าฟ้าพรได้รับชัยชนะแล้วจึงปราบดาภิเษกครองราชสมบัติเป็นสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ

ลดอำนาจหัวเมือง 
หลังจาก พ.ศ. 2130 ไม่มีทัพพม่ายกมาถึงชานกรุงศรีอยุธยาอีก และหลังจากสงครามยุทธหัตถี พ.ศ. 2135 ไม่ปรากฏว่ามีการรุกรานของพม่าที่เป็นภัยอันตรายร้ายแรงต่ออาณาจักรอยุธยาอีกเป็นระยะเวลายาวนาน หลังจากรัชสมัยของสมเด็จพระนเรศวรฯ อยุธยาเข้าสู่ยุคสมัยแห่งความขัดแย้งภายในและการแย่งชิงราชสมบัติ เกิดจากการที่เจ้านายและขุนนางมีอำนาจเพิ่มมากขึ้นในต้นรัชสมัยของสมเด็จพระเพทราชา มีการกบฏของเจ้าเมืองนครราชสีมาและนครศรีธรรมราช ที่ต้องใช้เวลาหลายปีกว่าจะสามารถปราบลงได้สำเร็จ กษัตริย์อยุธยาราชวงศ์บ้านพลูหลวงจึงมีนโยบายขยายอำนาจของราชสำนักส่วนกลางออกไปยังหัวเมือง ด้วยการให้สมุหนายกควบคุมหัวเมืองฝ่ายเหนือ และให้สมุหกลาโหมควบคุมหัวเมืองฝ่ายใต้ แต่นโยบายนี้สุดท้ายแล้วทำให้ราชสำนักอยุธยาสูญเสียอำนาจในหัวเมืองเนื่องจากไม่ได้รับความร่วมมือจากขุนนางท้องถิ่น ราชสำนักอยุธยาไม่สามารถควบคุมกำลังพลในหัวเมืองได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้หากมีข้าศึกศัตรูรุกรานราชสำนักอยุธยาจึงไม่สามารถเรียกเกณฑ์กำลังพลมาป้องกันพระนครและพระราชอาณาจักรได้อย่างเต็มที่ ประกอบกับนโยบายลดอำนาจหัวเมือง ทำให้หัวเมืองมีกำลังไม่เพียงพอไม่สามารถเป็นปราการหน้าด่านสำหรับพระนครได้ ยุทธวิถีการรับศึกพม่าที่เป็นไปได้จึงเป็นการตั้งรับศึกอยู่ที่พระนครศรีอยุธยาแต่เพียงเท่านั้น

อย่างไรก็ตาม ระบบโครงสร้างอำนาจและการปกครองของอยุธยาสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวงนั้น เป็นไปเพื่อการสร้างเสถียรภาพภายในและป้องกันการกบฏเป็นหลัก ไม่ได้เป็นไปเพื่อเตรียมการตั้งรับการรุกรานของศัตรูจากภายนอก ภัยคุกคามจากผู้รุกรานภายนอกมีความสำคัญน้อยกว่าปัญหาภายในสำหรับอยุธยา

ความเสื่อมของระบบการเกณฑ์ไพร่ 
เมื่อสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศเสด็จขึ้นครองราชสมบัติเมื่อ พ.ศ. 2276 ทรงตั้งกรมเจ้านายขึ้นหลายกรมเพื่อควบคุมกำลังพลของเจ้านายแต่ละพระองค์ เป็นการป้องกันความขัดแย้งระหว่างเจ้านายและป้องการการแย่งชิงราชสมบัติ ความขาดแคลนกำลังพลของอยุธยา แสดงให้เห็นในจดหมายเหตุงานพระศพกรมหลวงโยธาเทพเมื่อ พ.ศ. 2278 ปรากฏว่าขาดคนแห่ในขบวนพระศพ 60 คน พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศต้องทรงให้ทหารกรมล้อมพระราชวังไปเดินขบวนแห่ทดแทน

ในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวงมีความเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจ คือ การค้าขายกับจีนราชวงศ์ชิงเจริญขึ้นมา โดยเฉพาะการส่งออกข้าว สยามเป็นผู้ส่งออกข้าวให้แก่จีนที่สำคัญอันดับต้นโดยผ่านทางพ่อค้าชาวจีนแต้จิ๋ว ไพร่ในภาคกลางตอนล่างปลูกข้าวเพื่อส่งออก เศรษฐกิจส่งออกที่เจริญรุ่งเรืองขึ้นทำให้เศรษฐกิจภายในของสยามเติบโตขึ้นเป็นผลตามมา บรรดาไพร่ราษฏรมีรายได้มากขึ้นจากการค้าขาย นำไปสู่กำเนิด"ไพร่มั่งมี" หรือชนชั้นกลางกระฎุมพีขึ้น แต่แรงงานไพร่เหล่านี้อยู่ภายใต้ระบบการเกณฑ์ไพร่เข้าเดือนออกเดือน ไพร่ในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวงจึงหลีกเลี่ยงการเกณฑ์แรงงานของราชสำนัก ออกไปทำผลผลิตค้าขายสร้างรายได้ให้แก่ตนเอง ทำให้ระบบการควบคุมกำลังพลของอยุธยาเสื่อมถอยลง ไพร่มีเงินสามารถเสียเงินค่าส่วยเป็นค่าราชการแทนที่การเกณฑ์แรงงานได้มากขึ้น หรือแม้แต่จ้างผู้อื่นให้ไปรับราชการแทนตนเอง ไพร่หลวงที่ยังคงรับราชการอยู่จึงมีภาระหน้าที่หนัก จนสุดท้ายต้องหลบหนีออกจากระบบราชการไป ดังปรากฏในพระราชกำหนดเก่า พ.ศ. 2291 รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ;

พระราชกำหนดเก่าอีกฉบับ พ.ศ. 2291 ระบุว่าไพร่ก่นสร้างแผ้วถางทำนากันมากขึ้น แสดงถึงเศรษฐกิจการปลูกข้าวที่ขยายตัวใน พ.ศ. 2285 พระยาราชภักดี (สว่าง) สมุหนายก ได้ออกเกลี้ยกล่อมบรรดาไพร่ที่หลบหนีการเกณฑ์ราชการตามแขวงเมืองต่างๆในภาคกลางตอนล่าง ปรากฏว่าสามารถเกลี้ยกล่อมไพร่นอกราชการให้กลับเข้ามารับราชการได้เป็นจำนวนหลายหมื่นคน ความเสื่อมถอยลงของระบบการควบคุมกำลังพลของอยุธยาในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวง เกิดจากการที่ราชสำนักอยุธยาไม่สามารถปฏิรูปและปรับตัวต่อความเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจและสังคมทั้งภายนอกและภายในได้

ความขัดแย้งทางการเมืองภายในอยุธยา 
ในรัชสมัยของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ เจ้านายมูลนายขุนนางพ่อค้าจีนขยายประโยชน์ของตนเองจนเกินขอบเขต มีการทุจริตกินสินบนในราชการทุกระดับอย่างกว้างขวางทั้งในพระนครและหัวเมือง ดังพระราชกำหนดเก่าเรื่องคุณสมบัติของข้าราชการเมื่อ พ.ศ. 2283;

ใน พ.ศ. 2283 พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศทรงออกพระราชกำหนดหลายฉบับเพื่อควบคุมการขยายอิทธิพลและผลประโยชน์ของเจ้านาย ได้แก่ พระราชกำหนดห้ามเจ้านายมิให้ส่งมหาดเล็กถือตรากรมไปพิจารณาคดีความในหัวเมือง ห้ามมิให้เจ้านายออกคำสั่งขัดแย้งกับพระราชโองการ ห้ามมิให้เจ้าต่างกรมถือหนังสือปิดตรากรมออกไปหัวเมืองเพื่อบังคับเอาเงินทอง

รัชสมัยของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ เหตุการณ์ทางการเมืองค่อนข้างเป็นไปด้วยความสงบ เป็นยุค"บ้านเมืองดี" จนกระทั่งเมื่อเจ้าพระยาชำนาญบริรักษ์ (อู่) ถึงแก่อสัญกรรมเมื่อ พ.ศ. 2296 จึงเกิดความขัดแย่งในหมู่เจ้านายพระโอรสของพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศใน พ.ศ. 2298 กรมพระราชวังบวรฯเจ้าฟ้าธรรมาธิเบศร์มีพระบัณฑูรให้นำตัวข้าในกรมของเจ้าสามกรมได้แก่ กรมหมื่นจิตรสุนทร กรมหมื่นสุนทรเทพ และกรมหมื่นเสพภักดี มาลงพระอาญาโบยตี เนื่องจากเจ้าสามกรมได้แต่งตั้งข้าในกรมเกินศักดิ์ให้มียศเป็นขุน สูงเกินกว่ากรมหมื่น เป็นเหตุให้กรมหมื่นสุนทรเทพ กราบทูลสมเด็จพระเจ้าอยู่บรมโกศ ว่ากรมพระราชวังบวรฯเป็นชู้ด้วยข้างในกับเจ้าฟ้านิ่มเจ้าฟ้าสังวาลย์ สมเด็จพระเจ้าอยู่บรมโกศทรงลงพระราชอาญาให้เฆี่ยนกรมพระราชวังบวรฯ 4 ยก 180 ที จึงสิ้นพระชนม์ ส่วนเจ้าฟ้านิ่มและเจ้าฟ้าสังวาลย์ ทรงให้เฆี่ยน 1 ยก 30 ที ต่อมาเจ้าฟ้าสังวาลย์จึงได้สิ้นพระชนม์

เมื่อกรมพระราชวังบวรฯเจ้าฟ้าธรรมาธิเบศร์สิ้นพระชนม์แล้ว ต่อมาใน พ.ศ. 2300 กรมหมื่นเทพพิพิธ พร้อมทั้งเจ้าพระยาอภัยราชา (ประตูจีน) สมุหนายก เจ้าพระยากลาโหมคลองแกลบสมุหกลาโหม และพระยาพระคลัง กราบทูลเสนอให้ทรงตั้งเจ้าฟ้ากรมขุนพรพินิตหรือเจ้าฟ้าอุทุมพรขึ้นเป็นกรมพระราชวังบวรสถานมงคล ฝ่ายเจ้าฟ้าอุทุมพรกราบทูลพระราชบิดาว่ายังมีเจ้าพี่คือกรมขุนอนุรักษ์มนตรีเจ้าฟ้าเอกทัศอยู่ พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศจึงตรัสตอบว่า "กรมขุนอนุรักษมนตรีนั้นโฉดเขลาหาสติปัญาแลความเพียรมิได้ ถ้าจะให้ดำรงถานาศักดิ์มหาอุปราชสำเรจ์ราชการกึ่งหนึ่งนั้น บ้านเมืองก็จะวิบัติ์ ฉิบหายเสีย เหนแต่กรมขุนพรพินิจ กอปด้วยสติปัญาเฉลียวฉลาดหลักแหลม สมควรจะดำรงเสวตรฉัตรครองสมบัติรักษาแผ่นดินสืบไปได้" และพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศยังมีพระราชโองการให้แก่กรมขุนอนุรักษ์มนตรีว่า "จงไปบวดเสียอย่าให้กีดขวาง" กรมขุนอนุรักษ์มนตรีเจ้าฟ้าเอกทัศจึงทรงออกผนวชประทับอยู่ที่วัดละมุดปากจั่น เจ้าฟ้าอุทุมพรจึงอุปราชาภิเษกขึ้นเป็นกรมพระราชวังบวรสถานมงคล

สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศเสด็จสวรรคตเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2301 เมื่อกรมหมื่นจิตรสุนทรทราบว่ากรมขุนอนุรักษ์มนตรีที่ผนวชอยู่นั้นได้มาประทับอยู่ที่ตำหนักสวนกระต่าย สถานที่ซึ่งเจ้าฟ้าอุทุมพรได้เรียกข้าทูลละอองฯทั้งปวงไปประชุมนั้น กรมหมื่นสุนทรเทพจึงสั่งให้กำลังพลปีนข้ามกำแพงวังเข้าทลายโรงแสงนำปืนออกมาสมทบกับกองกำลังของกรมหมื่นจิตรสุนทร เป็นเหตุให้พระราชาคณะห้ารูป ไปพูดเจรจาให้เจ้าสามกรมยินยอมสงบศึก เจ้าสามกรมจึงเข้าเฝ้าเจ้าฟ้าอุทุมพรและเจ้าฟ้าเอกทัศ แต่ปรากฏว่าเจ้าฟ้าเอกทัศได้เตรียมแผนการจับกุมเจ้าสามกรมไว้ เจ้าสามกรมได้แก่ กรมหมื่นจิตรสุนทร กรมหมื่นสุนทรเทพ และกรมหมื่นเสพภักดี ถูกจับกุมขังไว้ แล้วเจ้าฟ้าเอกทัศกรมขุนอนุรักษ์มนตรีจึงมีพระบัญชาให้สำเร็จโทษเจ้าสามกรมด้วยท่อนจันทน์ตามประเพณี

กรมพระราชวังบวรฯเจ้าฟ้าอุทุมพรจึงรับราชสมบัติเป็นพระเจ้าอุทุมพรกษัตริย์อยุธยาองค์ต่อมา ส่วนเจ้าฟ้าเอกทัศกรมขุมอนุรักษ์มนตรีไปประทับที่พระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ ไม่เสด็จกลับไปที่วัดที่ได้ผนวชอยู่ เนื่องจากกรมขุนอนุรักษ์มนตรีปรารถนาในราชสมบัติ เป็นการกดดันต่อพระเจ้าอุทุมพร จนกระทั่งหนึ่งเดือนต่อมาพฤษภาคม พ.ศ. 2301 พระเจ้าอุทุมพรจึงทรงเวนราชสมบัติให้แก่กรมขุนอนุรักษ์มนตรีพระเชษฐา ให้ขึ้นครองราชสมบัติเป็นสมเด็จพระเจ้าเอกทัศ เป็นพระมหากษัตริย์พระองค์สุดท้ายแห่งกรุงศรีอยุธยา โดยที่พระเจ้าอุทุมพรทรงสละราชสมบัติแล้วออกผนวชประทับอยู่ที่วัดประดู่ทรงธรรม พระเจ้าอุทุมพรจึงทรงได้รับสมัญญานามว่า"ขุนหลวงหาวัด" ส่วนกรมหมื่นเทพพิพิธนั้นออกผนวชเพื่อหลบเลี่ยงภัยทางการเมือง พระเจ้าเอกทัศน์ทรงตั้งนายปิ่นและนายฉิม พี่ชายของเจ้าจอมเพ็ง เป็นพระยาราชมนตรีจางวางมหาดเล็ก และจมื่นศรีศรรักษ์ตามลำดับ

ต่อมาในเดือนสิบสองเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2301 กลุ่มขุนนางได้แก่ เจ้าพระยาอภัยราชาสมุหนายก พระยายมราช พระยาเพชรบุรี ซึ่งไม่พอใจที่ถูกพระยาราชมนตรี (ปิ่น) และจมื่นศรีศรรักษ์ (ฉิม) หมิ่นประมาทได้รับความเจ็บแค้น จึงวางแผนก่อกบฏต่อพระเจ้าเอกทัศน์ หมายจะยกราชสมบัติให้แก่พระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัด โดยไปปรึกษาให้กรมหมื่นเทพพิพิธที่ผนวชอยู่นั้นเข้าร่วมด้วย กรมหมื่นเทพพิพิธจึงนำคณะผู้ก่อการไปเข้าเฝ้าพระเจ้าอุทุมพร กราบทูลแผนการให้ทรงทราบ แต่พระเจ้าอุทุมพรไม่ทรงพระประสงค์จะยึดราชสมบัติมาเป็นของพระองค์เอง จึงนำความกบฏไปทูลแก่พระเจ้าเอกทัศน์พระเชษฐา ขอถวายชีวิตว่าอย่าให้ทรงลงพระอาญากบฏเหล่านี้ถึงแก่ความตาย พระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้จับกุมคณะผู้ก่อการกบฏ จับได้เจ้าพระยาอภัยราชา พระยายมราช และพระยาเพชรบุรี กุมขังไว้ ส่วนกรมหมื่นเทพพิพิธนั้นเสด็จหลบหนีไปทางตะวันตก แต่ถูกจับกุมได้ที่พระแท่นดงรัง บังเอิญเวลานั้นเรือฮอลันดาที่ได้นำราชทูตที่ไปลังกาได้กลับมาถึงกรุงศรีอยุธยาพอดี พระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้ส่งกรมหมื่นเทพพิพิธฝากเรือกำปั่นฮอลันดานั้นเนรเทศไปเมืองลังกาเสียในคราวเดียว ฝ่ายพระยาพระคลังนั้นถูกต้องสงสัยว่ามีส่วนช่วยให้กรมหมื่นเทพพิพิธหลบหนี พระยาพระคลังจึงได้ถวายเงินขอพระราชทานอภัยโทษ สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์จึงพระราชอภัยโทษแก่พระยาพระคลัง พร้อมทั้งแต่งตั้งพระยาพระคลังขึ้นเป็น"เจ้าพระยาพระคลังว่าที่สมุหนายก"

นับตั้งแต่ พ.ศ. 2301 สืบมา อันเป็นรัชกาลสมเด็จพระเจ้าเอกทัศนั้น ได้มีหลักฐานบรรยายสภาพบ้านเมืองในช่วงเวลานั้นอยู่หลายมุมมอง หลักฐานฝ่ายไทยสมัยหลังส่วนใหญ่อธิบายไว้ทำนองว่าในรัชกาลนี้ ข้าราชการระส่ำระสาย บางคนลาออกจากราชการ และมีบาทหลวงฝรั่งเศสเขียนจดหมายเหตุว่าในยามนั้น "...บ้านเมืองแปรปรวน เพราะฝ่ายใน [พระราชชายา] ได้มีอำนาจเท่ากับพระเจ้าแผ่นดิน ผู้มีความผิดฐานกบฏ ฆ่าคนตาย เอาไฟเผาบ้านเรือน จะต้องได้รับโทษถึงประหารชีวิต แต่ความโลภของฝ่ายในให้เปลี่ยนเป็นริบทรัพย์สิน ริบได้ก็ตกเป็นของฝ่ายในทั้งสิ้น พวกข้าราชการเห็นความโลภของฝ่ายใน ก็แสวงหาผลประโยชน์กับผู้ต้องหาคดีให้ได้มากที่สุดที่จะหาได้ จะได้แบ่งเอาบ้าง ความเดือดร้อนลำเค็ญก็ยิ่งทับถมราษฎรมากขึ้น..." เป็นต้น ขณะที่หลักฐานอีกฝ่ายหนึ่งมีว่าไว้ถึงพระราชกิจของพระเจ้าเอกทัศที่ถูกมองข้าม และมิได้มองว่า พระเจ้าเอกทัศทรงมีความประพฤติย่ำแย่เช่นนั้นเลย แต่ว่า พระองค์ "ทรงทำนุบำรุงพระพุทธศาสนา บ้านเมืองสงบ การค้าขายเจริญ ทรงบริจาคทรัพย์ให้แก่คนยากจนจำนวนมาก" เป็นต้น

สงครามพระเจ้าอลองพญา 

ในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวง เมืองทวายเป็นของพม่า ในขณะที่เมืองมะริดและตะนาวศรีเป็นของกรุงศรีอยุธยา เมื่อชาวมอญเป็นกบฏต่อพม่าสถาปนาอาณาจักรหงสาวดีขึ้นใน พ.ศ. 2286 เจ้าเมืองเมาะตะมะเข้ามาขอพึ่งพระบรมโพธิสมภารสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ กรุงศรีอยุธยาจึงสามารถเข้าครอบครองทวายได้ ทวายมะริดและตะนาวศรีทั้งหมดอยู่ภายใต้อำนาจของอยุธยา ต่อมาเมื่อพระเจ้าอลองพญาเข้ายึดเมืองหงสาวดีได้ใน พ.ศ. 2300 เมืองเมาะตะมะและทวายจึงกลับไปขึ้นกับพม่าตามแต่เดิม เมื่อพระเจ้าอลองพญาเลิกทัพกลับไปพม่าตอนบน ชาวมอญในพม่าตอนล่างก็กลับเป็นกบฏขึ้นอีกในปีต่อมา พ.ศ. 2301 เข้าโจมตีเมืองสีเรียม กบฏมอญครั้งนี้ถูกปราบลงได้ หัวหน้ากบฏชาวมอญจึงลงเรือฝรั่งเศสที่เมืองสีเรียมเพื่อหลบหนี แต่ถูกลมซัดมาติดฝั่งเมืองมะริด ฝ่ายพม่าจึงมีสาส์นมาขอให้กรุงศรีอยุธยาส่งเรือฝรั่งเศสที่มีหัวหน้ากบฏมอญหลับไปให้แก่พม่า แต่ฝ่ายสยามตอบว่าเรือฝรั่งเศสมาจอดที่เมืองมะริดไม่ได้มีความผิดอันใด ไม่มีเหตุผลที่ต้องส่งเรือนั้นไปให้แก่พม่า ฝ่ายพม่าจึงเห็นว่าสยามกรุงศรีอยุธยาคอยให้ความช่วยเหลือแก่ชาวมอญให้เป็นปฏิปักษ์ต่อพม่าเสมอมา พื้นที่เมืองทวายมะริดและตะนาวศรีจึงกลายเป็นพื้นที่แข่งขันอำนาจกันระหว่างพม่าและสยาม

เมื่อพระเจ้าอลองพญาสามารถปราบชาวมอญ สถาปนาอำนาจขึ้นเป็นใหญ่ในพม่าได้แล้ว จึงมีนโยบายเข้าโจมตีเพื่อพิชิตอยุธยา ตามคติพระจักรพรรดิราชอธิราชผู้เป็นใหญ่เหนือราชาทั้งปวง พระเจ้าอลองพญาเสด็จยกทัพมาโจมตีกรุงศรีอยุธยา ยกจากเมืองรัตนสิงห์ราชธานีในกลางปี พ.ศ. 2302 ลงมาเมืองร่างกุ้ง พระเจ้าอลองพญาทรงทราบข่าวว่าสยามได้ยึดเมืองทวายไว้อีกครั้งและเรือการค้าของพม่าที่เมืองทวายถูกสยามยึดไว้ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2303 พระเจ้าอลองพญาจึงนำทัพเข้ายึดเมืองเมาะตะมะและเมืองทวายได้ ฝ่ายราชสำนักอยุธยาจึงจัดทัพมารับศึกพม่า ให้พระยายมราชเป็นทัพหลวง ให้พระยาเพชรบุรี (เรือง) เป็นทัพหน้า ไปตั้งรับพม่าที่เมืองมะริด ให้พระยารัตนาธิเบศร์เสนาบดีกรมวัง รวมทั้งขุนรองปลัดชูเป็นกองอาทมาต ยกเป็นทัพหนุนไปอีกทัพหนึ่ง ทัพหน้าของพระเจ้าอลองพญา นำโดยมังฆ้องนรธาและเจ้าชายมังระพระโอรส สามารถเข้ายึดเมืองมะริดและตะนาวศรีได้อย่างรวดเร็ว พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้จัดทัพไปตั้งรับพม่าที่ทางท่ากระดานกาญจนบุรีและเชียงใหม่ด้วย ทั้งที่พม่ายกมาทางเมืองกุยบุรีทางเดียว แสดงถึงการข่าวสงครามที่ผิดพลาดและไม่แม่นยำ

 ฝ่ายพระยายมราชไปไม่ทันที่เมืองมะริดจึงตั้งรับที่แก่งตุ่ม พระยารัตนาธิเบศร์ตั้งรับที่กุยบุรี ทัพพม่ายกข้ามด่านสิงขรมาตีทัพของพระยายมราชที่แก่งตุ่มแตกพ่าย พระยารัตนธิเบศร์ส่งขุนรองปลัดชูไปรบกับพม่าที่หว้าขาว ในการรบที่หว้าขาว ได้เกิดวีรกรรมของขุนรองปลัดชู ถือดาบสองมือสู้กับพม่าจนถึงตะลุมบอน สุดท้ายขุนรองปลัดชูพ่ายแพ้ ทั้งพระยายมราชและพระยารัตนาธิเบศร์จึงถอยทัพกลับกรุงศรีอยุธยา
 ทัพพม่าเข้ายึดเมืองกุยบุรี ปรานบุรี เพชรบุรี ได้อย่างรวดเร็ว
 มังฆ้องนรธาพบกับทัพกรุงศรีอยุธยาของเจ้าพระยาพระคลังที่ราชบุรี ในการรบที่ราชบุรี มังฆ้องนรธาแม่ทัพพม่าเกือบพ่ายแพ้ให้แก่ทัพสยาม แต่เจ้าชายมังระนำทัพหนุนมาช่วยเหลือได้ทันเวลา จากนั้นทัพพม่าเข้ายึดเมืองสุพรรณบุรีอีก
 เมื่อพ่ายแพ้แก่พม่าที่ราชบุรี บรรดาขุนนางและราษฎรจึงอัญเชิญให้พระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัดออกจากผนวชมาช่วยป้องกันบ้านเมือง พระเจ้าอุทุมพรจึงทรงให้ถอดปล่อยตัวเจ้าพระยาอภัยราชาสมุหนายกคนเก่า พระยายมราชเก่า และพระยาเพชรบุรีเก่า ให้ออกมาช่วยรับศึก รวมทั้งพิจารณาโทษพระยาราชมนตรี (ปิ่น) และจมื่นศรีศรรักษ์ (ฉิม) ลงพระราชอาญาเฆี่ยนจนพระยาราชมนตรี (ปิ่น) เสียชีวิต พระเจ้าอุทุมพรทรงให้เตรียมการป้องกันพระนคร
 พระเจ้าอุทุมพรมีพระราชโองการให้เจ้าพระยากลาโหมคลองแกลบเป็นแม่ทัพ พร้อมทั้งพระยารัตนาธิเบศร์ พระยายมราชเก่า นำทัพไปตั้งรับพม่าที่บ้านลานที่แม่น้ำตาลาน หรือแม่น้ำน้อย หรือลำน้ำปากไห่ตาลาน (อำเภอผักไห่ พงศาวดารไทยเรียกว่า ลำน้ำเอกราช) ในการรบที่ลำน้ำตาลาน ขณะที่ทัพหน้าพม่าของเจ้าชายมังระกำลังข้ามแม่น้ำตาลานนั้น ทัพสยามได้ยิงปืนระดมใส่ทัพพม่าล้มตาย ทัพพม่ากำลังจะพ่ายแพ้แต่ทัพหลวงของพระเจ้าอลองพญามาถึงได้ทันเวลา ตีทัพสยามที่แม่น้ำตาลานแตกพ่ายไป เจ้าพระยากลาโหมคลองแกลบควบม้าหนีแต่ถูกหอกพม่าซัดแทงกลางหลังถึงแก่อสัญกรรม พระยายมราชเก่าถูกหอกหลายที่เสียชีวิตเช่นกัน

ทัพพม่าของพระเจ้าอลองพญาเดินทางถึงชานกรุงศรีอยุธยาในเดือนเมษายน พ.ศ. 2303 พม่าตั้งทัพที่บ้านกุ่มบ้านกระเดื่อง (อำเภอบางบาล) ทัพหน้าตั้งที่โพธิ์สามต้น ทางทิศเหนือของพระนคร แล้วนำกำลังเข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ บรรดาราษฎรและพ่อค้าริมคูเมืองต่างถอยเรือของตนไปรวมกันแออัดที่ท้ายคูทางฝั่งทิศใต้ พม่าเข้าโจมตีสังหารชาวบ้านและพ่อค้าวาณิชย์ที่ท้ายคูล้มตายจำนวนมาก นิโคลัส บัง (Nicolas Bang) หัวหน้าสถานีการค้าฮอลันดาในอยุธยา จมน้ำเสียชีวิตขณะกำลังหนีพม่า พม่านำปืนใหญ่ตั้งขึ้นยิงใส่พระนคร ถูกพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์ยอดปราสาททลายพังลง แต่ทว่าในตอนนี้ฝ่ายกรุงศรีอยุธยามีความได้เปรียบ เนื่องจากกำลังจะเข้าถึงฤดูฝนน้ำกำลังจะหลากท่วมชานกรุงศรีอยุธยา ถ่วงเวลาไว้พม่าจะตั้งทัพอยู่ไม่ได้และต้องถอยทัพไปในที่สุด พงศาวดารพม่าระบุว่าพระเจ้าอลองพญาประชวร ในขณะที่พงศาวดารไทยระบุว่าพระเจ้าอลองพญาทรงถูกปืนใหญ่แตกระเบิดได้รับบาดเจ็บ เจ้าชายมังระจึงเสนอให้ถอยทัพ พระเจ้าอลองพญาจึงทรงให้มังฆ้องนรธาอยู่รักษาทัพพม่าแนวหลังที่อยุธยาไว้ แล้วพระเจ้าอลองพญาจึงถอยทัพออกจากอยุธยากลับไปทางด่านเมืองตากในเดือนพฤษภาคม สุดท้ายพระเจ้าอลองพญาประชวรสิ้นประชนม์ที่ตำบลตะเมาะกะโลกระหว่างเมืองเมียวดีกับแม่น้ำสาละวิน กรุงศรีอยุธยาจึงรอดพ้นจากกองทัพพม่าในคราวนี้ได้ครั้งหนึ่ง

เหตุการณ์ในพม่าและสยาม 
เมื่อพระเจ้าอลองพญาสิ้นพระชนม์ เจ้าชายมังลอกโอรสองค์โตของพระเจ้าอลองพญาจึงขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระเจ้ามังลอกหรือพระเจ้านองดอจี้ กษัตริย์พม่าองค์ต่อมา แต่พม่าได้เข้าสู่สภาวะความขัดแย้งภายในต่างๆได้แก่

 มังฆ้องนรธา แม่ทัพคนสำคัญที่พระเจ้าอลองพญามอบหมายให้เป็นกองหลังขณะถอยทัพกลับนั้น ขณะที่มังฆ้องนรธากำลังถอยทัพคืนจากอยุธยากลับพม่า พระเจ้ามังลอกซึ่งเป็นอริกับมังฆ้องนรธาแต่เดิม ได้มีพระราชโองการให้เจ้าชายสะโดมหาสิริอุจนาเจ้าเมืองตองอู ทำการจับกุมมังฆ้องนรธาที่เมืองตองอูแต่ไม่สำเร็จ มังฆ้องนรธาจึงกบฏขึ้นเข้ายึดเมืองอังวะ พระเจ้ามังลอกส่งทัพไปยึดเมืองอังวะคืนได้สังหารมังฆ้องนรธา
 เจ้าชายสะโดมหาสิริอุจนา ผู้เป็นเจ้าเมืองตองอูและเป็นอนุชาของพระเจ้าอลองพญา ได้กบฏขึ้นที่เมืองตองอูโดยสมคบคิดกับตละปั้นแม่ทัพมอญ ซึ่งได้หลบหนีไปเชียงใหม่และได้กลับมาที่เมาะตะมะ พระเจ้ามังลอกส่งทัพยึดเมืองตองอูได้ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2305 อำนาจของราชวงศ์คองบองในพม่าจึงมั่นคงขึ้นอีกครั้งหนึ่ง
ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาเมื่อพระเจ้าอลองพญาถอยทัพกลับไปใน พ.ศ. 2303 รอดพ้นจากทัพพม่าไปได้คราวหนึ่ง ก็กลับสู่ความขัดแย้งทางการเมืองอีกครั้ง เนื่องจากในขณะนั้นอยุธยามีกษัตริย์สองพระองค์ คือ สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ และสมเด็จพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัด พระเจ้าอุทุมพรได้ทรงกำจัดศัตรูทางการเมืองคือขุนนางฝ่ายพระเจ้าเอกทัศน์ไปหลังจากที่ทรงลาผนวชออกมาช่วยราชการสงคราม โดยเฉพาะพระยาราชมนตรี (ปิ่น) ซึ่งถูกลงพระอาญาจนสิ้นชีวิต ในเดือนแปดข้างขึ้น (มิถุนายน) พ.ศ. 2303 พระเจ้าเอกทัศน์ทรงให้พระเจ้าอุทุมพรเข้าเฝ้า พระเจ้าอุทุมพรทอดพระเนตรเห็นพระเจ้าเอกทัศน์ทรงวางพระแสงดาบถอดพาดพระเพลาอยู่ พระเจ้าอุทุมพรจึงเสด็จลงเรือพระที่นั่งไปวัดโพธิ์ทองคำหยาด เพื่อทรงออกผนวชงดเว้นจากการเมือง แล้วเสด็จกลับมาประทับที่วัดประดู่ทรงธรรมอีกครั้งหนึ่ง ต่อมา พ.ศ. 2304 เจ้าพระยาพระคลังว่าที่สมุหนายกได้ออกบวชตามพระเจ้าอุทุมพรออกไปเช่นกัน

ใน พ.ศ. 2300 เมื่อมอญได้เสียเมืองหงสาวดีให้แก่พระเจ้าอลองพญานั้น ชาวมอญ 1,000 คน ได้อพยพเข้ามาพึ่งพระบรมโพธิสมภารที่กรุงศรีอยุธยาในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2304 ชาวมอญกลุ่มนี้จำนวน 600 คน ได้ก่อกบฏขึ้น ยกออกไปตั้งอยู่ที่เขานางบวชแขวงเมืองนครนายก พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้พระยาศรีราชเดโชยกทัพกรุง 2,000 คน ออกไปปราบกบฏมอญ ฝ่ายมอญไม่มีอาวุธปืนมีแต่เพียงไม้เหลาเป็นอาวุธ สามารถเอาชนะทัพกรุงศรีฯได้ แสดงถึงความขาดประสิทธิภาพของกองกำลังอยุธยา จนพระเจ้าเอกทัศน์ต้องทรงส่งพระยายมราชและพระยาเพชรบุรี (เรือง) นำทัพออกไปอีก 2,000 คน และพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัดได้ทรงจัดให้ข้าราชการเก่าของพระองค์เข้าช่วยร่วมด้วย จึงสามารถปราบกบฏมอญได้ พระเจ้าอุทุมพรทรงตำหนิแม่ทัพนายกองของพระเจ้าเอกทัศน์ว่าทำการรบอ่อนแอ

ฝ่ายกรมหมื่นเทพพิพิธซึ่งได้ถูกเนรเทศลงเรือฮอลันดาไปเมืองลังกานครสิงขัณฑ์หรือเมืองแคนดีนั้น ต่อมาพระเจ้ากิตติศิริราชสีห์แห่งลังกาทรงมีความขัดแย้งกับฮอลันดา บรรดาขุนนางลังกามีความไม่พอใจต่อพระเจ้ากิตติเนื่องจากราชวงศ์นายักของพระองค์สืบเชื้อสายมาจากชาวทมิฬอินเดียใต้ ใน พ.ศ. 2303 ฮอลันดาจึงคบคิดกันกับขุนนางลังกาและพระสงฆ์นิกายสยามวงศ์ วางแผนปลงพระชนม์พระเจ้ากิตติศิริราชสีห์ และมอบราชสมบัติให้แก่กรมหมื่นเทพพิพิธเจ้าจากสยามเป็นกษัตริย์แห่งสิงขัณฑนครแทน แต่พระเจ้ากิตติศิริราชสีห์ทรงล่วงรู้แผนการกบฏนี้เสียก่อน จึงลงพระราชอาญากลุ่มกบฏนี้แล้วเนรเทศกรมหมืนเทพพิพิธลงเรือฮอลันดาออกจากลังกาไปเสีย กรมหมื่นเทพพิพิธพร้อมทั้งพระวงศ์ลงเรือไปประทับที่เมืองชายฝั่งอินเดียใต้ จนกระทั่งทราบข่าวลือว่ากรุงศรีอยุธยาได้เสียให้แก่ข้าศึกพม่าแล้ว จึงลงเรือฮอลันดากลับคืนสู่สยามเทียบท่าที่เมืองมะริดใน พ.ศ. 2305 สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ เมื่อทรงทราบว่ากรมหมื่นเทพพิพิธได้เสด็จกลับมาอยู่ที่เมืองมะริด จึงทรงพระพิโรธ ประกอบกับพระยาเพชรบุรีคนเก่า ซึ่งฝักใฝ่พระเจ้าอุทุมพรและได้เคยเป็นกบฏติดคุกแล้วนั้น ได้นำกำลังออกไปเข้ากับกรมหมื่นเทพพิพิธแต่ถูกจับได้และถูกประหาร สุดท้ายจึงมีพระราชโองการให้กรมหมื่นเทพพิพิธประทับที่เมืองตะนาวศรีพร้อมทั้งส่งข้าหลวงไปกำกับ ฝ่ายฮอลันดาไม่ละความพยายาม ได้ส่งทูตมาอยุธยาใน พ.ศ. 2305 เพื่อขอกรมหมื่นเทพพิพิธออกไปเป็นกษัตริย์ลังกาอีกครั้งแต่ไม่ได้รับโอกาสให้เข้าเฝ้า

ความสัมพันธ์ระหว่างราชสำนักสยามอยุธยาและฝ่ายฮอลันดาอยู่ในภาวะเสื่อมถอยนับตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ จากการที่ฮอลันดาทำการค้าขายขาดทุนในสยามและฝ่ายสยามบังคับให้ฮอลันดาจ่ายค่าสินบนให้แก่ข้าราชการกรมท่า จนสุดท้ายฮอลันดาจึงปิดสถานีการค้าในอยุธยาและนครศรีธรรมราชออกไปในพ.ศ. 2284 เป็นเหตุให้พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศทรงพระพิโรธ สุดท้ายฝ่ายฮอลันดาตัดสินใจกลับมาตั้งสถานีการค้าในอยุธยาอีกครั้งในพ.ศ. 2291 เนื่องจากเกรงว่าอังกฤษซึ่งเป็นคู่แข่งทางการค้าจะเข้ามาในอยุธยาแทนที่ฮอลันดา ในระหว่างที่ความสัมพันธ์ระหว่างสยามและฮอลันดากำลังเสื่อมถอยนี้ ขุนนางแขกมัวร์กรมท่าขวาได้ผลักดันให้อังกฤษเข้ามามีบทบาทค้าขายในอยุธยา นายจอร์จ พิโกต์ (George Pigot) ประธานบริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษและเจ้าเมืองมัทราส ส่งพ่อค้าอังกฤษนายวิลเลียม โพว์นีย์ (William Powney) ซึ่งในพงศาวดารไทยเรียกว่า "อะลังกะปูนี" เข้ามาเจริญสัมพันธไมตรีกับกรุงศรีอยุธยาในพ.ศ. 2299 สมัยพระเจ้าเอกทัศน์ วิลเลียม โพว์นีย์ เป็นผู้แทนอังกฤษ นำสิงโตและนกกระจอกเทศเข้ามาถวายและเจรจาให้อังกฤษตั้งสถานีการค้าที่เมืองมะริด

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2307 พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้พระวิสูตรโยธามาตย์เตรียมการป้องกันศึกพระนคร;

 ทำเชือกน้ำมันและรอก
 นำไม้ขึ้นตั้งเป็นขาหยั่งบนป้อมและเชิงเทินกำแพงเพราะนครสำหรับตั้งปืน
 นำกระสุนปืนติดรอกสูงสามถึงสี่นิ้ว สำหรับล่ามชนวนยิงออกไปได้ไกล

พม่าพิชิตล้านนาและล้านช้าง

พม่าพิชิตล้านนา 
นับตั้งแต่เมื่อพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองสามารถยึดล้านนาเชียงใหม่ไว้ได้ใน พ.ศ. 2101 ล้านนาจึงตกอยู่ภายใต้การปกครองของพม่าเป็นระยะเวลาประมาณสองร้อยปี เมื่อสมัยที่อำนาจของราชวงศ์ตองอูเสื่อมถอยลง ล้านนาสามารถแยกตัวเป็นอิสระจากพม่าได้แต่ล้านนาไม่ได้รวมเป็นหนึ่งเดียว แต่แบ่งแยกออกเป็นนครอิสระจากกัน ใน พ.ศ. 2270 นายเทพสิงห์นำชาวเชียงใหม่กบฏขึ้นต่อพม่า พม่าขอความช่วยเหลือจากเจ้าองค์คำ อดีตกษัตริย์ลาวล้านช้างหลวงพระบาง ให้ช่วยเหลือสามารถขับไล่เทพสิงห์ออกไปจากเชียงใหม่ได้ แต่สุดท้ายเจ้าองค์คำก็ได้ขับไล่พม่าออกจากเชียงใหม่ ตั้งตนเป็นกษัตริย์เชียงใหม่แทน เชียงใหม่จึงเป็นอิสระจากพม่านับแต่นั้น

เจ้าองค์คำแห่งเชียงใหม่ครองราชสมบัติอยู่ 32 ปี ก็ถึงแก่พิราลัยเมื่อ พ.ศ. 2302 เจ้าองค์จันทร์โอรสของเจ้าองค์คำขึ้นเป็นกษัตริย์เชียงใหม่องค์ต่อมา ในปีเดียวกัน พ.ศ. 2302 พระยาสุละวะลือไชย (หนานทิพย์ช้าง) เจ้าเมืองลำปางถึงแก่อสัญกรรม ท้าวลิ้นก่านเข้ายึดอำนาจเมืองลำปาง ทำให้เจ้าฟ้าหลวงชายแก้วบุตรของหนานทิพย์ช้างต้องหนีไปพึ่งพม่า ต่อมา พ.ศ. 2304 เจ้าปัดอนุชาของเจ้าองค์จันทร์แห่งเชียงใหม่ได้ยึดอำนาจแย่งชิงราชสมบัติจากเจ้าจันทร์ผู้เป็นเชษฐา เจ้าปัดยกราชสมบัติให้แก่พระภิกษุเจ้าขี้หุดอธิการวัดดวงดีขึ้นเป็นกษัตริย์เชียงใหม่แทน ใน พ.ศ. 2305 พระเจ้ามังลอกกษัตริย์พม่ามีดำริว่าหัวเมืองล้านนาเคยเป็นเมืองขึ้นของพม่ามาก่อน และพระเจ้ามังระไม่พอพระทัยที่เมืองเชียงใหม่ให้ที่พักพิงแก่ตละปั้น จึงส่งทัพพม่าเข้าโจมตีหัวเมืองล้านนา นำโดยอภัยคามณี (Abaya Kamani) มีมังละศิริ (ต่อมาคือมังมหานรธา) เป็นปลัดทัพ ยกทัพออกจากพม่าในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2305 ถึงเมืองเชียงใหม่ในเดือนธันวาคม ตั้งอยู่ที่วัดเวฬุวันกู่เต้าเข้าล้อมเมืองเชียงใหม่ ฝ่ายเชียงใหม่มีศุภอักษรไปยังพระเจ้าเอกทัศน์แห่งกรุงศรีอยุธยา ขอกำลังมาช่วยสู้รบทัพพม่า พม่าล้อมเมืองเชียงใหม่อยู่ถึงแปดเดือน จนกระทั่งวันแรมแปดค่ำเดือนสิบเอ็ดเหนือ (31 สิงหาคม) พ.ศ. 2306 พม่าจึงสามารถยึดเข้าเมืองเชียงใหม่ได้ จับเจ้าจันทร์อดีตกษัตริย์เชียงใหม่พร้อมทั้งเชื้อวงศ์ และได้จับสมิงทออดีตกษัตริย์หงสาวดีกลับไปพม่า พระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้เจ้าพระยาพิษณุโลก (เรือง) ยกทัพขึ้นไปช่วยเมืองเชียงใหม่แต่ไม่ทันการ เมืองเชียงใหม่เสียให้แก่พม่าแล้ว จึงถอยทัพกลับ

พระเจ้ามังลอกสวรรคตในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2306 เจ้าชายมังระโอรสของพระเจ้าอลองพญาและเป็นอนุชาของพระเจ้ามังลอก ขึ้นครองราชสมบัติต่อมาเป็นพระเจ้ามังระ ต่อมาได้รับสมัญญานามว่าพระเจ้าซีนพยูชีน หรือ"พระเจ้าช้างเผือก" แม่ทัพพม่าอภัยคามณีฝากเมืองเชียงใหม่ไว้กับมังละศิริ แล้วกวาดต้อนชาวล้านนาเชียงใหม่กลับไปพม่าจนเกือบหมดสิ้น ใน พ.ศ. 2307 พระเจ้ามังระทรงแต่งตั้งอภัยคามณีให้เป็นเมี้ยวหวุ่นหรือเจ้าเมืองเชียงใหม่ และแต่งตั้งมังละศิริเป็นมังมหานรธา แต่ในปีเดียวกันนั้นหัวเมืองล้านนากบฏขึ้นต่อพม่าหลายเมืองนำโดยนายแสนขวาง ที่พะเยาและพระเมืองไชยเจ้าเมืองลำพูน พระเจ้ามังระมีดำริว่า สมควรที่จะสานต่อพระราชปณิธานของพระเจ้าอลองพญาในการโจมตีพิชิตกรุงศรีอยุธยา พระเจ้ามังระจึงมีพระราชโองการให้โปสุพลา (ต่อมาคือเนเมียวสีหบดี) ผู้มีมารดาเป็นชาวลาว (ล้านนา) นำทัพจำนวน 20,000 คน ยกออกไปในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2307 เพื่อปราบกบฏล้านนา เข้ายึดเมืองล้านช้าง แล้วลงไปตีกรุงศรีอยุธยาในคราวเดียว โปสุพลาเนเมียวสีหบดียกทัพเข้าโจมตีนายแสนขวางที่ดอนมูลเชียงแสน แสนขวางพ่ายแพ้ถูกทัพพม่าปราบล้มตายจำนวนมาก แล้วเนเมียวสีหบดีจึงโจมตีเมืองลำปางสังหารท้าวลิ้นก่าน ตั้งเจ้าฟ้าชายแก้วบุตรของหนานทิพย์ช้างขึ้นเป็นเจ้าเมืองลำปางคนใหม่เป็นเมืองขึ้นของพม่า จากนั้นโปสุพลาจึงโจมตีเมืองลำพูน พระเมืองไชยเจ้าเมืองลำพูน (พงศาวดารพม่าเรียกว่า"นายมโน") หลบหนีลงใต้พึ่งพระโพธิสมภารพระเจ้าเอกทัศน์แห่งอยุธยา เมื่อเนเมียวสีหบดีปราบหัวเมืองล้านนาได้หมดแล้ว จึงพักค้างฤดูฝนอยู่ที่เมืองน่าน

พม่าพิชิตล้านช้าง 
ฝ่ายอาณาจักรล้านช้างนั้น ได้แบ่งแยกออกเป็นสามอาณาจักรได้แก่ อาณาจักรล้านช้างหลวงพระบาง อาณาจักรล้านช้างเวียงจันทน์ และอาณาจักรล้านช้างจำปาศักดิ์

อาณาจักรล้านช้างหลวงพระบาง และอาณาจักรล้านช้างเวียงจันทน์ เป็นอริกันอยู่ เมื่อพระเจ้าสิริบุญสารทราบข่าวว่าพม่าสามารถเข้ายึดหัวเมืองล้านนาได้แล้ว จึงมีศุภอักษรถึงพระเจ้ามังระในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2307 ทูลขอเชื้อเชิญให้พม่าเข้ารุกรานโจมตีหลวงพระบางซึ่งเป็นศัตรูกับเวียงจันทน์ โปสุพลาเนเมียวสีหบดีจึงยกทัพพม่าออกจากเมืองน่านในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2307 ยกทัพทางเมืองเหล็กถึงเมืองหลวงพระบาง ในขณะนั้นเจ้าเมืองหลวงพระบางคือพระเจ้าโชติกกุมารพร้อมทั้งอนุชาคือเจ้าสุริยวงศ์ตั้งรับต่อสู้กับพม่าที่ริมฝั่งโขง เนเมียวสีหบดีนำทัพพม่าเข้าตีทัพลาวที่ริมโขงแตกพ่ายล้มตายจำนวนมาก ฝ่ายหลวงพระบางจึงถอยเข้าไปตั้งรับในเมือง ส่วนฝ่ายพม่าได้ตัดศีรษะชาวลาวที่เสียชีวิตจำนวนกว่ามากกองขึ้นเป็นภูเขาเพื่อข่มขวัญฝ่ายลาว

เนเมียวสีหบดีให้สร้างหอสูงนำปืนใหญ่ขึ้นป้อมยิงใส่เมืองหลวงพระบาง ผ่านไปห้าวันแล้วยังไม่ได้เมืองหลวงพระบาง โปสุพลาเนเมียวสีหบดีจึงมีคำสั่งแก่แม่ทัพนายกองว่า ศึกครั้งนี้ไม่ได้มาเพื่อพิชิตล้านนาและล้านช้างเพียงเท่านั้น จุดประสงค์หลักคือการพิชิตกรุงศรีอยุธยา หารั้งรอประวิงเวลาอยู่ที่เมืองหลวงพระบางจะทำให้เสียโอกาส โปสุพลาจึงนำกำลังเข้าโจมตีเมืองหลวงพระบางทุกด้านอย่างหนัก เพื่อเข้าเมืองหลวงพระบางให้ได้ในวันนั้น ปรากฏว่าพม่าสามารถเข้าเมืองหลวงพระบางได้เมื่อเดือนมีนาคมปีพ.ศ. 2308 พระเจ้าโชติกกุมารเมื่อเห็นว่าไม่สามารถต่อกรกับพม่าได้ จึงยินยอมแพ้สวามิภักดิ์ส่งท้าวพญามาเจรจาสงบศึกกับเนเมียวสีหบดี ่ฝ่ายพม่าจึงนำธิดาของพระเจ้าโชติกกุมารพร้อมทั้งบุตรสาวของท้าวพญาลาวข้าทาสบริวารกลับไปเมืองพม่า รวมทั้งนำตัวเจ้าสุริยวงศ์อนุชาของกษัตริย์หลวงพระบางกลับไปเป็นเชลยด้วย เมืองหลวงพระบางส่งบรรณาการให้แก่พม่าเป็นช้างมาเงินทองศาสตราวุธ

พระเจ้าสิริบุญสารแห่งเวียงจันทน์ เมื่อทราบว่าเมืองหลวงพระบางเสียให้แก่พม่าแล้ว จึงส่งเครื่องบรรณาการให้แก่เนเมียวสีหบดีขออ่อนน้อมเป็นเมืองขึ้นของพม่าเช่นกัน อาณาจักรลาวล้านช้างหลวงพระบางและเวียงจันทน์จึงตกเป็นประเทศราชของพม่า (ยกเว้นอาณาจักรจำปาศักดิ์) ใน พ.ศ. 2308 เมื่อพิชิตหลวงพระบางได้แล้ว เนเมียวสีหบดีจึงยกทัพออกจากหลวงพระบางในเดือนมีนาคมกลับมาเมืองน่าน แล้วไปพักค้างฤดูฝนที่เมืองลำปางตั้งแต่วันที่ 28 เมษายน เพื่อเตรียมการรุกรานอยุธยาต่อไป

สาเหตุของสงคราม 
เมื่อพระเจ้ามังระขึ้นครองราชสมบัติในปี พ.ศ. 2306 พระเจ้ามังระมีปณิธานในการเข้าพิชิตสยามกรุงศรีอยุธยาให้สำเร็จ เพื่อสานต่อราชกิจของพระบิดาพระเจ้าอลองพญาให้ลุล่วง อาจนับได้ว่า พระเจ้ามังระมีพระราชดำริพิชิตดินแดนอยุธยานับแต่นั้น ในรัชกาลพระเจ้ามังระ มีการปราบกบฏในแว่นแคว้นต่าง ๆ และพระองค์ก็ทรงเห็นความจำเป็นต้องลดอำนาจของกรุงศรีอยุธยาลง ถึงขนาดต้องให้แตกสลายหรืออ่อนแอไป เพื่อมิให้เป็นที่พึ่งของเหล่าหัวเมืองที่คิดตีตัวออกห่างได้อีก พระองค์ไม่มีพระราชประสงค์ในอันที่จะขยายอาณาเขตอย่างเคยในเวลาไล่เลี่ยกัน หัวเมืองล้านนาและหัวเมืองทวายก็กระด้างกระเดื่องต่ออาณาจักรพม่า พระเจ้ามังระจึงต้องทรงส่งรี้พลไปปราบกบฏเดี๋ยวนั้น ฝ่ายพม่าบันทึกว่า อยุธยาได้ส่งกำลังมาหนุนกบฏล้านนานี้ด้วย แต่พงศาวดารไทยระบุว่า ทหารอยุธยาไม่ได้ร่วมรบ เพราะพม่าปราบปรามกบฏเสร็จก่อนกองทัพอยุธยาจะไปถึง

ปลายปี พ.ศ. 2306 หุยตองจา เจ้าเมืองหุยตองหรืออูดอง เป็นกบฏต่อพม่าสังหารเจ้าเมืองทวายที่พม่าได้ตั้งไว้ แล้วตั้งตนขึ้นเป็นเจ้าเมืองทวายเสียเอง พร้อมทั้งส่งเครื่องบรรณาการเข้ามาถวายแก่กรุงศรีอยุธยาขอเป็นข้าขัณฑสีมา เมืองทวายจึงตกกลับเป็นของสยามอีกครั้ง

นอกจากนี้คาดว่ามีสาเหตุอื่น ๆ อันนำไปสู่การสงครามกับอยุธยาด้วย เป็นต้นว่า อยุธยาไม่ส่งหุยตองจาที่เป็นผู้นำกบฏมอญ คืนพม่าตามที่พม่าร้องขอ (ตามความเข้าใจของชาวกรุงเก่า) พระเจ้ามังระหมายพระทัยจะเป็นใหญ่เสมอพระเจ้าบุเรงนอง หลังพระเจ้าอลองพญารุกรานในครั้งก่อน มีการตกลงว่าฝ่ายอยุธยาจะถวายราชบรรณาการ แต่กลับบิดพลิ้ว (ปรากฏใน The Description of the Burmese Empire) หรือไม่ก็พระเจ้ามังระมีพระดำริว่า อาณาจักรอยุธยาอ่อนแอ จึงสบโอกาสที่จะเข้าช่วงชิงเอาทรัพย์ศฤงคาร และจะได้นำไปใช้เตรียมตัวรับศึกกับจีนด้วย

ยุทธศาสตร์และการเตรียมทัพของพม่า

ยุทธศาสตร์ของพม่า 
พระเจ้ามังระเมื่อครั้งยังเป็นเจ้าชายได้เป็นผู้นำทัพทัพหน้าของพระเจ้าอลองพญาในการโจมตีกรุงศรีอยุธยาเมื่อ พ.ศ. 2303 ด้วยความที่ทรงมีประสบการณ์ในสงครามครั้งก่อน พระเจ้ามังระจึงทรงทราบจุดอ่อนของอาณาจักรอยุธยาพอสมควร และตระเตรียมงานสงครามไว้เป็นอันดี แผนการรบฝ่ายพม่าส่วนใหญ่จึงมาจากประสบการณ์ในสงครามพระเจ้าอลองพญา ประการแรกในคราวนี้มีการวางแผนจะโจมตีหลายทางเพื่อกระจายการป้องกันที่มีกำลังพลมากกว่าของอยุธยา พม่าจะหลีกเลี่ยงเส้นทางโจมตีเพียงด้านเดียวตามแนวชายฝั่งอ่าวไทยแคบ ๆ ซึ่งหากถูกฝ่ายอยุธยาพบแล้วจะถูกสกัดอย่างง่ายดายโดยฝ่ายอยุธยาที่มีกำลังพลมากกว่าในสงครามคราวก่อน ฝ่ายพม่าถูกชะลอให้ต้องใช้เวลาเกือบสามเดือนเพื่อสู้รบออกจากแนวชายฝั่ง

ประการที่สอง พม่าจะต้องเริ่มการรุกรานให้เร็วที่สุดเพื่อให้มีเวลาทำสงครามในฤดูแล้งให้ได้นานที่สุดในสงครามคราวที่แล้ว พระเจ้าอลองพญาเริ่มต้นรุกรานช้าเกินไป ทำให้เมื่อกองทัพพม่ามาถึงกรุงศรีอยุธยาในเดือนเมษายน ก็เหลือเวลาเพียงเดือนเดียวก่อนที่จะถึงฤดูน้ำหลาก คราวนี้ฝ่ายพม่าจึงเริ่มต้นรุกรานตั้งแต่กลางฤดูฝน โดยหวังว่าจะไปถึงกรุงศรีอยุธยาในช่วงต้นฤดูแล้งพอดี

การเตรียมทัพของพม่า 

ด้านแม่ทัพของพระเจ้ามังระกราบทูลให้ใช้การตีกระหนาบแบบคีมจากทั้งทางเหนือและทางใต้ในพงศาวดารฉบับหอแก้วและโก้นบองได้ระบุว่า พระเจ้ามังระทรงดำริว่า หากจะส่งเนเมียวสีหบดีนำกองทัพไปทำสงครามกับอยุธยาเพียงด้านเดียวเห็นจะไม่พอ จึงโปรดให้มังมหานรธานำทัพรุกรานมาอีกด้านหนึ่งด้วย นอกจากนี้ ฝ่ายพม่ายังมีกำลังปืนใหญ่ 200 นายที่เป็นทหารบริษัทอินเดียตะวันออกของฝรั่งเศสที่ถูกจับเป็นเชลยเมื่อคราวพม่าเกิดศึกภายในด้วย โดยก่อนหน้านั้น กองทัพทั้งสองได้รับมอบหมายให้บรรลุภารกิจอื่นเสียก่อน คือ การปราบกบฏต่อพม่า ทั้งทางเหนือและทางใต้ ซึ่งจะเป็นการช่วยเสริมความสำเร็จในการเข้าตีกรุงศรีอยุธยาอันเป็นเป้าหมายหลัก ใน พ.ศ. 2307 พระเจ้ามังระส่งส่งทัพนำโดยเนเมียวสีหบดีไปล้านนา พร้อมกันนั้นทรงส่งทัพจำนวน 20,000 คน นำโดยมังมหานรธาลงไปที่เมืองทวาย ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2307 โดยมีเนเมียวคุงนะรัด (Nemyo Gonnarat) และตะเรียงรานองจอ (Tuyin Yanaunggyaw) เป็นปลัดทัพ มีเมฆราโบ (Metkya Bo) และติงจาแมงข่อง (Teingya Minkhaung) เป็นทัพหน้า มีปะกันหวุ่นเป็นทัพหลัง ในเวลาเดียวกันได้เกิดกบฏขึ้นที่เมืองกระแซหรืออาณาจักรมณีปุระ พระเจ้ามังระทรงตัดสินพระทัยไม่เรียกทัพกลับ ทรงนำกองทัพไปปราบกบฏด้วยพระองค์เอง เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2307 พระเจ้ามังระยึดได้ราชธานีของมณีปุระ

กองทัพเนเมียวสีหบดีเคลื่อนไปกะเกณฑ์ผู้คนทางหัวเมืองฉานไปล้านนา โดยทหารฉานนั้นมีเจ้าฟ้าทั้งหลายเป็นผู้นำ อย่างไรก็ตาม ไม่ใช่ทุกคนที่ยินดีกับการเกณฑ์ทหาร เจ้าฟ้าบางองค์ในฉานทางเหนือหลบหนีไปเมืองจีน แล้วฟ้องแก่จักรพรรดิจีน การที่พม่าสามารถพิชิตยึดล้านนาและล้านช้างไว้ได้ ทำให้พม่าได้เปรียบ เนื่องจากทำให้พม่าสามารถโอบล้อมชายแดนทางตอนเหนือของอยุธยาไว้ได้ทั้งหมด ป้องกันไม่ให้อาณาจักรเหล่านี้ให้การช่วยเหลือแก่อยุธยา รวมทั้งหัวเมืองล้านนาและล้านช้างเป็นแหล่งทรัพยากรเสบียงและกำลังพล ไว้เกณฑ์เข้าทัพสำหรับการโจมตีกรุงศรีอยุธยาต่อไป เมื่อพิชิตล้านนาและล้านช้างได้แล้ว ทัพพม่าของเนเมียวสีหบดีจึงพักค้างฤดูฝนอยู่ที่เมืองลำปางใน พ.ศ. 2308 พงศาวดารพม่าระบุว่าในปีนั้นน้ำหลากน้ำท่วมมาก สร้างความลำบากให้แก่ทัพพม่า จนพม่าต้องทำพิธีบวงสรวงเทพยดาเพื่อให้น้ำลด

ฝ่ายทัพมังมหานรธาราว พ.ศ. 2307 มีราชการต้องปราบกบฏที่ทวาย ต่อมาโจมตีลึกเข้าไปถึงเพชรบุรี แต่ถูกขัดขวางจากทัพอยุธยาต้องยกทัพกลับ ศึกครั้งนี้​อยุธยาเสียทวายและตะนาวศรีเป็นการถาวร หลังจากที่ได้พักค้างฝนที่ทวายใน พ.ศ. 2308 พร้อมกะเกณฑ์ไพร่พลจากหงสาวดี เมาะตะมะ มะริด ทวาย และตะนาวศรี เข้าสมทบในกองทัพ จนย่างเข้าฤดูแล้ง พ.ศ. 2309 จึงได้เคลื่อนทัพเข้าสู่อาณาจักรอยุธยาตามนัดหมายในเวลาใกล้เคียงกับทัพของเนเมียวสีหบดี

พม่าโจมตีหัวเมืองฝ่ายตะวันตก

พม่าตีทวายมะริดตะนาวศรี 
ฝ่ายทัพของมังมหานรธายกออกจากพม่าเมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2307 ถึงเมืองเมาะตะมะ ในเดือนธันวาคม ให้เมฆราโบและติงจาแมงข่องยกทัพหน้า 5,000 คน ยกเข้าตีเมืองทวายก่อนได้สำเร็จ หุยตองจาจึงต้องหลบหนีมาอยู่ที่เมืองมะริด ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2308 ฝ่ายพม่าส่งเรือมาที่เมืองมะริด เพื่อข่มขู่เรียกร้องให้ทางการเมืองมะริดส่งตัวหุยตองจาให้แก่พม่า เมื่อทางเมืองมะริดไม่ทำตาม ทัพหน้าของมังมหานรธาจึงเข้าโจมตีเมืองมะริด ยึดเมืองมะริดได้เมื่อวันที่ 11 มกราคม พ.ศ. 2308 พร้อมกับยึดเมืองตะนาวศรีได้

เมื่อยึดทวายมะริดตะนาวศรีได้แล้ว  ต่อมาเดือนเมษายน พ.ศ. 2308 หลังจากเสร็จศึกมณีปุระแล้ว พระเจ้ามังระทรงย้ายราชธานีมาที่กรุงอังวะราชธานีพม่าเดิม นอกจากนี้ พระเจ้ามังระได้ส่งกองกำลังมาหนุนเพิ่มเติมให้แก่ทัพทวายของมังมหานรธา ประกอบด้วย;

 ทัพเมืองหงสาวดี จำนวน 3,000 คน นำโดยอินทราชา (Einda Yaza)
 ทัพเมืองเมาะตะมะ จำนวน 3,000 คน นำโดยพระยาเจ่ง

รวมกับทัพที่เกณฑ์จากทวายมะริดตะนาวศรี ประกอบด้วย;

 ทัพเมืองทวาย จำนวน 2,000 คน นำโดยเจ้าเมืองเมาะตะมะ
 ทัพมะริดและตะนาวศรี จำนวน 2,000 นำโดยลักจอดิน (Lakyawdin)

เมื่อรวมกับทัพเดิมของมังมหานรธาจำนวน 20,000 ทำให้ทัพของมังมหานรธาเมื่อรวมกำลังเสริมแล้วมีจำนวนทั้งสิ้นประมาณ 30,000 คน ซึ่งนับได้ว่าเป็นการระดมทหารครั้งใหญ่ที่สุดนับตั้งแต่สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่หนึ่ง

พม่าตีหัวเมืองฝ่ายตะวันตก 
พงศาวดารพม่าระบุว่า ทัพพม่าของมังมหานรธายกเข้าโจมตีหัวเมืองฝ่ายตะวันตกของสยามในปลายปีพ.ศ. 2308 เดือนพฤศจิกายน แต่พงศาวดารไทยรวมทั้งเอกสารฝรั่งเศสและฮอลันดา ต่างระบุว่าพม่าได้ยกเข้ามาตั้งแต่ต้นปีพ.ศ. 2308 หุยตองจาเจ้าเมืองทวาย หลบหนีมังมหานรธาออกจากเมืองตะนาวศรี ลงไปตามชายฝั่งเข้าทางเมืองกระบุรีไปยังเมืองชุมพร จากนั้นจึงหลบหนีต่อมายังเมืองเพชรบุรี กรมหมื่นเทพพิพิธก็ได้หลบหนีจากตะนาวศรีมาที่เพชรบุรีเช่นกัน พม่าเริ่มเข้าโจมตีหัวเมืองฝ่ายตะวันตกของสยามตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ทัพพม่าติดตามหุยตองจาลงไปจนถึงเมืองกระบุรี เข้าโจมตีเผาทำลายเมืองชุมพร จากนั้นจึงยกไปโจมตีเมืองปะทิว เมืองกุยบุรี และเมืองปรานบุรี แล้วทัพพม่าจึงยกกลับเมืองทวายทางด่านสิงขร ใบบอกเรื่องศึกพม่ามาถึงกรุงศรีอยุธยา พระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้กรมหมื่นเทพพิพิธไปประทับที่จันทบุรีและหุยตองจาไปอยู่ที่ชลบุรี พร้อมทั้งจัดทัพจำนวนทั้งสิ้นประมาณ 15,000 คน ออกไปต้านทานทัพพม่าดังนี้;

 เจ้าพระยาพระคลังสมุหนายก (พงศาวดารเรียกว่า เจ้าพระยาจักรี คำให้การชาวกรุงเก่าเรียกว่า พระยาพิพัฒน์โกษา) พร้อมทั้งพระยายมราช พระยาราชสงครามและพระยาตาก นำทัพซึ่งประกอบด้วยช้างหุ้มเกราะเหล็กและช้างแบกปืนใหญ่ขนาดเล็ก ออกไปรับพม่าทางมะริดตะนาวศรี เพชรบุรีและราชบุรี
 เจ้าพระยานครศรีธรรมราช (คำให้การชาวกรุงเก่าเรียกว่า ศิริธรรมราชา) ยกทัพหัวเมืองปักษ์ใต้ไปปิดทางเมืองมะริดด่านสิงขรไว้
 พระพิเรนทรเทพ ยกออกไปตั้งรับพม่าที่ด่านเมืองกาญจนบุรี
 เจ้าพระยากลาโหมยกทัพออกไปทางท่ากระดานด่านเจดีย์สามองค์ ซึ่งพม่าไม่ได้ยกมาทางนี้
 พระยาเพชรบุรี ยกออกไปรับพม่าที่เมืองสวรรคโลกทางเหนือ
 ตามรายทางมีพระยาธิเบศร์บดีตั้งรับอบู่ที่นครสวรรค์ และพระยามหาอำมาตย์ตั้งอยู่ที่ชัยนาท

ในเดือนเจ็ด (พฤษภาคม) มังมหานรธาที่เมืองทวายส่งทัพหน้า 5,000 คน นำโดยเมฆราโบและติงจาแมงข่อง ยกทัพเข้ามาทางเมืองกาญจนบุรี โจมตีทัพสยามของพระพิเรนทรเทพที่กาญจนบุรีแตกพ่ายกลับมา จากนั้นทัพพม่าจึงแยกย้ายกันไปโจมตีเมืองเพชรบุรี ราชบุรี กาญจนบุรี และสุพรรณบุรี เนื่องจากกรุงศรีอยุธยาไม่มีอำนาจไม่สามารถควบคุมหัวเมืองรอบนอกได้ ฝ่ายพม่ามีกลยุทธว่าหากเมืองใดไม่ต่อสู้ยอมอ่อนน้อมต่อพม่าก็จะไม่ทำอันตราย เพียงแต่กะเกณฑ์ผู้คนเสบียงอาหารใช้ในกองทัพโดยไม่ลงโทษ แต่ถ้าเมืองใดขัดขืดต่อสู้พม่าก้จะโจมตีเข้ายึดโดยใช้กำลัง นอกจากนี้พม่ายังใช้การกระจายกำลังออกเกลี้ยกล่อมผู้คนพลเมืองทั่วไปในท้องถิ่นภาคกลางฝั่งตะวันตกลุ่มน้ำเจ้าพระยา จึงทำให้คนไทยที่เดือดร้อนไปเข้ากับพม่าเป็นอันมาก พงศาวดารพม่าระบุว่า ฝ่ายสยามเมืองเพชรบุรี กาญจนบุรี และชุมพร ยกกำลังเข้าต่อสู่กับบพม่า ในขณะที่เมืองราชบุรี สุพรรณบุรี และไชยา ไม่ต่อสู้เข้าอ่อนน้อมต่อพม่า ส่วนพงศาวดารไทยระบุว่า มีการสู้รบพม่าที่เมืองราชบุรี นำโดยเจ้าพระยาพระคลังสมุหนายก (พงศาวดารหมอบรัดเลเรียกว่า เจ้าพระยาจักรี คำให้การชาวกรุงเก่าเรียกว่า พระยาพิพัฒน์โกษา) ต้านทานพม่าได้หลายวัน ในการรบที่ราชบุรี จนกระทั่งวันหนึ่ง ทั้งทหารสยามและช้างศึกเมืองราชบุรีดื่มสุรามากเกินขนาด รบพุ่งซวนเซจนพม่าสามารถเข้ายึดเมืองราชบุรีได้สำเร็จ พงศาวดารพระพนรัตน์ฯระบุว่า "...ยกแยกกันไปตีเมืองราชบูรี เพชร์บูรี มิได้มีผู้ใดต่อรบ ยกครอบครัวหนีเข้าป่าไปสิ้น พม่าเที่ยวไล่ค้นจับผู้คนครอบครัวได้บ้าง..." สุดท้ายแล้วปรากฏว่าราษฎรชาวสยามหลบหนีเข้าป่าไปจำนวนมาก จนพม่าต้องติดตามจับกุมเข้ามา

เมื่อตีหัวเมืองฝ่ายตะวันตกของสยามต่างๆได้แล้ว ทัพพม่ามารวมตัวกันพบกับเรื่อสินค้าของบรรดาพ่อค้าลูกค้าที่ตำบลลูกแก ฝ่ายพม่าจึงนำกำลังเข้าสังหารพ่อค้าวาณิชย์กลุ่มนั้นไปเสีย จากนั้นทัพหน้าของมังมหานรธาจึงตั้งทัพอยู่ที่ตอกระออม ดงรังหนองขาว (อำเภอท่าม่วง และอำเภอท่ามะกา) รอคอยทัพของเนเมียวสีหบดีที่จะมาบรรจบกันจากทางเหนือ โดยที่มังมหานรธายังคงอยู่ที่ทวาย เอกสารฝรั่งเศสระบุว่า ทัพพม่าสร้างเมืองขึ้นเป็นฐานทัพ ในจุดที่แม่น้ำสองสาย (แม่น้ำแควใหญ่และแม่น้ำแควน้อย) มาบรรจบกัน นอกจากนี้ มังมหานรธายังให้เกณฑ์และรวบรวมชาวสยามหัวเมืองฝ่ายตะวันตกที่ถูกพม่าจับกุมได้ จากเมืองเพชรบุรี ราชบุรี สุพรรณบุรี กาญจนบุรี ไชยา ชุมพร และเมืองจะแลง (Salin ฉลาง?) ให้เป็นกองกำลังของทัพพม่าเข้าแก่กองหลังภายใต้การบังคับบัญชาของปะกันหวุ่นหรือแมงจีกามะนีจันทา (Mingyi Kamani Sanda) ในช่วงต้นปีพ.ศ. 2308 หัวเมืองทางตะวันตกของอยุธยาตั้งหมดตกอยู่ภายใต้การควบคุมของพม่า นายอับราฮัม เวิร์นลีย์ (Abraham Werndlij) หัวหน้าสถานีการค้าของฮอลันดาในอยุธยา แสดงความวิตกกังวลว่า สยามไม่สามารถป้องกันทัพพม่า ปล่อยให้ทัพพม่าเข้ายึดหัวเมืองฝ่ายตะวันตกอันเป็นแหล่งของสินค้าสำคัญของฮอลันดา ได้แก่ ไม้ฝาง ดีบุก เป็นต้น

เหตุหลักที่กาญจนบุรีเสียแก่พม่าโดยง่ายนั้นอาจเป็นเพราะทหารพม่ากรำศึกกว่าทหารอยุธยา แต่ก็อาจอธิบายได้ว่าแม่ทัพอยุธยาคำนวณผิดพลาดถึงเส้นทางเดินทัพหลักของพม่า และไม่มีการเสริมกำลังอย่างเพียงพอเพื่อให้เมืองสามารถต้านทานการโจมตีขนาดใหญ่ได้ หากตัดสินจากการรายงานเส้นทางโจมตีของฝ่ายพม่าจากพงศาวดารไทยแล้ว พบว่าแม่ทัพอยุธยาดูเหมือนจะเชื่อว่าเส้นทางโจมตีหลักของพม่าจะมาจากชายฝั่งอ่าวไทย แทนที่จะเป็นเส้นทางที่สั้นและชัดเจนที่สุดผ่านทางกาญจนบุรี หลักฐานไทยระบุว่าเส้นทางโจมตีหลักของมังมหานรธามาจากตะนาวศรีตอนใต้ โดยข้ามเทือกเขาตะนาวศรีที่ชุมพรและเพชรบุรี อันเป็นเส้นทางที่แตกต่างกันอย่างสิ้นเชิงกับเส้นทางกาญจนบุรีที่บันทึกไว้ในพงศาวดารพม่า นักประวัติศาสตร์เกียว เติด ระบุเพิ่มเติมโดยเฉพาะว่าเส้นทางโจมตีหลักคือทางด่านเมียตตา

การเตรียมการของสยาม 
เมื่อพม่าสามารถเข้ายึดหัวเมืองฝ่ายตะวันตกของสยามได้ทั้งหมด และพักค้างฤดูฝนอยู่ที่กาญจนบุรีแล้ว ฝ่ายสยามพระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้เกณฑ์ทัพหัวเมืองรอบนอกเข้ามาป้องกันกรุงศรีอยุธยา รวบกำลังพลได้ทั้งสิ้นประมาณ 15,000 ถึง 16,000 คน และจัดทัพตามรายทางป้องกันการรุกรานของพม่าอีกครั้งหนึ่งในเดือนมิถุนายน ปีพ.ศ. 2308 ดังนี้;

 ทัพหัวเมืองปักษ์ใต้ นำโดยเจ้าพระยานครศรีธรรมราช จำนวน 1,000 คน ตั้งทัพรับพม่าที่ราชบุรีแม่น้ำแม่กลอง โดยทัพบางตั้งที่บางบำรุชิดติดกับเมืองราชบุรีที่พม่าได้ยึดไว้แล้ว ส่วนทัพเรือตั้งที่บางกุ้ง
 ทัพหัวเมืองเหนือ นำโดยเจ้าพระยาพิษณุโลก (เรือง) ยกทัพมาตั้งที่วัดภูเขาทอง
 พระยานครราชสีมา ตั้งทัพที่วัดเจดีย์แดง
 พระยารัตนาธิเบศร์เสนาบดีกรมวัง และพระยาราชภักดี ทัพเมืองนครราชสีมาจำนวน 4,000 คน รักษาอยู่ที่ป้อมธนบุรีเมืองบางกอก มีการนำโซ่เหล็กมาขึงข้ามแม่น้ำเจ้าพระยาเพื่อขวางทางเรือพม่า
 พระยายมราช นำทัพหัวเมืองอื่นๆ จำนวน 2,000 คน มาตั้งที่ตลาดขวัญนนทบุรี

พม่าโจมตีหัวเมืองและเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยา

การรบที่ธนบุรีและนนทบุรี 

ในเดือนสิบ (สิงหาคม) พ.ศ. 2308 ทัพหน้าของมังมหานรธา ซึ่งได้พักค้างฤดูฝนอยู่ที่กาญจนบุรี ที่ดงรังหนองขาวนั้น ได้ยกทัพจำนวน 1,000 คน นำโดยเมฆราโบยกเข้าโจมตีทัพของเจ้าพระยานครศรีธรรมราชที่บางบำหรุใต้เมืองราชบุรีและที่บางกุ้ง ทัพหัวเมืองปักษ์ใต้ของเจ้าพระยานครศรีธรรมราชจึงแตกพ่ายถอยกลับมาที่ธนบุรี ทำให้เจ้าพระยานครศรีธรรมราชต้องโทษถูกเรียกตัวไปไว้ที่กรุงศรีอยุธยา พม่ายกติดตามเข้ามาถึงธนบุรีบางกอก ทัพนครราชสีมาของพระยารัตนาธิเบศร์เห็นว่าเหลือกำลังจึงไม่สู้รบถอยหนีหลับ ทัพนครราชสีมาเลิกไปทางตะวันออกกลับเมืองนครราชสีมาไปสิ้น พม่าเข้ายึดป้อมเมืองธนบุรีได้สำเร็จ สถานีการค้าของฮอลันดาและโรงเรียนสอนศาสนามิชชันนารีฝรั่งเศสที่ธนบุรีถูกพม่าเผาทำลาย พม่าตั้งมั่นอยู่ที่วัดสลักเป็นเวลาสามวัน หลังจากนั้นพม่าถอยกลับไปตั้งที่กาญจนบุรีดังเดิม ตัวมังมหานรธาเองได้ยกทัพหลวงจากเมืองทวายจำนวน 30,000 คน ออกมาจากทวายในวันขึ้นสิบค่ำเดือนสิบสอง (22 ตุลาคม) จนมาถึงกาญจนบุรี

ในเวลา่นั้น พ่อค้าชาวอังกฤษนายวิลเลียมโพว์นีย์ หรือ"อะลังกะปูนี" ได้ล่องเรือนำสินค้าอังกฤษได้แก่ผ้าสุหรัดจาอินเดียเข้ามาขาย แต่ไม่ประสบความสำเร็จเนื่องจากในขณะนั้นอยุธยากำลังอยู่ในภาวะสงครามจึงไม่มีผู้ใดสนใจซื้อสินค้าของนายโพว์นีย์ เจ้าพระยาพระคลังให้ล่ามขอความช่วยเหลือจากนายโพว์นีย์ ให้อยู่ช่วงป้องกันกรุงศรีอยุธยาจากการรุกรานของพม่า ซึ่งนายโพว์นีย์ยินยอมตกลงช่วยแต่ต้องขนถ่ายสินค้ามัดผ้าขึ้นบกก่อนเพื่อให้เรือเบาลง แล้วนายโพว์นีย์จึงไปทอดสมอเรือกำปั่นไว้ที่คลองบางกอกใหญ่เมืองบางกอกธนบุรี

ฝ่ายฮอลันดา"ออกหลวงสุรเสน"หรือนายอับราฮัม เวิร์นลีย์ หัวหน้าสถานีการค้าฮอลันดา เห็นว่าสถานการณ์ในอยุธยาไม่สู้ดี มีโอกาสที่พม่าจะบุกเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาได้สูง บรรดาเจ้านายขุนนางและราษฎรอยุธยาต่างวางแผนหลบหนีไปยังกัมพูชาหากพม่าบุกเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยา นายเวิร์นลีย์จึงวางแผนเก็บรวบรวมทรัพย์สินสินค้าของฮอลันดาออกไปจากสยามอย่างเป็นความลับ แต่ประสบปัญหาเนื่องจากทางราชสำนักสยามได้มีคำสั่งให้ปิดด่านขนอนในกรุงศรีอยุธยาทุกด่าน ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2308 เรือราชทูตฮอลันดาจากเมืองปัตตาเวียเข้ามายังกรุงศรีอยุธยา มีคำสั่งให้ อับราฮัม เวิร์นลีย์ ปิดสถานีการค้าของฮอลันดาในอยุธยาออกไปอย่างเป็นความลับ นายเวิร์นลีย์ให้แรงงานขนข้าวขึ้นเรือฮอลันดา แต่พระยาโชฎึกเศรษฐีสังเกตเห็นความผิดปกติ จึงเรียกตัวล่ามฮอลันดาไปสอบสวน พระยาโชฎึกเศรษฐีจึงค้าพบว่าฮอลันดากำลังเตรียมตัวหลบหนีออกจากกรุงศรีอยุธยา อับราฮัม เวิร์นลีย์ เมื่อทราบว่าความลับถูกเปิดเผย จึงเร่งนำเรือเดินทางออกจากกรุงศรีอยุธยาในคืนนั้น วันที่ 28 ตุลาคม พ.ศ. 2308

อับราฮัม เวิร์นลีย์ และเรือฮอลันดา เดินทางถึงปากแม่น้ำเจ้าพระยาเมื่อต้นเดือนพฤศจิกายน ได้จอดเรือที่นั่นเพื่อดูท่าทีของฝ่ายสยาม และนายเวิร์นลีย์ยังเขียนจดหมายอธิบายไปยังเจ้าพระยาพระคลัง แต่ในเวลาเดียวกันนั้น เกิดเหตุการณ์เจ้าฟ้าจีดหลบหนีออกจากที่กุมขังไปเข้าเฝ้าพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัดในเดือนพฤศจิกายนนั้น ทางราชสำนักสยามจึงไม่มีความสนใจที่จะห้ามปราบฮอลันดา อับราฮัม เวิร์นลีย์ จึงตัดสินใจนำเรือฮอลันดาออกจากสยามไปยังเมืองปัตตาเวียในกลางเดือนพฤศจิกายน เป็นการสิ้นสุดความสัมพันธ์ระหว่างฮอลันดาและกรุงศรีอยุธยา

ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2308 ทัพพม่าของมังมหานรธาที่ดงรังหนองขาวกาญจนบุรี ได้ส่งเมฆราโบยกทัพหน้าเข้ามาโจมตีเมืองธนบุรีอีกครั้งหนึ่ง ทัพพม่าถึงเมืองธนบุรีเมื่อวันที่ 24 ธันวาคม ฝ่ายพม่าตั้งปืนใหญ่บนป้อมวิไชยเยนทร์ ฝ่ายนายโพว์นีย์ยิงปืนใหญ่ตอบโต้กับพม่า ไม่สามารถต้านทานพม่าได้จึงถอยไปอยู่ที่นนทบุรี พระยายมราชเห็นว่าสู้พม่าไม่ได้จึงถอยทัพกลับไป เหลือเพียงเรือกำปั่นของนายวิลเลียม โพว์นีย์ ตั้งอยู่เหนือเมืองนนทบุรี ฝ่ายพม่ายกจากธนบุรีมาตั้งที่นนทบุรี ตั้งค่ายที่สองฝากแม่น้ำที่ตลาดแก้ววัดเขมา ซึ่งอยู่ห่างจากกรุงศรีอยุธยามาทางทิศใต้ 60 กิโลเมตร นำไปสู่การรบที่นนทบุรี ฝ่ายอยุธยาใช้กองทัพบกและกองทัพเรือโจมตีค่ายพม่าร่วมกัน นายโพว์นีย์เห็นว่าทัพพม่ามีความเข้มแข็งมาก จึงขอพระราชทานกระสุนปืนและดินดำจากราชสำนักอยุธยาเพิ่มเติม ฝ่ายอยุธยาส่งอาวุธกระสุนปืนให้แก่นายโพว์นีย์แต่ไม่ครบตามจำนวนที่ขอไว้ และแจ้งแก่นายโพว์นีย์ว่า หากต้องการกระสุนดินดำเพิ่ม นายโพว์นีย์จะต้องให้ขนสินค้าอังกฤษไปเก็บไว้ในพระคลังสินค้า  นายโพว์นีย์จึงจำยอมต้องทำตามข้อเสนอของอยุธยา 

นายวิลเลียม โพว์นีย์ บัญชาการสู้รบกับพม่าที่นนทบุรีอยู่เป็นเวลาร่วมเดือน นายโพว์นีย์นำเรือกำปั่นอังกฤษล่องลงไปโจมตีทัพพม่าที่วัดเขมานนทบุรีอย่างไม่ทันตั้งตัวในเวลากลางคืน ทัพพม่าที่นนทบุรีจึงแตกพ่ายล้มตายจำนวนมาก แต่กองกำลังพม่าได้แสร้งทำเป็นหลบหนีแตกพ่ายไปซุ่มอยู่หลังค่าย เมื่อทหารชาวสยามและอังกฤษ เข้าใจว่ายึดเมืองนนทบุรีคืนได้แล้ว จึงเดินทางโดยเรือสำปั้นเข้าไปในเมืองนนทุบรีอย่างไม่ทันระวังตัว ทหารพม่าจึงเข้าโจมตี สังหารทหารสยามและอังกฤษ ตัดศีรษะลาต้าอังกฤษเสียบไว้หน้าค่ายเมืองนนทบุรี ฝ่ายนายโพว์นีย์จึงร้องต่อเจ้าพระยาพระคลัง ขอปืนใหญ่ขนาดสิบนิ้วสิบกระบอก และกองเรือสิบลำไปสู้กับพม่า ฝ่ายราชสำนักอยุธยาส่งปืนใหญ่สิบกระบอกให้แก่นายโพว์นีย์แต่ยังไม่สามารถเกณฑ์คนเข้ามาเป็นกองเรือให้แก่นายโพว์นีย์ได้ ประกอบกับการที่ราชสำนักอยุธยาไม่ไว้วางใจที่โพว์นีย์ และทัพพม่าฝ่ายเหนือได้รุกคืบเข้ามา พร้อมกันนั้นมีชาวกรุงศรีอยุธยาลักลอบลงเรือเล็กมาเก็บผลไม้ที่สวนเมืองนนทบุรี ฝ่ายนายโพว์นีย์มีความโกรธเคืองและไม่พอใจ ที่ราชสำนักสยามไม่สามารถจัดหากำลังพลได้ตามความต้องการ จึงจับชาวสยามที่มาเก็บผลไม้นั้นขึ้นเรือ และล่องเรือออกไป ปล้นเรือจีนหลวงที่ปากน้ำเจ้าพระยาหกลำ และเดินทางออกจากสยามไปในที่สุด

พม่าโจมตีหัวเมืองเหนือ 
กองทัพฝ่ายเหนือของพม่าภายใต้การบัญชาการของเนเมียวสีหบดี ปราบปราบหัวเมืองล้านนาและล้านช้างได้สงบเรียบแล้ว จึงพักค้างฤดูฝนอยู่ที่เมืองลำปางตั้งแต่เดือนเมษายน พ.ศ. 2308 ต่อมาในช่วงกลางปี เนเมียวสีหบดีจึงมีคำสั่งให้เกณฑ์กำลังพลหัวเมืองล้านน้าและล้านช้าง เข้าสมบมกับกองกำลังพม่าเดิมจากพม่า จำนวนกำลังพลทั้งสิ้น 43,000 คน ช้าง 400 เชือก ม้า 1,200 ตัว เรือ 300 ลำ เตรียมทัพเข้าตีกรุงศรีอยุธยา ประกอบด้วย;

 ทัพฝ่ายเมืองยวนล้านนา กำลังพลจำนวน 12,000 คน ช้าง 200 เชือก ม้า 700 ตัว ภายใต้การบังคับบัญชาของสะโดมังถ่าง (Thado Mindin ในเวลาต่อมาคือ โป่มะยุง่วน เจ้าเมืองเชียงใหม่) ประกอบด้วย ทัพเกณฑ์จากเมืองแพร่ เมืองน่าน เมืองลำปาง เมืองพะเยา เมืองเชียงแสน เมืองเชียงของ เมืองเชียงลาบ เมืองเชียงราย เมืองเหล็ก เมืองสาด เมืองปุ เมืองนาย และทัพเมืองเชียงใหม่นำโดยพระยาจ่าบ้าน รวมเข้ากับทัพพม่าเดิม
 ทัพฝ่ายเมืองลาวล้านช้าง กำลังพลจำนวน 8,000 คน ช้าง 100 เชือก ม้า 300 ตัว ภายใต้การควบคุมของสิริราชสงคราม (Thiri Yazathingyan) ประกอบด้วย ทัพเกณฑ์จากเมืองหลวงพระบาง เมืองเวียงจันทน์ เมืองล้า เมืองหาง เมืองยอง และเมืองปั่น รวมเข้ากับทัพพม่าเดิม
 กองเรือพม่า ประกอบด้วย กำลังพล 10,000 คน เรือ 300 ลำ นำโดยตะเรียงรามจอ (Tuyin Yamagyaw)

เนเมียวสีหบดีได้ยกทัพจากล้านนาเมืองลำปางจำนวน 20,000 คน ออกจากลำปางเมื่อวันที่ 22 สิงหาคม พ.ศ. 2308 ลงมาตามแม่น้ำวัง ทัพหลวงเนเมียวสีหบดียกลงมาก่อนทัพมังมหานรธา เนื่องจากเส้นทางเดินทัพทางเหนือใช้เวลาเดินทางนานกว่าเส้นทางด้านตะวันตก พงศาวดารพม่าระบุว่า ทัพพม่าล้านนายกเข้าโจมตีหัวเมืองเหนือ เมืองตากต่อสู้กับพม่าแต่พ่ายแพ้พม่ายึดเมืองตากได้ ส่วนเมืองระแหงและเมืองกำแพงแพชรนั้นยอมอ่อนน้อมต่อมา ทัพพม่าของเนเมียวสีหบดีใช้วิธีการเดียวกันกับทัพของมังมหานรธาคือ หากเมืองใดไม่ต่อสู้ยอมอ่อนน้อมแต่โดยดีพม่าจะไม่ทำอันตราย สู้รบเฉพาะเมืองที่ต่อต้านเท่านั้น

เนเมียวสีหบดีให้ฉับกุงโบ แนกวนจอโบ ยกทัพหน้า ประกอบด้วยชาวพม่าและล้านนา 5,000 คน เข้าโจมตีเมืองสวรรคโลก พบกับทัพฝ่ายเหนือของพระยาเพชรบุรี (เรือง) ในการรบที่เมืองสวรรคโลก คำให้การชาวกรุงเก่าระบุว่า เกิดการสู้รบอยู่สิบสามวันยังไม่แพ้ชนะ หัวหน้าทัพฝ่ายสยามจำนวน 17 คน ได้แก่ หมื่นมหาดเล็ก หมื่นเด็กชาย หมื่นชิตภูบาล หมื่นชาญภูเบศร์ ฯลฯ นำทัพสยามขี่ม้าออกสู้พม่า ฝ่ายพม่าตีกระหนาบสองข้างฝ่ายสยามแตกพ่าย พม่าสามารถตัดศีรษะแม่ทัพนายกองฝ่ายสยามไปได้เจ็ดคน จนสุดท้ายพระยาเพชรบุรีจำต้องถอยลงมาอยู่ที่เมืองชัยนาท

ฝ่ายกรุงศรีอยุธยา เจ้าพระยาพิษณุโลก (เรือง) ให้พระยาพลเทพกราบทูลสมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ขอเดินทางกลับไปปลงศพมารดาที่เมืองพิษณุโลก พระเจ้าเอกทัศน์ก็โปรดฯให้เจ้าพระยาพิษณุโลกไปปลงศพมารดาตามคำกราบทูล ให้หลวงมหาดไทยเมืองพิษณุโลก หลวงโกษาเมืองพิษณุโลก และหลวงเทพเสนาคุมทัพเมืองพิษณุโลกที่วัดภูเขาทองกรุงศรีอยุธยาอยู่แทน ในเดือนสิบเอ็ด (ตุลาคม) ทัพพม่าล้านนาเชียงใหม่จำนวน 5,000 คน ยกจากสวรรคโลกเข้าโจมตีเมืองสุโขทัย ยึดเมืองสุโขทัยได้และตั้งทัพอยู่ในเมืองสุโขทัย พระยาสุโขทัยและพระยาสวรรคโลกยกครัวหนีเข้าป่า แล้วเจ้าพระยาพิษณุโลก พระยาสุโขทัย และพระยาสวรรคโลก จึงจัดทัพเข้าล้อมเมืองพิษณุโลกไว้ นำไปสู่การรบที่เมืองสุโขทัย

เจ้าฟ้าจีด โอรสของพระองค์เจ้าดำ ต้องโทษจำคุกอยู่ในพระราชวัง หลวงโกษา (ยัง) เมืองพิษณุโลกได้ช่วยเหลือให้เจ้าฟ้าจีตสามารถหลบหนีออกจากที่กุมขังได้สำเร็จในเดือนพฤศจิกายน ออกไปเข้าเฝ้าพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัด จากนั้นเจ้าฟ้าจีดจึงเสด็จหลบหนีขึ้นเหนือไปพร้อมกับทัพเมืองพิษณุโลกที่วัดภูเขาทอง ยกกลับไปเมืองพิษณุโลก พระเจ้าเอกทัศน์ทรงส่งคนออกตามจับเจ้าฟ้าจีดแต่ไม่สำเร็จ เจ้าฟ้าจีดหลบหนีถึงเมืองพิษณุโลก ขณะนั้นเจ้าพระยาพิษณุโลก (เรือง) ไม่อยู่ กำลังนำทัพออกไปช่วยเมืองสุโขทัยอยู่นั้น เจ้าฟ้าจีดจึงเข้ายึดเมืองพิษณุโลก ยึดทรัพย์สินของเจ้าพระยาพิษณุโลก จุดไฟเผาบ้านเรือน กวาดผู้คนเข้าปิดประตูเมืองตั้งมั่นอยู่ที่เมืองพิษณุโลก นางจึงเชียง ภรรยาของเจ้าพระยาพิษณุโลก ลงเรือลำเล็กเดินทางไปแจ้งข่าวการยึดอำนาจของเจ้าฟ้าจีดให้แก่เจ้าพระยาพิษณุโลก เจ้าพระยาพิษณุโลกมีความโกรธจึงถอยทัพจากเมืองสุโขทัยลงมาที่เมืองพิจิตร แล้วยกไปตั้้งค่ายที่หลังเมืองพิษณุโลก สู้รบกับเจ้าฟ้าจีด จนกระทั่งเจ้าพระยาพิษณุโลกสามารถยึดเมืองพิษณุโลกคืนได้ เจ้าฟ้าจีดแตกพ่ายหนีออกจากพิษณุโลกแต่ถูกจับกุมตัวได้ เจ้าพระยาพิษณุโลกให้คุมตัวเจ้าฟ้าจีดใส่กรงลงมายังกรุงศรีอยุธยา แต่ลงมาเจอกับกองกำลังพม่าที่นครสวรรค์ไม่สามารถไปต่อได้ เจ้าฟ้าจีดจึงถูกคุมตัวกลับมาที่พิษณุโลก เจ้าพระยาพิษณุโลกมีคำสั่งให้สำเร็จโทษเจ้าฟ้าจีดด้วยการถ่วงน้ำ

พงศาวดารพม่าระบุว่า เมืองสุโขทัยยอมแพ้ยอมจำนนต่อพม่าแต่โดยดี จากนั้นพม่าจึงเข้าโจมตีเมืองพิษณุโลกจนสามารถยึดเมืองพิษณุโลกได้ และตั้งมั่นอยู่ที่เมืองพิษณุโลก แต่พงศาวดารไทยระบุว่าพม่าไม่ได้โจมตีเมืองพิษณุโลก เนเมียวสีหบดีตั้งมั่นอยู่ที่เมืองสุโขทัยจนถึงเดือนยี่ (มกราคม) พ.ศ. 2509 แล้วจึงยกลงมาสมทบกับทัพหน้าของแนกวนจอโบที่กำแพงเพชร

เนเมียวสีหบดีส่งสิรินันทสงคราม (Thiri Nanda Thingyan) และจอข้องจอสู (Kyawgaung Kyawthu) ยกเข้าตีเมืองพิชัย เมืองพิจิตร เมืองธานี เมืองนครสวรรค์ และเมืองอ่างทอง ซึ่งพงศาวดารพม่าระบุว่าเมืองเหล่ายอมแพ้แต่โดยดีทุกเมือง พงศาวดารพม่าระบุว่า ทัพของเนเมียวสีหบดีประชุมกำลังพลที่เมืองพิษณุโลก  เนเมียวสีหบดีพักทัพไว้ระยะหนึ่งเพื่อฟื้นฟูกำลังทหารที่สูญเสียไปในการทัพอันทรหดและโรคระบาด ผู้นำท้องถิ่นถูกบังคับให้ดื่มน้ำสาบานความภักดีและจัดหาทหารเกณฑ์ให้แก่พม่า เช่นเดียวกับมังมหานรธาที่หาทหารเกณฑ์เพิ่มเติมจากในท้องที่นอกพระนครนั้นเอง และนำปืนใหญ่ต่างๆที่ยึดได้จากหัวเมืองเหนือส่งกลับไปเชียงใหม่ จากนั้นเนเมียวสีหบดีจึงให้รวบรวมชาวสยามจากเมืองตาก เมืองระแหง เมืองกำแพงเพชร เมืองสวรรคโลก เมืองสุโขทัย เมืองพิษณุโลก เมืองพิชัย เมืองธานี เมืองพิจิตร เมืองนครสวรรค์ และเมืองอ่างทอง ภายใต้การบังคับบัญชาของแม่ทัพพม่าชื่อ นันทอุเทนจอดิน (Nanda Udein Kyawdin) จัดตั้งขึ้นเป็นกองทัพประกอบด้วยชาวสยามหัวเมืองเหนือ เข้าร่วมกับกองทัพพม่า ให้เป็นกองหน้าเข้าโจมตีกรุงศรีอยุธยาต่อไป

การรบที่สีกุก 
ฝ่ายราชสำนักอยุธยาพระเจ้าเอกทัศน์ทรงส่งพระยาพลเทพนำทัพซึ่งพงศาวดารพม่าระบุว่ามีจำนวน 60,000 คน พร้อมทั้งช้าง 500 เชือก และปืนใหญ่ 500 กระบอก ไปตั้งรับทัพพม่าของมังมหานรธาที่สีกุก (ตำบลน้ำเต้า อำเภอบางบาล) ทางตะวันตกของกรุงศรีอยุธยา ฝ่ายมังมหานรธายกทัพจากดงรังหนองขาวกาญจนบุรีแบ่งทัพออกเป็นสองทาง ให้ปะกันหวุ่นแมงจีกามะนีจันทายกทัพเรือ ส่วนมังมหานรธาพร้อมทั้งทัพหน้าติงจาแมงข่องยกทัพบก ขึ้นมาที่เมืองธนบุรีเมืองนนทบุรี แล้วทัพหรือของปะกันหวุ่นไปตั้งที่บางไทรขนอนหลวงวัดโปรดสัตว์ (ตำบลขนอนหลวง อำเภอบางปะอิน) ทางใต้ของกรุงศรีอยุธยา ส่วนทัพหลวงของมังมหานรธายกมาที่สีกุกทางเมืองสุพรรณบุรี พบกับทัพสยามของพระยาพลเทพ นำไปสู่การรบที่สีกุก ทัพพม่ามีกำลัง 10,000 คน สามารถเอาชนะทัพสยามได้ที่สีกุก ทัพสยามของพระยาพลเทพพ่ายแพ้แตกพ่ายถอยกลับไป จนทหารอยุธยาต้องหนีกลับไปตั้งมั่นอยู่ในพระนคร ฝ่ายพม่าจับได้เชลยชาวสยาม 2,000 คน พร้อมทั้งปืนใหญ่ 200 กระบอก หลังจากนั้นพม่าจึงตั้งทัพที่หมู่บ้านกานนี ซึ่งในพงศาวดารไทยระบุว่าคือสีกุก มังมหานรธาให้รื้อเอาอิฐจากอุโบสถวิหารวัดวาอารามของสยามในบริเวณนั้นมาทำเป็นกำแพงค่ายสีกุกและบางไทร แล้วเฝ้ารอทัพของเนเมียวสีหบดีจากทางเหนือมาบรรจบกัน มังมหานรธาเจดีย์ซึ่งพระเจ้าบุเรงนองทรงสร้างไว้เมื่อสองศตวรรษก่อน

พม่าเข้าล้อมกรุงศรีอยุธยา 
มังมหานรธาส่งข่าวกราบทูลแก่พระเจ้ามังระที่เมืองอังวะ ว่าทัพพม่าสามารถยึดหัวเมืองทางตะวันตกของอยุธยาได้จนหมดสิ้นแล้ว พระเจ้ามังระจึงมีพระราชโองการแต่งตั้งให้แมงกี้มารหญ้าลงมาเป็นเจ้าเมืองทวาย ถือเป็นการยึดครองเมืองทวายของพม่าอย่างสมบูรณ์ และพระเจ้ามังระยังส่งทัพเสริมมาที่กรุงศรีอยุธยาอีกได้แก่;

 ทัพพม่าจำนวน 1,000 คน ยกลงมาทางเมืองเมาะตะมะ แล้วยกเข้ามาทางด่านเมืองอุทัยธานี มาตั้งที่วิเศษชัยชาญ
 ทัพมอญจำนวน 2,000 คน จากเมืองเมาะตะมะ นำโดยพระยาเจ่ง ตละเสี้ยง ตละเกล็บ ยกเข้ามาทางด่านเจดีย์สามองค์ ผ่านตอกระออมกาญจนบุรีจากนั้นยกทัพเรือขึ้นไปสมทบกับปะกันหวุ่นที่ขนอนหลวงบางไทร
เมื่อทัพพม่าสามารถยึดได้ลงมาถึงอ่างทองและวิเศษชัยชาญแล้ว จึงเคลื่อนลงมาตั้งอยู่ที่ปากน้ำประสบ (ตำบลโพธิ์สามต้น อำเภอบางปะหัน) ทางตอนเหนือของกรุงศรีอยุธยา มาถึงชานพระนครเมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2309 และสามารถติดต่อกับกองทัพมังมหานรธาได้ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2309 มีแม่ทัพพม่าตั้งค่ายล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่ที่สำคัญสามจุดได้แก่;

 ค่ายทัพหัวเมืองเหนือของเนเมียวสีหบดี จำนวน 20,000 คน ตั้งอยู่ที่ปากน้ำประสบทางเหนือของกรุงศรีอยุธยา
 ค่ายทัพทวายของมังมหานรธา จำนวน 30,000 คน ตั้งอยู่ที่สีกุกทางตะวันตกของกรุงศรีอยุธยา
 ทัพของปะกันหวุ่น แมงจีกามะนีจันทา ตั้งอยู่ที่บางไทรขนอนหลวง ทางใต้ของกรุงศรีอยุธยา อยู่ภายใต้การควบคุมของมังมหานรธา โดยมีทัพเรือมอญของพระยาเจ่งมาสมทบ

การรบที่ชานกรุงศรีอยุธยา

การรบที่ปากน้ำประสบ 
พงศาวดารพม่าระบุว่า ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2309 เมื่อทัพใหญ่ฝ่ายเหนือของเนเมียวสีหบดียกเข้ามากำลังใกล้จะถึงปากน้ำประสบนั้น ฝ่ายสยามได้ยกทัพออกไปสกัดตั้งรับ สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ทรงมีพระราชโองการให้ถอดจมื่นศรีสรรักษ์ (ฉิม) ให้พ้นโทษจากคุกมาช่วยในการศึก แล้วจึงทรงให้เจ้าพระยาพระคลังนำทัพจำนวน 10,000 คน ยกออกไปสกัดพม่าที่ปากน้ำประสบ (พงศาวดารพม่าระบุจำนวน 30,000 คน กับช้าง 300 เชือก) ไปทั้งทางบกและทางเรือ พระเจ้าเอกทัศน์ทรงให้นำกระชุก (ภาชนะสานชนิดหนึ่ง) ออกไปเป็นจำนวนมาก เพื่อขุดดินบรรจุลงกระชุกทำเป็นสนามเพลาะ พงศาวดารไทยระบุว่า ทัพของเจ้าพระยาพระคลังประกอบด้วยคนจำนวนมากเต็มท้องทุ่ง เจ้าพระยาพระคลังแม่ทัพหยุดแคร่ที่ใด กองทัพก็หยุดอยู่ที่นั่นพร้อมกันทั้งหมด เมื่อถึงค่ายทัพพม่า ฝ่ายทัพไทยก็ต้องทัพซ้อนคากันอยู่ ทัพเจ้าพระยาพระคลังยกข้ามแม่น้ำลพบุรีเข้าโจมตีทัพของเนเมียวสีหบดีที่ฝั่งตะวันตก นำไปสู่การรบที่ปากน้ำประสบ พงศาวดารไทยระบุว่า ทัพของเจ้าพระยาพระคลังเมื่อเข้าตีค่ายพม่า ฝ่ายพม่ายิงปืนออกมาถูกทหารสยามเสียชีวิตห้าถึงหกคน แล้วทัพของเจ้าพระยาพระคลังจึงถอยกลับลงมา ฝ่ายพม่าจับเชลยได้ 1,000 คน ยึดช้างได้ 200 เชือก ยึดปืนได้ 500 กระบอก ยึดเรือเล็กได้ 300 ลำ ฝ่ายเจ้าพระยาพระคลังจึงถอยกลับกรุงศรีอยุธยา เป็นเหตุให้ทัพพม่าของเนเมียวสีหบดีสามารถยกมาตั้งค่ายที่ปากน้ำประสบได้

อีกสองสามวันต่อมา เมื่อเนเมียวสีหบดีตั้งค่ายที่ปากน้ำประสบได้สำเร็จแล้ว พระเจ้าเอกทัศน์จึงมีพระราชโองการให้เจ้าพระยาพระคลังยกทัพออกไปขับไล่พม่าที่ปากน้ำประสบอีกครั้ง ครั้งนี้มีชาวกรุงศรีฯผู้มีความอยากรู้อยากเห็น ติดตามกองทัพออกไปดูชมพม่ารบจำนวนมาก เจ้าพระยาพระคลังจึงยกทัพออกไปอีกครั้งหนึ่ง จำนวน 10,000 คน (พงศาวดารพม่าระบุว่า 50,000 คน ช้าง 500 เชือก) เนเมียวสีหบดีจัดทัพจำนวน 10,000 คน ช้าง 100 เชือก ม้า 1,000 ตัว ออกมาตั้งรับ นำไปสู่การรบที่ปากน้ำประสบอีกครั้งหนึ่ง ฝ่ายพม่าแสร้งทำเป็นยกออกไปหลังค่ายประหนึ่งว่าเตรียมถอยหนี ฝ่ายสยามกองอาทมาตจึงยกเข้าตีค่ายพม่าอย่างไม่ทันระวัง เนเมียวสีหบดีจึงให้กองกำลังเข้าตีโอบหลังทัพสยาม ทำให้ฝ่ายสยามถูกสังหารเสียชีวิตจำนวนมากล้มตายกลาดเกลื่อน ทัพสยามพ่ายแพ้เจ้าพระยาพระคลังต้องถอยทัพกลับลงมาอยู่ที่โพธิ์สามต้น ฝ่ายจมื่นศรีสรรักษ์ (ฉิม) ขี่ม้าหนีข้ามแม่น้ำลพบุรีกลับมาฝั่งตะวันออก ในขณะที่พระยาตากนั้นไม่ถอยหนี คอยตั้งรับอยู่เป็นแนวหลังจนทัพสยามถอยกลับไปหมดสิ้น ฝ่ายพม่าจับกุมเชลยได้อีก 1,000 คน ช้าง 100 เชือก ปืน 500 กระบอก

การรบที่วัดภูเขาทอง 

พงศาวดารพม่าระบุว่า หลังจากความพ่ายแพ้ของฝ่ายอยุธยาที่ปากน้ำประสบเป็นเวลาห้าวัน ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2309 ยกรุงศรีอยุธยาจึงส่งทัพออกมาโจมตีทัพของมังมหานรธาทางทิศตะวันตกของกรุง ส่งมาสองทัพนำโดยพระยาเพชรบุรี (เรือง ในพงศาวดารพม่าเรียกว่า Bra Than) และพระยาตาก ยกทัพจำนวน 50,000 คน ช้าง 400 เชือก และปืน 1,000 กระบอก ออกไปโจมตีมังมหานรธาที่สีกุก ฝ่ายมังมหานรธาส่งทัพออกมาสองทัพ นำโดยเนเมียวคุงนะรัต (Nemyo Gonnarat) และแมงจีชัยสู (Mingyi Zeyathu) แต่ละทัพประกอบด้วยกำลังพล 20,000 คน ช้าง 100 เชือก ม้า 500 ตัว ยกมาตั้งทัพสยามที่เจดีย์วัดภูเขาทองทางตะวันตกเฉียงเหนือของกรุงศรีอยุธยา ซึ่งพระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองได้สร้างขึ้นเมื่อประมาณสองร้อยปีก่อน นำไปสู่การรบที่วัดภูเขาทอง พงศาวดารพม่าระบุว่า ฝ่ายสยามใช้กลยุทธใหม่ คือซุ่มโจมตีทัพของแมงจีชัยสูเพียงทัพเดียว แทนที่จะยกเข้าโจมตีทัพพม่าพร้อมกันทั้งหมด ทำให้ทัพของแมงจีชัยสูต้องรับมือกับทัพสยามอย่างหนัก เจ้าเมืองสุพรรณบุรีซึ่งได้เข้ากับพม่านั้น ได้อาสาต่อพม่าขอออกต่อสู้กับทัพสยาม พระยาเพชรบุรีและเจ้าเมืองสุพรรณบุรีต่อสู้กันตัวต่อตัวบนหลังช้าง จนกระทั่งเจ้าเมืองสุพรรณบุรีถูกฝ่ายสยามยิงเสียชีวิต ทัพของแมงจีชัยสูไม่ได้รับความช่วยเหลือจากเนเมียวคุงนะรัตและกำลังจะแตกพ่าย แต่แมงจีชัยสูสามารถแก้ปัญหาด้วยการแสร้งถอยหนีแต่ยกทัพอ้อมไปทางตะวันออกของเจดีย์ภูเขาทอง เข้าโจมตีทางด้านหลังของทัพสยาม และยังยิงปืนเข้าใส่ช้างสยาม ทำให้ช้างสยามแตกตื่นและอาละวาดไม่สามารถควบคุมได้ ทำให้ทัพสยามล้มตายจำนวนมาก ทัพของพระยาเพชรบุรีและพระยาตากจึงแตกพ่ายถอยกลับเข้ากรุงศรีอยุธยาในที่สุด ฝ่ายพม่าจับกุมได้เชลย 2,000 คน ช้าง 200 เชือก ปืน 200 กระบอก

มังมหานรธาแม่ทัพพม่าที่สีกุก กล่าวชื่นชมเจ้าเมืองสุพรรณบุรี ที่แม้ว่าจะเป็นขุนนางสยามแต่ได้สละชีพในสนามรบเพื่อพม่า และกล่าวตำหนิโทษของแมงจีชัยสู ว่ากระทำการไม่รอบคอบถอยทัพหนีมีความขลาดกลัวทำให้ฝ่ายพม่าได้รับความสูญเสีย มีคำสั่งให้ลงโทษประหารชีวิตแมงจีชัยสู เนเมียวคุงนะรัตและแม่ทัพพม่าคนอื่นๆได้แก่ต่างให้แก่แมงจีชัยสู ว่าสถานการณ์คับขันสุดวิสัยทัพสยามเข้าโจมตีทัพของแมงจีชัยสูอย่างหนักเพียงทัพเดียว ทำให้แมงจีชัยสูต้องแสร้งถอยหนีแต่สามารถยกไปตีวกหลังทัพสยามได้ในที่สุด มังมหานรธากล่าวว่าแมงจีชัยสู้แม้มีความผิดแต่เห็นแก่คำขอของแม่ทัพนายกองจึงไว้ชีวิตแมงจีชัยสู

ค่ายบางระจัน 

ทัพฝ่ายเหนือของเนเมียวสีหบดี ได้ตีหัวเมืองต่างๆตั้งแต่หัวเมืองเหนือลงมาจนถึงเมืองอ่างทอง จากนั้นจึงเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยา บรรดาหัวเมืองต่างๆไม่ได้สามารถต้านทานทัพพม่าได้เสียให้แก่พม่าบ้างยอมจำนนต่อพม่าบ้าง ชาวบ้านชาวสยามจำนวนมากหลบหนีเข้าป่า ฝ่ายพม่าส่งกำลังเข้าตามจับและเกลี้ยกล่อมชาวสยามที่หนีเข้าป่าไปนั้น ให้กลับมาเข้าร่วมในทัพของพม่า พงศาวดารไทยระบุว่า ฝ่ายพม่าเร่งรัดเอาทรัพย์สินเงินทองและบุตรสาวจากชาวสยาม ในเดือนสี่ (กุมภาพันธ์-มีนาคม พ.ศ. 2309) ชาวบ้านแขวงเมืองวิเศษชัยชาญ เมืองสุพรรณบุรี เมืองสิงห์บุรี และเมืองสรรคบุรี ซึ่งได้เข้าร่วมกับทัพพม่าทางเมืองอุทัยธานี ได้รวมกำลังกันนำโดย:

 นายแท่น นายโช นายอิน และนายเมือง สี่คนนี้เป็นชาวบ้านศรีบัวทอง แขวางเมืองสิงห์บุรี (ตำบลสีบัวทอง อำเภอแสวงหา จังหวัดอ่างทอง)
 นายดอกเป็นชาวบ้านตรับ
 นายทองแก้วชาวบ้านโพทะเล (ตำบลโพทะเล อำเภอค่ายบางระจัน)

นอกจากนี้ยังมีพระอาจารย์ธรรมโชติ มาจากวัดเขานางบวชแขวงเมืองสุพรรณบุรี มาอยู่ที่วัดโพธิ์เก้าต้นบ้านบางระจัน แขวงเมืองวิเศษชัยชาญ มีราษฎรชาวบ้านเข้ามาขอพึ่งพิงอาศัยอยู่จำนวนมาก

ฝ่ายนายแท่น ได้นำกำลังเข้าโจมตีสังหารทหารพม่าไปยี่สิบคน จากนั้นจึงหนีมาอยู่จับพระอาจารย์ธรรมโชติวัดโพธิ์เก้าต้น นำไปสู่การกำเนิดของค่ายบางระจัน ต่อมาจึงมีผู้มาเข้าร่วมกับค่ายบางระจันอีกได้แก่

 นายทองเหม็น (พระพนรัตน์ฯ: นายทองเขมน) และนายทอง ชาวบ้านลูกแกกาญจนบุรี
 นายทองแส ชาวบ้านพราน
 พันเรือง ขุนนางในบ้านบางระจัน ซึ่งเป็นบุคคลที่ฝ่ายพม่าต้องการจับกุมตัว

ในระยะแรก นายแท่นเป็นผู้นำค่ายบางระจัน นายแท่นให้สร้างค่ายขึ้นที่บางระจันทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำน้อย รวบรวมกำลังได้ 400 คน พระอาจารย์ธรรมโชติปลุกเสกตะกรุดผ้าประเจียดและมงคลศีรษะให้แก่ชาวบ้านบางระจันทุกคน ฝ่ายพม่าที่เมืองวิเศษชัยชาญส่งกำลัง 100 คน มาตามจับพันเรือง อยู่ที่ฝั่งตรงข้ามของแม่น้ำน้อย นายแท่นนำกำลัง 200 คน เข้าตะลุมบอนต่อสู้กับทัพพม่าแตกพ่ายไป หลังจากนั้นพม่าจึงส่งทัพมาตีค่ายบางระจันทั้งหมดแปดครั้ง

 ครั้งที่หนึ่ง: พม่าเมืองวิเศษชัยชาญ ส่งงาจุหวุ่นคุมกำลัง 500 คน มาตีค่ายบางระจัน นายแท่นนำกำลังเข้าตีกำลังพม่าแตกพ่ายไป
 ครั้งที่สอง: พม่าเมืองวิเศษชัยชาญ ส่งเยกีหวุ่นคุมกำลัง 700 คน มาตีค่ายบางระจันแต่พ่ายแพ้
 ครั้งที่สาม: พม่าเมืองวิเศษชัยชาญ ส่งติงจาโบ่นำกำลัง 900 คน มาตีค่ายบางระจัน แต่ต้องพ่ายแพ้อีกครั้งหนึ่ง
 ครั้งที่สี่: พม่าส่งสุรินทจอข่องเป็นแม่ทัพใหญ่ นำกำลัง 1,000 คน ม้า 60 ตัว มาตีค่ายบางระจัน ฝ่ายค่ายบางระจันมีกำลัง 600 คน แบ่งเป็นทัพนายแท่นผู้นำ 200 คน ทัพนายทองเหม็นปีกขวา 200 คน ทัพพันเรืองปีกซ้าย 200 คน มีอาวุธปืนทั้งปืนคาบชุดและปืนคาบศิลา ซึ่งรวบรวมมาได้จากชาวบ้านบ้างยึดมาจากพม่าบ้าง นายแท่นนำทัพชาวบางระจันยกไปถึงคลองสะตือสี่ต้นที่ทุ่งบ้านห้วยไผ่ (อำเภอแสวงหา) ตั้งทัพอยู่ที่คลองสะตือใหญ่ ฝ่ายสุรินทจอข่องยกทัพมาถึงคลองสะตือ นำไปสู่การรบที่คลองสะตือ ฝ่ายพม่าขนไม้หญ้ามาถมข้ามคลองสะตือ ชาวบ้านบางระจันบุกข้ามไปฟันทางทหารพม่า สุรินทจอข่องแม่ทัพพม่าถูกชาวบ้านบางระจันตัดศีรษะเสียชีวิต ในขณะที่นายแท่นถูกปืนพม่าที่เข่าได้รับบาดเจ็บ ชาวบ้านหามนายแท่นข้ามคลองกลับมา ชาวบ้านบางระจันรบกับพม่าตั้งแต่เวลาเช้าจนถึงเที่ยง หลังจากที่การรบยุติลงชั่วขณะเนื่องจากนายแท่นได้รับบาดเจ็บ ชาวบ้านบางระจันจึงบุกข้ามคลองไปอีกครั้ง คราวนี้ฝ่ายพม่าแตกพ่ายถอยกลับไป จนถึงเวลาเย็นฝ่ายพม่าเสียชีวิต 800 คน หนีกลับไปได้ 300 คน ชาวบ้านบางระจันจึงเก็บอาวุธของพม่านำมาใช้ต่อ

การรบระหว่างชาวบ้านบางระจันกับพม่าครั้งสี่เป็นครั้งที่สำคัญ เนื่องจากทำให้ฝ่ายพม่าต้องพักรบไปเป็นเวลา 11-12 วัน แล้วส่งกองทัพที่มีขนาดใหญ่มากขึ้นนำโดยแม่ทัพที่ยศสูงขึ้น ฝ่ายชาวบ้านบางระจันนายแท่นได้รับบาดเจ็บจึงต้องเปลี่ยนตัวผู้นำมาเป็นนายจันทร์หนวดเขี้ยว

 ครั้งที่ห้า: พม่าส่งกำลัง 1,000 กว่าคน นำโดยแยจออกากา ยกมีตีค่ายบางระจันแต่ไม่สำเร็จ
 ครั้งที่หก: จิกแกปลัดเมืองทวาย นำทัพพม่า 1,000 กว่าคน โจมตีค่ายบางระจันแต่พ่ายแพ้ไปเช่นกัน

ฝ่ายชาวบ้านค่ายบางระจันร้องขอปืนใหญ่สองกระบอกจากราชสำนักอยุธยาเพื่อใช้ป้องกันพม่า แต่พระเจ้าเอกทัศน์ทรงมีพระวินิจฉัยว่า หากมอบปืนใหญ่ให้แก่ค่ายบางระจัน แล้วค่ายบางระจันเสียให้แก่พม่าแล้ว พม่าจะยึดปืนใหญ่อันมีค่าไปได้ ทางอยุธยาจึงยังไม่ส่งปืนใหญ่ให้แก่ค่ายบางระจัน แต่พระยารัตนาธิเบศร์เสนาบดีกรมวัง เดินทางออกจากอยุธยาไปยังค่ายบางระจัน เพื่อเรี่ยไรนำทองเหลืองมาหล่อขึ้นเป็นปืนใหญ่ให้แก่ค่ายบางระจัน หลังจากนั้นวันรุ่งขึ้น อากาปันหญีแม่ทัพพม่าจึงยกทัพเข้าโจมตีค่ายบางระจัน

 ครั้งที่เจ็ด: อากาปันหญี นำทัพ 1,000 กว่าคนมาตั้งที่ตำบลขุนโลก ฝ่ายบางระจันนายจันทร์หนวดเขี้ยวนำทัพออกไป พร้อมกับขุนสรรค์ผู้แม่นปืน ยกเข้าโจมตีอากาปันหญีที่บ้านขุนโลกยังไม่ทันจะตั้งค่าย อากาปันหญีแม่ทัพพม่าถูกสังหาร ฝ่ายบางระจันยึดสรรพาวุธพม่าได้ การรบครั้งที่เจ็ดนี้ทำให้ฝ่ายพม่าต้องยุติการโจมตีค่ายบางระจันลงเป็นเวลาครึ่งเดือน

สงครามระหว่างชาวบ้านบางระจันและพม่ายืดเยื้อ ชาวบ้านบางระจันสามารถต้านทานพม่าได้เป็นเวลาห้าเดือน จนกระทั่งเดือนหก (เมษายน-พฤษภาคม พ.ศ. 2309) นายทองสุก (ต่อมาคือสุกี้พระนายกอง) ชาวมอญในสยามคนหนึ่ง อาสาต่อพม่าขอโจมตียึดค่ายบางระจันให้จงได้ ฝ่ายพม่าจึงเกณฑ์กำลังชาวพม่ามอญจำนวน 2,000 คน ให้แก่นายทองสุก ยกทัพไปโจมตีค่ายบางระจันเป็นครั้งที่แปดและครั้งสุดท้าย ฝ่ายนายทองสุกเปลี่ยนกลวิธีใหม่ ไม่ยกทัพไปเผชิญหน้ากับชาวบ้านบางระจันโดยตรงกลางแจ้ง แต่ใช้วิธีค่อยๆตั้งค่ายไปตามทาง โดยถอนค่ายด้านหลังวกไปตั้งค่ายใหม่ด้านหน้า ค่อยๆดำเนินไปจนถึงใกล้กับบางระจัน นายทองเหม็นนำชาวบ้านบางระจันยกออกมาโจมตีนายทองสุกพระนายกอง แต่นายทองสุกสามารถยืนหยัดตั้งมั่นอยู่ได้ วันหนึ่งนายทองเหม็นดืมสุราเมา ขี่กระบือนำทัพเข้าโจมตีพม่า นายทองเหม็นขื่กระบือถลำเข้าในไปค่ายพม่าแต่ผู้เดียว ถูกฝ่ายพม่าทุบตีสังหารเสียชีวิต ฝ่ายชาวบ้านบางระจันจึงต้องถอยร่นกลับไป เป็นความพ่ายแพ้ของชาวบ้านบางระจันครั้งแรก

หลังจากที่สามารถเอาชนะชาวบ้านบางระจันได้แล้ว นายทองสุกพระนายกองจึงตั้งค่ายขึ้นที่บ้านขุนโลก ฝ่ายชาวบ้านบางระจันยกไปตีค่ายบ้านขุนโลกหลายครั้งแต่ไม่สำเร็จ นายทองสุกจึงให้ปลูกหอรบขึ้น นำปืนใหญ่ขึ้นยิงเข้าไปในค่ายบางระจัน ถูกชาวบ้านบางระจันล้มตาย นำไปสู่การรบที่ค่ายบางระจัน ฝ่ายนายแท่นอดีตผู้นำค่ายบางระจัน ซึ่งถูกยิงบาดเจ็บที่ขานั้น ล้มป่วยเสียชีวิตในเดือนหก การสู้รบระหว่างนายทองสุกและชาวบ้านบางระจันยังคงดำเนินไป วันหนึ่งนายจันทร์หนวดเขี้ยวผู้นำค่ายบางระจัน พร้อมทั้งขุนสรรค์แม่นปืน ถูกพม่าตีวกหลังสังหารเสียชีวิตทั้งสองคน พันเรืองจึงขึ้นมาเป็นผู้นำค่ายบางระจันคนใหม่ ฝ่ายพระยารัตนาธิเบศร์ขุนนางกรุงศรีอยุธยา มาหล่อปืนใหญ่ที่ค่ายบางระจันขึ้นสองกระบอก แต่ปืนใหญ่นั้นมีรอยแตกร้าวรานไม่สามารถใช้การได้ พระยารัตนธิเบศร์จึงเดินทางกลับกรุงศรีอยุธยา

หลังจากการสู้รบยืดเยื้อยาวนานกว่าห้าเดือน ในที่สุดค่ายบางระจันจึงเสียให้แก่พม่าในวันที่ 20 มิถุนายน พ.ศ. 2309 รวมเวลาต้านกองทัพพม่าได้นาน 5 เดือน ซึ่งการรบของชาวค่ายบางระจัน "นับว่าเข้มแข็งกว่ากองทัพของกรุงศรีอยุธยาในสมัยนั้น" หลังจากนั้นชาวบ้านบางระจันที่ยังเหลือรอด จึงพากันอพยพหลบหนีออกจากค่ายบางระจันไป ค่ายบางระจันจึงสลายตัวลง

พงศาวดารไทยและพม่าไม่ค่อยจะกล่าวถึงชาวบ้านบางระจันมากนัก โดยเป็นการกล่าวถึงแบบรวบรัด เนื่องจากพงศาวดารมักจะกล่าวถึงความขัดแย้งในระดับรัฐต่อรัฐเท่านั้นหรือเพราะชาวบ้านบางระจันทำการรบเพื่อป้องกันตนเอง หรือมิฉะนั้นก็ไม่เคยเกิดเหตุการณ์นี้ขึ้นเลยก็เป็นได้ในพงศาวดารพม่ากล่าวถึง "ผู้นำเล็กน้อย" ที่หยุดการรุกกองทัพฝ่ายเหนือ แต่ระบุไว้ว่า เกิดขึ้นในช่วงต้นของการทัพตามแม่น้ำวัง ช่วงฤดูฝน (สิงหาคม-ตุลาคม) แม่ทัพพม่าผู้ประจำอยู่ใกล้กับอยุธยาเวลานั้น มิใช่เนเมียวสีหบดี แต่เป็นมังมหานรธา ซึ่งกองทัพฝ่ายใต้ได้ตั้งรอกองทัพฝ่ายเหนือนานนับเดือน ดูเหมือนว่าการบรรยายทั้งสอง ผู้นำเล็กน้อยที่ต้านทานเนเมียวสีหบดีในทางเหนือ และมังมหานรธาที่รั้งทัพไว้ที่กรุงศรีอยุธยา ผสมกันจนเกิดเป็นตำนานดังกล่าวขึ้น

สงครามจีน–พม่า 

หัวเมืองไทใหญ่และชนชาติไททางตอนเหนือของพม่า เป็นปริมณฑลอำนาจที่ทับซ้อนกันระหว่างพม่าและจีน เมื่อพม่าเสื่อมอำนาจลงในช่วงปลายสมัยราชวงศ์ตองอู จักรวรรดิจีนราชวงศ์ชิงได้แผ่ขยายอิทธิพลเข้าสู่หัวเมืองไทใหญ่ตามชายแดนเหล่านั้น ได้แก่ เมืองก้อง เมืองบ้านหม้อ ในลุ่มแม่น้ำอิระวดี เมืองแสนหวี และเชียงรุ้งสิบสองปันนา เมื่อพระเจ้าอลองพญาสถาปนาราชวงศ์คองบองขึ้นในพ.ศ. 2295 พม่ากลับมามีอำนาจเข้มแข็งขึ้นอีกครั้งและเข้าโจมตีและยึดครองหัวเมืองไทใหญ่ที่อยู่ภายใต้ความคุ้มครองของจีนราชวงศ์ชิง จนนำไปสู่ความขัดแย้งระหว่างพม่าราชวงศ์คองบองและจักรวรรดิจีนราชวงศ์ชิง ในพ.ศ. 2305 พม่าเข้ายึดเมืองเชียงม้า (Gengma, 耿馬 เป็นเมืองของชาวไทเหนือ ปัจจุบันอยู่ในเขตปกครองตนเองเกิ๋งหม่า) และเมืองแสนหวี ในขณะเดียวกันนี้ได้เกิดความขัดแย้งแย่งชิงราชสมบัติภายในเมืองเชียงตุง ระหว่างเจ้าเมืองสามและเจ้าพิน โดยที่ฝ่ายพม่าให้แการสนับสนุนแก่เจ้าเมืองสามให้เป็นเจ้าเมืองเชียงตุงในขณะที่เจ้าพินต้องหลบหนี

ในพ.ศ. 2308 พระเจ้ามังระมีพระราชโองการให้เนเมียวสีหบดีโบชุกแม่ทัพใหญ่ยกทัพพม่าไปที่เมืองเชียงใหม่ เพื่อเตรียมการโจมตีกรุงศรีอยุธยาจากทางเหนือ เจ้าเมืองสามแห่งเชียงตุง ได้รับการสนับสนุนจากเนเมียวสีหบดี ส่งทัพไทเขินเชียงตุงและทัพพม่าขึ้นไปโจมตีเมืองลองและเมืองแช่ของสิบสองปันนา เจ้าเมืองสิบสองปันนาจึงขอความช่วยเหลือจากจีน เดิมทีนั้นฝ่ายจีนมีนโยบายไม่ส่งกองทัพหลวงเข้าแก้ไขความขัดแย้งที่ชายแดนโดยตรง ใช้กองกำลังของชาวพื้นเมืองให้ต่อสู้กันเอง แต่เมื่อพม่าและเชียงตุงเข้าโจมตีสิบสองปันนาในพ.ศ. 2308 นี้ หลิวจ้าว (劉藻) ข้าหลวงประจำมณฑลยูนนานและมณฑลกุ้ยโจว เห็นว่ากองกำลังพื้นเมืองไม่อาจปราบปรามพม่าผู้รุกรานได้อย่างเด็ดขาด เมื่อเนเมียวสีหบดียกทัพจากล้านนาลงไปเพื่อโจมตีอยุธยาแล้วในกลางปีพ.ศ. 2308 หลิวจ้าวจึงตัดสินใจส่งทัพหลวงกองทัพธงเขียวจำนวน 3,500 คน เข้าโจมตีเมืองเชียงตุงในพ.ศ. 2309 นำไปสู่การรุกรานพม่าครั้งแรกของจีน แต่ฝ่ายทัพจีนถูกแม่ทัพพม่าเนเมียวสิธู (Nemyo Sithu) ซึ่งประจำการอยู่ที่เชียงตุง ตีทัพจีนแตกพ่ายไป จักรพรรดิเฉียนหลงเมื่อทรงทราบว่าทัพจีนพ่ายแพ้ให้แก่ทัพพม่าที่เชียงตุง จึงทรงพระพิโรธมีพระราชโองการให้ปลดหลิวจ้าวออกจากตำแหน่ง ทรงแต่งตั้งให้หยางอิงจู (楊應琚) มาเป็นข้าหลวงมณฑลยูนนานและกุ้ยโจวแทน หลิวจ้าวมีความละอายจึงติดสินใจฆ่าตัวตายในที่สุด

การเตรียมการของสยาม 

นับตั้งแต่การรุกรานของพระเจ้าอลองพญาในพ.ศ. 2303 กรุงศรีอยุธยาได้จัดการซ่อมแซมกำแพงเมืองหอรบให้แข็งแรงมากขึ้น อย่างไรก็ตามฝ่ายสยามยังคงประสบปัญหาในการเกณฑ์ไพร่ ซึ่งกองทัพสยามนั้นอาศัยไพร่พลเกณฑ์เป็นหลักมิใช่ทหารอาชีพ ระบบป้องกันตัวเองของอยุธยามีความอ่อนแอจากการที่ราชสำนักอยุธยาไม่มีอำนาจควบคุมหัวเมืองต่างๆ นิธิ เอียวศรีวงศ์ กล่าวว่า รัฐบาลอยุธยาเองก็เห็นว่ายุทธศาสตร์การตั้งรับในพระนครเห็นจะไม่ไหว จำต้องไม่ให้ข้าศึกประชิดพระนครอย่างยุทธศาสตร์ของสมเด็จพระนเรศวร เพียงแต่ว่าระบบป้องกันตนเองของอยุธยามีจุดอ่อนมาก่อนแล้ว จึงทำให้รัฐบาลต้องเตรียมการป้องกันพระนครควบคู่ไปด้วย ดังที่เห็นได้จากการเตรียมเสบียงอาหารและเกณฑ์กองทัพหัวเมือง เพียงแต่ว่าการเกณฑ์กองทัพหัวเมืองได้ทหารจำนวนไม่มากนัก ซึ่งคงเป็นผลมาจากระบบป้องกันตนเองที่มีปัญหานั่นเอง ตรงกันข้ามกับ สุเนตร ชุตินธรานนท์ ที่เห็นว่าทางการอยุธยายังคงใช้พระนครเป็นปราการรับข้าศึกตามยุทธศาสตร์เดิมแต่โบราณ

เมื่อพม่าเข้ารุกรานสยามอีกครั้งในพ.ศ. 2308 ราชสำนักอยุธยาได้ส่งกองทัพไปสกัดทัพพม่าที่ตามชายแดน ที่มะริดตะนาวศรี ที่เพชรบุรีราชบุรี ที่สวรรคโลก แต่ทัพสยามทั้งหมดล้วนแต่พ่ายแพ้ให้แก่กองทัพพม่าที่ยกเข้ามาทั้งสิ้น การสกัดกั้นทัพพม่าที่ชายแดนไม่ประสบผลเนื่องจากแม่ทัพนายกองฝ่ายสยามขาดประสบการณ์ในการบัญชาการรบ จำนวนไพร่พลที่ยกออกไปมีจำนวนจำกัด ราชสำนักอยุธยาไม่มุ่งเน้นที่จะรักษาป้องกันหัวเมืองตามเส้นทางไว้ มีการเรียกเกณฑ์ไพร่พลจากหัวเมืองต่างๆและเรียกตัวเจ้าเมืองเข้ามาป้องกันกรุงศรีอยุธยา โดยที่ตามหัวเมืองเหลือกำลังป้องกันตนเองลดลงกว่าเดิมและขาดผู้นำ บรรดาหัวเมืองจึงไม่สามารถเป็นด่านปราการสำหรับทัพพม่าได้เสียให้แก่พม่าอย่างรวดเร็ว

เมื่อกองทัพพม่าเคลื่อนเข้ามาใกล้ถึงชานกรุงศรีอยุธยานั้น สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้อาราธนาพระสงฆ์พระราชาคณะนอกกำแพงเมืองทั้งปวงให้มาจำวัดอยู่ที่ภายในตัวเมือง พระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัดเสด็จจากวัดประดู่ทรงธรรมมาประทับที่วัดราชประดิษฐานชิดกำแพงฝั่งเหนือของกรุง ขุนนางไปกราบทูลเชิญพระเจ้าอุทุมพรเสด็จลาออกจากผนวชมาช่วยป้องกันบ้านเมืองเหมือนอย่างครั้งสงครามอลองพญา แต่พระเจ้าอุทุมพรยังทรงคงอยู่ในสมณเพศไม่ได้ลาผนวช เมื่อพระเจ้าอุทุมพรเสด็จออกมาบิณฑบาต ชาวกรุงศรีฯต่างเขียนข้อความจดหมายถวายใส่บาตรในทุกวันเป็นจำนวนมาก ทูลขอให้ทรงช่วยออกผนวช

เมื่อฝ่ายพม่าได้รับชัยชนะที่ปากน้ำประสบและวัดภูเขาทองในเดือนมกราคม พ.ศ. 2309 แล้ว จึงสามารถตั้งกองเข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาได้อย่างมั่นคง ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาซึ่งได้ส่งทัพออกไปต่อกรกับพม่าหลายครั้งแต่พ่ายแพ้มาโดยตลอด จึงเปลี่ยนหันมาใช้ยุทธศาสตร์ดั้งเดิมคือการปิดประตูตั้งรับภายในพระนคร พระเจ้าเอกทัศโปรดให้รวบรวมประชาชนและเสบียงเข้ามาไว้ในพระนคร และเตรียมการป้องกันไว้อย่างแน่นหนา รอคอยให้ทัพพม่าถอยกลับไปเองเมื่อถึงฤดูฝน

กำแพงกรุงศรีอยุธยา 

กรุงศรีอยุธยาตั้งอยู่บนเกาะเมืองมีคูเมืองแม่น้ำล้อมรอบเกาะเมือง มีกำแพงก่ออิฐและศิลาแลงรอบพระนคร บนกำแพงมีใบเสมามีชางเชิงเทินช่องเนินบรรพต กำแพงพระนครสูงสามวาสองศอก (ประมาณหกเมตร) หนาสองวาเศษ รอบกำแพงกรุงศรีอยุธยามีป้อมต่างๆยี่สิบสองป้อม มีประตูเมืองขนาดใหญ่มียอดทาสีแดงประมาณยี่สิบกว่าประตู มีประตูช่องกุดขนาดเล็กกว่าสำหรับผู้คนทั่วไปเดินทางเข้าออกประมาณหกสิบประตู และมีประตูทางน้ำสำหรับเรือสัญจรเข้าออก ลักษณะรูปร่างของกำแพงกรุงศรีอยุธยา อาศัยจากภาพวาดของเอ็งเงิลแบร์ท เค็มพ์เฟอร์เมื่อพ.ศ. 2233 ในรัชสมัยพระเพทราชา กำแพงเมืองมีลักษณะลาดลงไป ลักษณะยอดของประตูเมืองอยุธยาคล้ายคลึงกับเสาชิงช้าในปัจจุบัน

แรกเริ่มตั้งแต่ตั้งกรุงศรีอยุธยาในรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าอู่ทอง กำแพงเมืองอยุธยามีลักษณะเป็นเพียงเชิงเทินดินมีเสาไม้ระเนียดปักอยู่แต่เท่านั้น ต่อมาเมื่อมีสงครามกับพม่าจึงมีการก่อสร้างกำแพงใหม่แบบก่ออิฐถือปูนตามอย่างตะวันตกเมื่อพ.ศ. 2092 รัชสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ สร้างชิดคูเมืองทุกด้านยกเว้นด้านตะวันออก พระมหาจักรพรรดิยังทรงสร้างป้อมเพชรและป้อมท้ายกบที่จุดยุทธศาสตร์สำคัญจุดบรรจบของแม่น้ำ หลังจากการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่หนึ่ง มีการต่อเติมกำแพงเมืองอยุธยาไปทางทิศตะวันออกจนชิดคูเมือง และสร้างป้อมมหาชัยขึ้นในสมัยพระมหาธรรมราชาเมื่อพ.ศ. 2123 ในสมัยพระนารายณ์มีการบูรณะกำแพงเมืองกรุงศรีอยุธยาโดยวิศวกรชาวฝรั่งเศส และดำรงอยู่มาจนถึงการเสียกรุงฯครั้งที่สอง กำแพงพระนครอยุธยาก็ได้มีอายุแล้วสองร้อยกว่าปี ป้อมเมืองที่ตั้งอยู่ในจุดยุทธศาสตร์สำคัญได้แก่;

 ป้อมเพชรทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ ตั้งอยู่จุดบรรจบของแม่น้ำแม่น้ำเจ้าพระยา และแม่น้ำปากสัก และเป็นด่านปราการที่สำคัญทางทิศใต้
 ป้อมมหาไชย ตั้งอยู่ที่หัวมุมตะวันออกเฉียงเหนือของกรุงบริเวณหัวรอ เป็นจุดที่แม่น้ำป่าสักและแม่น้ำลพบุรีมาบรรจบกัน
 ป้อมท้ายกบ ตั้งอยู่ที่มุมด้านตะวันตกเฉียงเหนือของกรุง เป็นจุดที่แม่น้ำเจ้าพระยาและแม่น้ำลพบุรีมาบรรจบกัน

อาวุธปืนของสยาม 
กรุงศรีอยุธยามีอาวุธปืนอยู่จำนวนมาก ทั้งปืนคาบศิลาและโดยเฉพาะปืนใหญ่ ชาวสยามเรียนรู้การทำอาวุธปืนและหล่อปืนใหญ่ทองเหลืองจากชาวโปรตุเกส จนสามารถตั้งทำโรงหลอมปืนใหญ่ได้เอง โชกุนโทกูงาวะ อิเอยาซุ ได้ร้องขออาวุธปืนและดินปืนจากสยามในรัชสมัยพระเจ้าทรงธรรมในพ.ศ. 2151 ปืนใหญ่ที่สมเด็จพระนารายณ์ได้พระราชทานให้แก่พระเจ้าหลุยส์ที่ 14 แห่งฝรั่งเศสนั้น ต่อมาได้ถูกใช้ในเหตุการณ์ถล่มคุกบาสตีย์เมื่อพ.ศ. 2332 นอกจากนี้ กรุงศรีอยุธยายังซื้อปืนใหญ่จากชาวยุโรป ซึ่งเป็นปืนใหญ่หล่อด้วยเหล็กเรียกว่า"ปืนบาเรียม"ซึ่งมีขนาดใหญ่กว่าปืนทองเหลืองที่ทำขึ้นในสยาม ปืนใหญ่บางกระบอกยาวถึง 9 เมตร และยิงลูกปืนใหญ่น้ำหนักกว่า 45 กิโลกรัม ปืนใหญ่ของสยามได้รับการเคารพนับถือ เซ่นไหว้บูชาว่าเป็นที่สิงสถิตย์ของเทพารักษ์ผู้คอยป้องกันบ้านเมือง ฝ่ายสยามยังมีปืนใหญ่ขนาดเล็ก ไว้สำหรับนำออกศึกจำนวนมากที่ละหลายร้อยกระบอกและยังสามารถประดับไว้บนเรือและหลังช้างได้ด้วย

ทั้งสยามและพม่าไม่สามารถผลิตปืนคาบศิลาได้เอง ต้องนำเข้าจากชาวตะวันตกเท่านั้น ปืนคาบศิลามีเทคโนโลยีที่เหนือกว่าปืนดั้งเดิมคือมีอัตราการยิงที่สูงกว่า แม้ฝ่ายสยามจะมีปืนจำนวนมากแต่ขาดประสบการณ์การใช้ปืน ดังปรากฏในพงศาวดารฝ่ายสยามไม่สามารถยิงปืนใหญ่ให้ถูกทัพพม่าได้ ยิงตกบ้างยิงเลยบ้าง หรือปืนใหญ่บางกระบอกขาดการดูแลรักษาทำให้ไม่สามารถใช้งานได้ ฝ่ายพม่าให้ความสำคัญเกี่ยวกับการฝึกการใช้อาวุธอย่างเชี่ยวชาญมากกว่า ดังปรากฏจากการที่พระเจ้าอลองพญามีหมายรับสั่งในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2307 ทรงสอนทหารปืนให้ใช้ปืนคาบศิลาอย่างถูกต้อง ฝ่ายสยามมีปืนจำนวนมากแต่ไม่ได้นำมาใช้ทั้งหมดเนื่องจากขาดทหารที่มีทักษะ ในขณะที่พม่ามีการใช้ปืนคาบศิลาถึงร้อยละหกสิบของกำลังพลทั้งหมด ครั้งเมื่อพม่าตีกรุงศรีอยุธยาแตก ฝ่ายพม่าพบอาวุธปืนจำนวนมากได้แก่ ปืนคาบศิลาใหม่กว่า 10,000 กระบอก และเครื่องกระสุนอีกเป็นจำนวนมากที่ยังไม่ได้ใช้ แม้ว่าจะอยู่ในระหว่างการล้อมนาน 14 เดือนก็ตาม

ฤดูน้ำหลาก 
การรบระหว่างพม่าและสยามส่วนใหญ่มักกระทำในฤดูแล้งระหว่างเดือนยี่ (มกราคม) จนถึงเดือนเก้า (สิงหาคม) ฤดูฝนมาถึงในเดือนพฤษภาคมและระดับน้ำจะเริ่มสูงขึ้นในเดือนกันยายนสบทบกับน้ำจากทางเหนือ เกาะตัวเมืองอยุธยาตั้งอยู่บนที่ดอนน้ำไม่ท่วมถึง แต่บริเวณโดยรอบกรุงศรีอยุธยานั้นน้ำท่วมในฤดูน้ำหลาก พม่าผู้รุกรานจะไม่สามารถตั้งอยู่ได้เนื่องจากน้ำท่วมทำให้ทหารได้รับความลำบากเสบียงอาหารเสียหาย และยังเป็นแหล่งของโรคภัยไข้เจ็บต่างๆ ระดับน้ำท่วมจะถึงระดับสูงสุดในเดือนสิบสองหรือพฤศจิกายน ระดับน้ำท่วมในแต่ละปีมีระดับไม่เท่ากันขึ้นกับสภาพอากาศในปีนั้น

ไม่เคยมีทัพพม่าสามารถอยู่ทนฤดูฝนในอยุธยาได้มาก่อน แม้แต่พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองก็จำต้องส่งออกพระยาจักรีเข้ากรุงศรีอยุธยาเพื่อเร่งให้สามารถพิชิตเมืองได้โดยเร็วก่อนถึงฤดูฝน แต่ทว่าในครั้งนี้ฝ่ายพม่าพระเจ้ามังระทรงวางแผนให้กองทัพพม่าพักค้างฤดูฝนที่กรุงศรีอยุธยาไม่ถอยทัพกลับ เตรียมเสบียงอาหารยุทโธปกรณ์ไว้พร้อมสรรพ สงครามการพิชิตกรุงศรีอยุธยานั้นอาจกินเวลาหลายปี

การล้อมกรุงศรีอยุธยา

การล้อมในช่วงแรก 
ฝ่ายพม่าเข้าตั้งล้อมกรุงศรีอยุธยาในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2308 โดยมีสองแม่ทัพใหญ่คือมังมหานรธาและเนเมียวสีหบดี ตั้งกองบัญชาการอยู่ที่ทางตะวันตกและทางเหนือของอยุธยาตามลำดับ

 มังมหานรธา แม่ทัพใหญ่ของทัพพม่าจากทวาย ทัพจำนวน 30,000 คน ตั้งอยู่ที่สีกุกทางตะวันตกของอยุธยา รับผิดชอบพื้นที่ทางตะวันตกและทางใต้ของอยุธยา ส่งให้;
 เนเมียวคุงนะรัต แมงจีชัยสู และปะกันหวุ่น แมงจีกามะนีจันทา ตั้งค่ายอยู่ทางตะวันตกของอยุธยา
 เขมะราชา (Kemayaza) รางงูสิริจอดิน (Yanngu Thiri Kyawdin) และมังรายพละ (Minnge Bala) ตั้งค่ายอยู่ทางใต้ของอยุธยา
 เนเมียวสีหบดี แม่ทัพใหญ่ของทัพพม่าจากล้านนาและหัวเมืองเหนือ ทัพจำนวน 20,000 คน ตั้งอยู่ที่วัดป่าฝ้ายปากน้ำประสบ รับผิดชอบพื้นที่ทางเหนือและตะวันออกของอยุธยา;

พงศาวดารพม่าระบุว่า พระเจ้าเอกทัศน์ทรงมีพระกระแสว่า หากรอคอยจนถึงฤดูน้ำหลากพม่าจะยกทัพกลับไปเอง แต่ฝ่ายพม่าพระเจ้ามังระได้ทรงมีแผนการที่จะให้ทัพพม่าอยู่คงทนล้อมกรุงศรีอยุธยาต่อไปในฤดูฝน และสงครามการพิชิตกรุงศรีอยุธยาอาจกินเวลานานหลายปี

หลังจากที่พม่าได้เข้าล้อมกรุงศรีอยุธยาแล้ว ฝ่ายอยุธยาปิดประตูเมืองรอคอยให้ฤดูฝนมาถึง อย่างไรก็ตาม ฝ่ายอยุธยาก็มิได้ตั้งรับอยู่ในพระนครแต่เพียงฝ่ายเดียว ยังส่งกำลังออกไปโจมตีค่ายเนเมียวสีหบดีและค่ายมังมหานรธาอยู่หลายครั้ง ส่วนทางด้านกองทัพพม่ากระจายกำลังออกล้อมกรุงเอาไว้ทุกด้าน พยายามเข้าประชิดกำแพงพระนครหลายครั้งก็ไม่ประสบผล จึงยังมีราษฎรหลบหนีภัยพม่าเข้ามาอาศัยอยู่ในกรุงอยู่เสมอ สำหรับเสบียงอาหารในกรุงก็ยังคงบริบูรณ์ดีอยู่ ดังที่บาทหลวงฝรั่งเศสได้บันทึกไว้ว่า "เสบียงอาหารในกรุงก็ยังบริบูรณ์ จะมีคนตายด้วยอดอาหารก็เพียงคนขอทานเท่านั้น" ฝ่ายพม่าแม้ว่าจะเข้าทำการล้อมกรุงศรีอยุธยา แต่ทางด้านตะวันออกเป็นจุดที่กำลังของพม่าเบาบางกว่าด้านอื่น ดังปรากฏต่อไปว่ากรุงศรีอยุธยายังสามารถติดต่อกับนอกเมืองได้ทางฝั่งตะวันออก

การรบที่ปากน้ำโยทะกา 

ฝ่ายกรมหมื่นเทพพิพิธ ซึ่งพระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้กักตัวไว้ที่จันทบุรีตั้งแต่กลางปีพ.ศ. 2308 มีชาวหัวเมืองตะวันออกเข้ามาสวามิภักดิ์นับถือจำนวนมาก ผ่านไปประมาณหนึ่งปี ในช่วงกลางปีพ.ศ. 2309 กรมหมื่นเทพพิพิธรวบรวมกำลังพลจากหัวเมืองชายทะเลตะวันออก เสด็จยกมาตั้งประทับที่ปราจีนบุรี เกิดข่าวลือว่ากรมหมื่นเทพพิพิธจะเสด็จยกทัพเข้าช่วยกรุงศรีอยุธยา ชาวหัวเมืองตะวันออกได้แก่ปราจีนบุรี นครนายก ฉะเชิงเทรา ชลบุรี และบางละมุง มาเข้ากับกรมหมื่นเทพพิพิธที่ปราจีนบุรีเป็นจำนวนหลายพันคน ทูลอาสารบพม่า กรมหมื่นเทพพิพิธจึงทรงให้ตั้งค่ายขึ้นที่ปากน้ำโยทะกา และจัดตั้งทัพหน้าจำนวน 2,000 เศษคน เป็นทัพหน้าเตรียมเข้าโจมตีพม่าที่กรุงศรีอยุธยา มีหมื่นเก้าและหมื่นศรีนาวาชาวเมืองปราจีนบุรี และนายทองอยู่นกเล็กชาวเมืองชลบุรี ทั้งสามคนเป็นผู้นำทัพหน้า

ชาวตะวันออกได้ส่งหนงสือลับและส่งข่าวเข้ามาในกรุงศรีอยุธยา ว่ากรมหมื่นเทพพิพิธทรงเตรียมจัดทัพเข้าช่วยกรุงศรีอยุธยา ทำให้ขุนนางข้าราชการและญาติมิตรสหายในกรุงศรีอยุธยาทั้งไพร่และข้าไท ออกจากกรุงไปเข้ากับกรมหมื่นเทพพิพิธจำนวนมาก รวมทั้งพระยารัตนาธิเบศร์เสนาบดีกรมวัง ฝ่ายพระเจ้าเอกทัศน์เมื่อทรงทราบว่ากรมหมื่นเทพพิพิธได้ตั้งตัวขึ้นที่ปราจีนบุรี จึงทรงส่งกองกำลังออกไปต่อกรกับกรมหมื่นเทพพิพิธที่ปราจีนบุรีหลายครั้ง

ฝ่ายพม่าเมื่อทราบว่ากรมหมื่นเทพพิพิธกำลังรวบรวมกำลังพลเข้ามาโจมตี มังมหานรธาจึงส่งเมฆราโบ และเนเมียวสีหบดีส่งแนกวนจอโบ ยกทัพพม่าจำนวน 3,000 คน ออกไปเป็นทัพเรือเข้าโจมตีกรมหมื่นเทพพิพิธที่ปราจีนบุรี นำไปสู่การรบที่ปากน้ำโยทะกา ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2309 ฝ่ายพม่าได้รับชัยชนะกองกำลังของกรมหมื่นเทพพิพิธถูกตีแตกพ่ายกระจัดกระจายไป หมื่นเก้าและหมื่นศรีนาวาสิ้นชีวิตในที่รบ ส่วนนายทองอยู่นกเล็กสามารถหลบหนีกลับไปชลบุรีได้ หลังจากนั้นทัพพม่าจึงแยกย้ายไปตั้งอยู่ที่บางคางปราจีนบุรีและที่ปากน้ำโจ้โล้เมืองฉะเชิงเทรา (ต่อมาทัพพม่าเหล่านี้ที่ปราจีนบุรีและฉะเชิงเทรา จะต่อสู้กับพระยาตาก เมื่อครั้งที่พระยาตากฝฝ่าวงล้อมพม่าออกจากอยุธยาในเดือนมกราคม พ.ศ. 2310)

กรมหมื่นเทพพิพิธพร้อมทั้งพระโอรสธิดาและผู้ติดตามได้แก่พระยารัตนาธิเบศร์เสด็จหลบหนีไปทางด่านช่องเรือแตก ไปประทับอยู่ที่ด่านโคกพญาเพื่อเตรียเสด็จไปยังเมืองนครราชสีมา แต่พระยารัตนาธิเบศร์ได้ล้มป่วยถึงแก่กรรมที่ด่านโคกพญา กรมหมื่นเทพพิพิธจึงทรงให้ณาปนกิจพระยารัตนาธิเบศร์ที่ด่านโคกพญานั้น กรมหมื่นเทพพิพิธทรงพยายามที่จะให้พระยานครราชสีมาเจ้าเมืองนครราชสีมามาเข้าร่วมด้วยกับพระองค์ จึงประทานเครื่องยศให้แก่พระยานครราชสีมา แต่พระยานครราชสีมากลับส่งกองกำลังมาโจมตีกรมหมื่นเทพพิพิธ กรมหมื่นเทพพิพิธส่งพระโอรสหม่อมเจ้าประยงค์นำกำลังเข้าสังหารพระยานครราชสีมาในเดือนกันยายน พ.ศ. 2309 กรมหมื่นเทพพิพิธเสด็จเข้าเมืองนครราชสีมาได้ แต่ห้าวันต่อมาหลวงแพ่งน้องชายของพระยานครราชสีมา ได้ขอความช่วยเหลือจากพระพิมายเจ้าเมืองพิมาย ยกทัพมายึดเมืองนครราชสีมาคืนได้สำเร็จ หม่อมเจ้าประสงค์และพระโอรสอื่นๆของกรมหมื่นเทพพิพิธถูกหลวงแพ่งสำเร็จโทษประหารชีวิต ส่วนกรมหมื่นเทพพิพิธนั้นพระพิมายได้ขอไว้ไปประทับในเมืองพิมาย

พม่าเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยา 
ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2309 ทัพพม่าทั้งทางเหนือและทางตะวันตกเข้าประชิดกำแพงเมืองกรุงศรีอยุธยา;

 ทัพพม่าฝ่ายตะวันตก ของมังมหานรธา ยกออกจากสีกุกมาตั้งที่วัดภูเขาทอง ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของกรุงศรีอยุธยา เลยมาจนถึงวัดท่าการ้อง ซึ่งอยู่ไม่ห่างจากกำแพงพระนคร
 ทัพพม่าฝ่ายเหนือ ของเนเมียวสีหบดี ยกจากปากน้ำประสบมาตั้งที่โพธิ์สามต้นทางเหนือของอยุธยา โพธิ์สามต้นเป็นชุมชนของชาวมอญอพยพในกรุงศรีอยุธยา

ทัพพม่าเข้าประชิดถึงกำแพงเมืองกรุงศรีอยุธยาในวันที่ 14 กันยายน พ.ศ. 2309 อยู่ในระยะปืนใหญ่ของฝ่ายสยาม และคอยยึดเสบียงอาหารของสยามที่ขนส่งไปมา ฝ่ายสยามตอบโต้ด้วยการให้กรมอาสาหกเหล่ายกกองกำลังออกไปโจมตีพม่าที่วัดท่าการ้อง แต่ก็พ่ายแพ้ให้แก่พม่ากลับมาอีกเช่นเคย พม่ายิงปืนถูกทหารสยามคนหนึ่งซึ่งรำดาบอยู่หน้าเรือตกน้ำเสียชีวิต พระศรีสุริยพาหะ ซึ่งเป็นผู้รักษาป้อมท้ายกบที่ทางตะวันตกเฉียงเหนือของพระนคร นำปืนใหญ่พระมหากาลมฤตยูราชยิงใส่ค่ายพม่าที่วัดท่าการ้อง ปรากฏว่ายิงปืนใหญ่ออกไปลูกหนึ่ง สามารถทำลายเรือพม่าได้สองลำ พร้อมฆ่าทหารไปหลายนาย แต่ปืนใหญ่นั้นกลับแตกออกร้าวรานใช้การไม่ได้อีกต่อไป

เมื่อระดับน้ำรอบกรุงศรีอยุธยาเริ่มสูงขึ้น บรรดาแม่ทัพนายกองพม่าต่างร้องต่อมังมหานรธาโบชุกแม่ทัพใหญ่ว่า ฤดูน้ำหลากมาถึงแล้ว สมควรเคลื่อนย้ายไปอยู่ยังที่ดอนเพื่อหลีกเลี่ยงน้ำ มังมหานรธาปฏิเสธไม่ให้ทัพพม่าเคลื่อนย้าย ให้เหตุผลว่าตอนนี้ฝ่ายพม่ากำลังได้เปรียบ กรุงศรีอยุธยาเหมือนเป็นปลาที่ติดอวนแล้ว หากฝ่ายพม่าเคลื่อนย้ายในตอนนี้จะเสียโอกาส กรุงศรีอยุธยาจะสามารถติดต่อกับภายนอกสั่งสมเสบียงและยุทโธปกรณ์ขึ้นใหม่ การพิชิตกรุงศรีอยุธยาจะล่าช้าออกไป มังมหานรธาจึงมีคำสั่งให้;

 ยึดเสบียงอาหารเท่าที่ยังหลงเหลือที่ชานกรุงฯมาใช้
 ให้ใช้วัวควายที่ยึดมาได้ทำนาที่ชานกรุงศรีอยุธยาเพื่อสร้างอาหาร
 ให้ส่งช้างและม้าไปหาหญ้ากินบนที่ดอน
 ที่ใดระดับน้ำไม่สูงมาก ให้สร้างหอขึ้นสำหรับเป็นที่เก็บเสบียงและเป็นที่พัก
 ให้ต่อเรือขึ้นสำหรับสัญจรและอยู่อาศัย เรือบางลำทาสีแดงและประดับทอง

การรบที่วัดสังฆาวาส 

ในเดือนสิบสอง (พฤศจิกายน) พ.ศ. 2309 ฤดูน้ำหลากระดับน้ำสูงสุด พงศาวดารพระพนรัตน์ฯระบุว่า พระยาตากได้เลื่อนเป็นที่พระยากำแพงเพชร พระเจ้าเอกทัศน์ทรงแต่งตั้งให้พระยาตากยกทัพเรือออกไปตั้งรับพม่าที่วัดใหญ่ชัยมงคลทางตะวันออกเฉียงใต้ของกรุงฯ มีพระยาเพชรบุรี (เรือง) เป็นทัพหน้า มีหลวงศรเสนีเป็นทัพหลัง พงศาวดารพม่าระบุว่ามีจำนวนถึง 85,000 คน ประกอบด้วยเรือ 2,000 ลำ และเรือเล็กอีก 500 ลำ เรือติดปืนใหญ่

ทัพหรือมอญพม่าจากบางไทรทางใต้ของกรุงศรีอยุธยาฯ ล่องเรือเดินทัพขึ้นมา มีจำนวน 35,000 คน กับเรือ 700 ลำ เรือติดปืนใหญ่เช่นกัน ฝ่ายสยามพระยาตาก พระยาเพชรบุรี และหลวงศรเสนี ยกออกจากวัดใหญ่ชัยมงคล พบกับทัพเรือพม่าที่ทุ่งใกล้กับวัดสังฆาวาส นำไปสู่การรบที่วัดสังฆาวาส เรือสยามและเรือพม่าเข้ารบกัน ทหารของแต่ละฝ่ายต่างกระโดดลงเรือของอีกฝ่ายเกิดการสู้รบตัวต่อตัว ล้มตายทั้งสองฝ่าย พระยาเพชรบุรีนำเรือห้าลำ บุกเข้าไปเป็นกองหน้า พระยาเพชรบุรีเคลื่อนไปมาระหว่างเรือหลายลำคอยปลุกระดมให้ทหารสยามเข้าสู้ทัพพม่า ปรากฏว่าพระยาเพชรบุรีถูกเรือพม่ายี่สิบลำล้อมไว้ ฝ่ายพม่าทิ้งหม้อดินระเบิดใส่เรือของพระยาเพชรบุรี ไพร่พลทหารสยามถูกดินระเบิดตกน้ำเสียชีวิต มีพลแม่นปืนพม่าคนหนึ่ง ชื่อว่างะซานตุน (Nga San Tun) ขับเรือเข้ามาหมายจะจับกุมพระยาเพชรบุรี แต่พระยาเพชรบุรีกระโดดเข้ามาในเรือของงะซานตุน เงื้อดาบจะฟันงะซานตุน งะซานตุนจึงรีบยิงปืนใส่พระยาเพชรบุรีเสียชีวิตในทันที (พงศาวดารพม่าระบุว่าพระยาเพชรบุรีบาดเจ็บแต่ไม่เสียชีวิต) ฝ่ายทัพสยามเมื่อเห็นว่าพระยาเพชรบุรีแม่ทัพถึงแก่กรรมแล้ว จึงแตกพ่ายถอยทัพกลับ ฝ่ายพระยาตากและหลวงศรเสนีนั้น "จอดรอดูเสีย หาเข้าช่วยอุดหนูนกันไม่"

หลังเสร็จสิ้นการรบฝ่ายพม่าเสียชีวิต 41 คน ฝ่ายสยามเสียชีวิต 70 กว่าคน ฝ่ายพม่าจับกุมทหารสยามได้ 50,000 คนเป็นเชลย ตามพงศาวดารพม่า ได้เรือสยามอีก 1,000 ลำ ฝ่ายพม่ายังออกติดตามจับกุมฝ่ายสยามที่หลบหนี มังมหานรธาได้ไว้ชีวิตแก่เชลยชาวสยามที่จับกุมได้ มอบอาหารเลี้ยงดูอย่างดี และให้ถือน้ำเข้าร่วมกับฝ่ายพม่า หลังจากการรบที่วัดสังฆาวาส พระยาตากตัดสินใจไม่กลับเข้าไปในกรุงศรีอยุธยาอีก ไปพักทัพอยู่ที่วัดพิชัยสงครามทางตะวันออกนอกกำแพงกรุงฯ

การรบที่โพธิ์สามต้น 
ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2309 หลังจากชัยชนะของพม่าที่วัดสังฆาวาสเป็นเวลาสิบวัน ฝ่ายกรุงศรีฯได้ส่งทัพออกไปอีกครั้งหนึ่ง เพื่อไปโจมตีค่ายของเนเมียวสีหบดีที่โพธิ์สามต้น นำโดยเจ้าพระยาพระคลัง ทัพสยามมีจำนวน 50,000 คน ตามพงศาวดารพม่า และมีเรือรบติดปืน 500 ลำ เรือธรรมดาอีก 1,000 ลำ ฝ่ายเนเมียวสีหบดีให้เตรียมทัพตั้งรับที่หมู่บ้านอูเยง (คาดว่าหมายถึงโพธิ์สามต้น) ตั้งทัพละ 5,000 คน สองฝั่งแม่น้ำลพบุรีอยู่บนบกคอยซุ่มอยู่ และในน้ำมีกองเรืออีกจำนวน 10,000 คน เรือ 200 ลำ ฝ่ายสยามยกมาจนถึงเพนียด พบกับทัพเรือพม่า ทัพเรือพม่าแสร้งถอยไปยังโพธิ์สามต้น ทัพเรือสยามไม่ทราบกลพม่าจึงยกจากเพนียดไปถึงโพธิ์สามต้น ถูกทัพพม่าที่ซุ่มอยู่สองฝั่งแม่น้ำเข้าโจมตีแตกพ่ายไป ฝ่ายพม่าจับได้ทหารสยาม 5,000 คน และเรือ 100 ลำ

พงศาวดารพม่าระบุว่า หลังจากชัยชนะของฝ่ายพม่าสองครั้ง ที่วัดสังฆาวาสและหมู่บ้านอูเยงนี้ ทำให้ฝ่ายกรุงศรีอยุธยามีความหวาดหวั่นและเสียขวัญกำลังใจมาก จนฝ่ายกรุงศรีอยุธยาตัดสินใจปิดประตูเมืองอย่างถาวรด้วยการก่ออิฐมาปิดกั้นไว้ ไม่สามารถเข้าออกเมืองได้ เว้นแต่ต้องไต่ข้ามกำแพงอิฐไปเท่านั้น

การรบที่วัดท่าการ้อง 
พงศาวดารพม่าระบุว่า เมื่อระดับน้ำรอบกรุงศรีอยุธยาเริ่มที่จะลดลง (ประมาณเดือนธันวาคม พ.ศ. 2309) ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาส่งทัพออกไปโจมตีค่ายพม่าอีกครั้ง ส่งออกไปสองทัพ แต่ละทัพมีกำลัง 30,000 คน ช้าง 300 เชือก ปืน 500 กระบอก;

 ทางตะวันตก ฝ่ายสยามนำโดยพระยาตากออกไปโจมตีค่ายมังมหานรธา (ที่วัดูเขาทองและวัดท่าการ้อง) ทางตะวันตกของกรุงฯ
 ทางเหนือ ให้พระยาพระนริศ (Paya Bra Narit) ยกออกไปโจมตีเนเมียวสีหบดีที่โพธิ์สามต้น

ทั้งมังมหานรธาและเนเมียวสีหบดี จัดทัพคนละ 12,000 คน ช้าง 120 เชือก ม้า 1,200 ตัว ออกตั้งรับทัพสยามทั้งสองทางของตนเอง ซึ่งฝ่ายพม่าก็สามารถเอาชนะทัพสยามได้ทั้งทางตะวันตกและทางเหนือ ความพยายามของกรุงศรีอยุธยาในการส่งทัพออกไปขับทัพพม่าจึงล้มเหลวอีกครั้งหนึ่ง

หลังจากที่ต้องประสบกับความพ่ายแพ้หลายต่อหลายครั้ง กรุงศรีอยุธยากำลังพลลดน้อยถอยลง เกณฑ์ทัพได้เพียงครั้งละพันเศษคนเท่านั้น การต้านทานพม่าตกกลายเป็นหน้าที่ของชาวจีนและชาวโปรตุเกสในกรุงศรีอยุธยา พงศาวดารพม่าระบุว่า ชาวสยามเกณฑ์ชาวจีน ชาวโปรสุเกส และชาวมลายูออกมาป้องกันพระนคร ภายใต้การบังคับบัญชาของเจ้าพระยาพระคลัง พระยาพลเทพ และพระยายมราช ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2309 สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์มีพระราชโองการให้จัดกำลังพลจำนวน 2,000 คน ออกไปตั้งรับพม่าที่วัดไชยวัฒนารามกองหนึ่ง และให้หลวงอภัยพิพัฒน์นำกำลังชาวจีนจำนวน 2,000 คน ไปตั้งรับพม่าที่คลองสวนพลู ทางตะวันออกเฉียงใต้ของพระนคร หลวงอภัยพิพัฒน์ขอพระราชทานให้ตั้งค่ายรับพม่าที่สถานีการค้าฮอลันดาเดิมที่หมู่บ้านฮอลันดา ซึ่งชาวฮอลันดาได้ออกจากกรุงศรีอยุธยาไปก่อนหน้านี้แล้วเมื่อตุลาคม พ.ศ. 2308 โดยทิ้งสินค้าไว้เป็นจำนวนมาก

พระยาแพร่มังไชย เจ้าเมืองแพร่ซึ่งคุมทัพเมืองแพร่อยู่ในกองทัพของเนเมียวสีหบดีในขณะนั้น ตั้งทัพอยู่ที่บ้านโพธิ์งาม รวบรวมชาวล้านนาและชาวไทสยาม จากแขวงเมืองสิงห์บุรีและบางระจัน ตัดสินใจเป็นกบฏต่อพม่ายกทัพเมืองแพร่ จำนวน 300 คนเศษ หนีออกจากสมรภูมิอยุธยาที่โพธิ์สามต้น ไปทางพระพุทธบาทสระบุรีทางตะวันออกของกรุงศรีอยุธยา พระยาแพร่มังไชยมีจดหมายมาถึงพระยายมราชว่า ไม่ต้องการสู้รบกับกรุงศรีอยุธยา ฝ่ายพม่าส่งกองกำลังติดตามไปพบกับพระยาแพร่ที่พระพุทธบาท เกิดการสู้รบกันทั้งชาวแพร่ล้านนาและชาวพม่าเสียชีวิตในที่รบจำนวนมาก

พระยาตากออกจากกรุงศรีอยุธยา 
พระยาตาก (ต่อมาคือสมเด็จพระเจ้าตากสิน) เป็นขุนนางสยามเชื้อสายจีนแต้จิ๋ว เดิมชื่อว่าสิน หรือเจิ้งสิน (鄭信) ต่อมาเข้ารับราชการในกรุงศรีอยุธยาได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าเมืองตากเมื่อพ.ศ. 2307 ในปีพ.ศ. 2308 ต่อมา พระยาตากถูกเรียกตัวให้เข้ามาช่วยป้องกันกรุงศรีอยุธยาจากการรุกรานของพม่า และได้มีบทบาทสำคัญในการป้องกันเมือง ในช่วงสิ้นปีพ.ศ. 2309 สถานการณ์ของกรุงศรีอยุธยาอยู่ในภาวะคับขันและวิกฤต กรุงศรีอยุธยาถูกพม่าล้อมอยู่เป็นเวลานานทำให้ขาดเสบียงอาหารและกำลังพล กองทัพที่ส่งออกไปล้วนแต่พ่ายแพ้ให้แก่พม่าทั้งสิ้น หลังจากความพ่ายแพ้ต่อพม่าที่วัดสังฆาวาสจนพระยาเพชรบุรี (เรือง) ถูกสังหารในที่รบเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2309 นั้น พระยาตากจึงไม่กลับเข้าไปในกรุงศรีอยุธยาอีก แต่ตั้งทัพอยู่ที่วัดพิชัยสงครามทางตะวันออกนอกกำแพงเมืองอยุธยา

เมื่อพระยาตากรวบรวมกำลังพลทหารไทยจีนที่วัดพิชัยสงครามได้จำนวน 500 คน แล้ว ในวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2310 หรือวันเสาร์ ขึ้น 4 ค่ำ เดือนยี่ จุลศักราช 1128 ปีจอ พระยาตากจึงยกกองกำลังจำนวน 500 คน ฝ่าวงล้อมของพม่าออกไปจากกรุงศรีอยุธยาได้สำเร็จ ในคืนนั้นเกิดเพลิงไหม้ลุกลามใหญ่ในกรุงศรีอยุธยา ไฟเริ่มจากท่าทรายลามไปที่สะพานช้าง คลองประตูข้าวเปลือก ทางฝั่งตะวันออกด้านกำแพงทิศเหนือของเกาะเมือง ไฟลุกลามไปจนถึงวัดราชบูรณะ วัดพระมหาธาตุ เพลิงหยุดที่วัดฉัททันต์ ทางทิศใต้ บ้านเรือนราษฎรถูกเผาลงไปกว่า 10,000 หลังคาเรือน เพลิงไหม้กรุงศรีอยุธยาสว่างโชติช่วง จนพระยาตากสามารถมองเห็นได้แม้จะออกจากกรุงศรีอยุธยาไปแล้ว

พระยาตากเมื่อออกจากกรุงศรีอยุธยาไปแล้วต้องเผชิญกับทัพพม่าทางตะวันออก ซึ่งได้ตั้งอยู่นับตั้งแต่ครั้งที่ปราบกรมหมื่นเทพพิพิธ ทัพพม่าจากบางคางปราจีนบุรียกมาสู้รบกับพระยาตากที่โพธิ์สังหาร (อำเภออุทัย) พระยาตากสามารถเอาชนะทัพพม่าจากบางคางได้ จากนั้นพระยาตากจึงยกทัพต่อไปยังปราจีนบุรี ทัพเรือพม่าจากปากน้ำโจ้โล้ฉะเชิงเทราจึงยกขึ้นมาโจมตี นำไปสู่การรบที่ปราจีนบุรี ในวันที่ 13 มกราคม พระยาตากตั้งปืนใหญ่ ซุ่มโจมตียิงปืนใหญ่ใส่ทัพพม่า ทำให้ทัพพม่าพ่ายแพ้ไปในที่สุด จากนั้นพระยาตากจึงยกทัพต่อลงไปจนถึงเมืองชลบุรี พัทยา จนถึงเมืองระยองในช่วงปลายเดือนมกราคม พ.ศ. 2310

พม่าสร้างป้อมล้อมกรุง 
ในระหว่างที่ทัพพม่ากำลังล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่นั้น หยางอิงจู ข้าหลวงมณฑลยูนนานและกุ้ยโจวคนใหม่ นำทัพจีนจากยูนนานเข้ายึดเมืองเชียงตุงได้สำเร็จในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2309 หยางอิงจูตั้งเจ้าพินให้เป็นเจ้าฟ้าเชียงตุง จากนั้นหยางอิงจูจึงวางแผนนำทัพจีนยกทัพทางเมืองบ้านหม้อ (Bhamo) เข้าโจมตีดินแดนพม่าในลุ่มน้ำอิระวดี อันเป็นที่ตั้งของกรุงอังวะราชธานีของพม่าโดยตรง แต่ฝ่ายพม่าพระเจ้ามังระทรงล่วงรู้แผนการของจีนก่อน ฝ่ายพม่าเห็นว่าไม่สามารถป้องกันเมืองบ้านหม้อได้จึงให้พละแมงดิน (Balamindin) ย้ายมาตั้งค่ายอยู่ที่ใกล้กับเมืองบ้านหม้อ รวมทั้งพระเจ้ามังระทรงให้อะแซหวุ่นกี้มหาสีหสุระ (Maha Thiha Thura) ยกไปทางสิบสองปันนาเพื่อวกโจมตีทัพจีนจากทางด้านหลังอีกฝั่งหนึ่ง ฝ่ายหยางอิงจูส่งแม่ทัพจีนชื่อว่าจ้าวหงป้าง (趙宏榜) ยกทัพจากเมืองเถิงเยว่ (騰越) หรือ"เมืองแมน"ข้ามช่องเขาเตี้ยปี่ (鐵壁) เข้าโจมตียึดเมืองบ้านหม้อได้โดยสะดวก จ้าวหงป้างเข้าตั้งทัพในเมืองบ้านหม้อแล้วโจมตีพละแมงดิน แต่ทว่ากองทัพจีนไม่คุ้นเคยกับสภาพภูมิอากาศเขตร้อนทำให้ล้มป่วยเสียชีวิตจำนวนมาก เมื่อทัพจีนอ่อนแอลง เนเมียวสิธูแม่ทัพพม่าจึงเข้ายึดเมืองบ้านหม้อคืนได้ในเดือนตุลาคม จ้าวหงป้างถอยทัพกลับไป ต่อมาในเดือนธันวาคม แม่ทัพจีนอีกคนหนึ่งชื่อว่าหลี่สือเซิง (李時升) เป็นผู้บัญชาการกองทหารแห่งยูนนาน ยกทัพจีนมาถึงช่องเขาเตี้ยปี่แต่ถูอะแซหวุ่นกี้โจมตีด้านหลังอย่างไม่ทันตั้งตัว ทำให้หลี่สือเซิงต้องถอยไปอยู่ที่"เมืองวัน"หรือเมืองหลงฉวน (隴川) ซึ่งอยู่ในเขตแดนของจีน แม่ทัพพม่ามหาสิธูยกทัพพม่าข้ามช่องเขาเตี้ยปี่ยกเข้าไปโจมตีถึงหลงฉวนเข้าล้อมหลี่สือเซิงไว้

เมื่อพม่าต้องเผชิญกับศึกสองด้าน ทั้งทางอยุธยาและทางพม่า ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2310 พระเจ้ามังระจึงมีราชโองการมาถึงแม่ทัพพม่าที่กรุงศรีอยุธยา มังมหานรธาและเนเมียวสีหบดี ให้ทำการพิชิตกรุงศรีอยุธยาให้เสร็จสิ้นโดยเร็ว มังมหานรธาจึงปรึกษากับเนเมียวสีหบดีว่า ฝ่ายสยามแม้จะประสบกับความพ่ายแพ่หลายครั้งและเสบียงกำลังพลร่อยหรอลง แต่ยังคงยืดหยัดต่อสู้ ฝ่ายพม่าจำต้องเพิ่มระดับการโจมตีกรุงศรีอยุธยาให้มากขึ้น นอกจากนี้ มังมหานรธายังเสนอวิธีการขุดอุโมงค์เข้าเมือง จากมโหสถชาดกเมื่อพระพุทธเจ้าเสวยชาติเป็นมโหสถบัณฑิต ได้ทำการขุดอุโมงค์ใต้ดินเข้าไปในเมืองปัญจาละ เพื่อนำตัวปัญจาลจันทกุมารพระธิดาของพระเจ้าจุลนีพรหมทัตเจ้าเมืองปัญจาละออกมา นอกจากนี้ มังมหานรธายังเสนอให้สร้างป้อมหอรบขึ้นล้อมเมืองอยุธยาไว้;

เนเมียวสีหบดี ยกมาจากโพธิ์สามต้น เผาพระที่นั่งคชประเวศมหาปราสาทที่เพนียดลงเสียแล้วตั้งค่ายหอรบขึ้นที่เพนียด จากนั้นกองทัพของเนเมียวสีหบดีจึงสร้างค่ายและหอรบขึ้นที่วัดเจดีย์แดง วัดสามวิหาร วัดมณฑป วัดกระโจม วัดนางชี วัดนางปลื้ม วัดศรีโพธิ์ วัดพลับพลาชัย วัดเต่า วัดสุเรนทร วัดแดง ล้อมกรุงศรีอยุธยาไว้ จำนวน 27 ค่าย เพื่อจะได้ยิงปืนใหญ่ด้วยความแม่นยำยิ่งขึ้น โดยรื้ออิฐจากโบสถ์วัดวาอารามต่างๆในบริเวณโดยรอบมาสร้างป้อม แต่ละป้อมมีขนาดเส้นรอบวงที่ต่างกัน นับตั้งแต่ 150 ทา จนถึง 300 ทา (หน่วยวัดของพม่า 1 ทา เท่ากับประมาณสามเมตร) แต่ทุกป้อมมีความสูงเจ็ดตอง (1 ตอง ประมาณเท่ากับ 1 ศอก, 7 ตอง ประมาณเท่ากับ 7 ศอก เท่ากับ 3 เมตร) เท่ากันหมด ฝ่ายพม่ายิงปืนใหญ่เข้าใส่กรุงศรีอยุธยา เป็นช่วงเวลาเดียวกับที่กองทัพหัวเมืองทางเหนือราว 20,000 นาย มาช่วยอยุธยา แต่ก็ถูกตีแตกกลับไปอย่างง่ายดาย

การรบที่คลองสวนพลู 
ในกรุงศรีอยุธยามีชุมชนชาวต่างชาติที่สำคัญได้แก่;

 ชุมชนชาวโปรตุเกส ที่บ้านโปรตุเกส ชาวโปรตุเกสได้เข้ามาพำนักอาศัยในกรุงศรีอยุธยานับแต่รัชสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่สอง บาทหลวงชาวโปรตุเกสนิกายโดมินิกันตั้งโบสถ์นักบุญดอมินิกขึ้นที่บ้านโปรตุเกส ต่อมาเมื่อโปรตุเกสเสื่อมอำนาจลง ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ฯ บาทหลวงคณะเยซูอิตได้เข้ามาสร้างโบสถ์นักบุญเปาโลขึ้นที่บ้านโปรตุเกสอีกเช่นกันในพ.ศ. 2218 และบาทหลวงมิชชันนารีฝรั่งเศสได้เข้ามาสร้างวัดนักบุญยอเซฟขึ้นในพ.ศ. 2205 ที่บริเวณคลองตะเคียน ริมฝั่งทิศใต้ของคูเมืองพระนคร ซึ่งเป็นที่พำนักอาศัยของประมุขมิสซังสยาม (Apostolic Vicar of Siam) มีอำนาจหน้าที่ปกครองชาวคริสเตียนคาทอลิกในอยุธยาซึ่งส่วนใหญ่แล้วเป็นชาวโปรตุเกส เมื่อครั้งเสียกรุงฯครั้งที่สองนี้ ปีแยร์ บรีโกต์ (Pierre Brigot) บาทหลวงชาวฝรั่งเศส ดำรงตำแหน่งเป็นประมุขมิสซังสยามอาศัยอยู่ที่วัดนักบุญยอเซฟ
 ชุมชนชาวจีน ในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวง การค้าระหว่างอยุธยาและจีนราชวงศ์ชิงเติบโตขึ้น ประกอบกับการที่ราชวงศ์หมิงล่มสลาย ทำให้มีชาวจีนซึ่งส่วนใหญ่เป็นพ่อค้าชาวจีนฮกเกี้ยนอพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานในอยุธยา อยู่ที่หัวมุมทางตะวันออกเฉียงใต้ของกรุงบริเวณป้อมเพชร เรียกว่า นายก่าย (內街) อยู่ภายในกำแพงพระนคร ต่อมาชาวจีนแต้จิ๋ว เข้ามาตั้งรกรากที่บริเวณคลองสวนพลู ที่นอกกำแพงพระนครทางตะวันออกเฉียงใต้

ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2309 เมื่อกองเรือพม่าจากบางไทรเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยาที่กำแพงทิศใต้ ทำให้บ้านโปรตุเกสถูกแยกตัวล้อมด้วยทัพของพม่า วันที่ 13 พฤศจิกายน พม่าได้เข้าโจมตีวัดนักบุญยอเซฟที่คลองตะเคียน แต่ชาวคริสเตียนที่ป้องกันโบสถ์นั้นอยู่สามารถต้านทานพม่าได้ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2310 ค่ายชาวอยุธยาที่วัดไชยวัฒนาราม ค่ายจีนที่คลองสวนพลู และค่ายโปรตุเกสที่บ้านโปรตุเกสนั้น เป็นแนวต้านทานหลักของกรุงศรีอยุธยาทางทิศใต้ของเกาะเมือง ในเวลาเดียวกันนั้น เกิดเหตุการณ์ชาวจีนจากค่ายคลองสวนพลูจำนวน 300 คน ได้ยกไปโจมตีทำลายมณฑปพระพุทธบาทสระบุรี ลอกเอาเงินและทองจากพระมณฑปแล้วเผาพระมณฑปลงเสีย ฝ่ายพระเจ้าเอกทัศน์เมื่อทรงทราบเหตุการณ์ที่ชาวจีนเผาทำลายมณฑปพระพุทธบาท จึงมีพระราชโองการให้หลวงอภัยพิพัฒน์สืบตามเอาได้เงินหนัก 20 ชั่ง ทองหนัก 13 ตำลึง กลับมาถวายคืน

ชาวจีนที่ค่ายคลองสวนพลู ยกทัพเรือซึ่งประกอบด้วยเรือรบขนาดใหญ่ออกไปโจมตีป้อมค่ายพม่าทางทิศใต้ เพื่อพยายามที่จะฝ่าวงล้อมของพม่าออกไปทางใต้ นำไปสู่การรบที่คลองสวนพลู แต่ฝ่ายพม่าได้ขึงโซ่เหล็กไว้ที่แม่น้ำบางกอก (หมายถึงแม่น้ำเจ้าพระยาทางไปบางกอก) ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำคือค่ายของแมงยีชัยสู ส่วนฝั่งตะวันตกของแม่น้ำคือค่ายของนันทอุเทนจอดิน ฝ่ายเรือจีนขนาดใหญ่ยกทัพเรือไปถึงโซ่ ติดอยู่ที่โซ่ไม่สามารถเดินทางต่อไปได้ออกันอยู่ในแม่น้ำ ป้อมของพม่าทั้งสองฝั่งแม่น้ำ ของแมงยีชัยสูและนันทอุเทนจอดิน จึงระดมยึงปืนใหญ่ใส่ทัพเรือจีนในแม่น้ำที่ติดโซ่อยู่ กองกำลังพม่าจากบริเวณข้างเคียงก็ได้ยกมาช่วย ทำให้ทัพเรือจีนของสยามแตกพ่าย บางคนตกลงไปในน้ำจมน้ำเสียชีวิตร้อยกว่าคน ฝ่ายพม่ายึดได้เรือรบจีนขนาดใหญ่สิบลำ

เจรจาสงบศึกไม่สำเร็จ 
กรุงศรีอยุธยาถูกพม่าล้อมเป็นเวลาปีกว่า ทำให้ขาดเสบียงให้สามารถค้นหาเสบียงเพิ่มได้ ในขณะที่พม่าสะสมเสบียงอาหารอย่างล้นเหลือ อาหารเสบียงภายในเมืองขัดสนราษฎรอดอยากเสียชีวิต ข้าวหนึ่งทะนานเลี้ยงคนได้ยี่สิบคนในเวลาสิบวัน เกิดโจรผู้ร้ายปล้มสะดมอย่างทั่วไป ชาวอยุธยาจำนวนได้ยอมแพ้และออกไปจำนนเข้ากับพม่า ทำให้ฝ่ายพม่ารับทราบถงข่าวเหตุการณ์ในกรุงศรีอยุธยาอย่างสม่ำเสมอจากชาวกรุงที่ออกไปเข้ากับพม่า ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2310 ฝ่ายกรุงศรีอยุธยานำปืนปราบหงสาวดี หรือปืนทวารวดี ซึ่งเป็นปืนรักษากรุงมาแต่โบราณ ยกปืนปราบหงสาวดีออกไปตั้งที่ท่าทราย ยิงออกไปหาค่ายพม่าที่วัดศรีโพธิ์ ปรากฏว่ายิครั้งแรกบรรจุดินปืนน้อยเกินไปยิงไปไม่ถึงระยะตกใกล้ที่ตลิ่ง ยิงครั้งที่สองบรรจุดินปืนมากเกินไปเลยเป้าหมายวัดศรีโพธิ์ออกไป ฝ่ายพม่ายิงปืนใหญ่จากป้อมเข้ามาภายในพระนคร ถูกผู้คนจำนวนมาก

พงศาวดารพม่าระบุว่า ชาวสยามมีความเชื่อว่าเทพารักษ์ผู้พิทักษ์รักษากรุงนั้นอาศัยอยู่ภายในปืนใหญ่ การที่ปืนใหญ่ไม่สามารถใช้ได้ดังประสงค์นี้ แสดงให้เห็นว่าเทพารักษ์ผู้รักษาเมืองไม่เป็นใจด้วย หรือไปเข้าข้างฝ่ายพม่า เมื่อมีความเห็นดังนี้แล้ว ฝ่ายราชสำนักสยามเห็นว่าจะขัดขืนต่อสู้กับพม่าต่อไปไม่เกิดประโยชน์ จึงจัดให้มีการเจรจาสงบศึกในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2310 โดยที่สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์ทรงส่งพระยากลาโหมมาเป็นผู้แทนพระองค์ ไปเจรจากับมังมหานรธา ซึ่งพงศาวดารพม่าและพงศาวดารให้รายละเอียดในการเจรจาสงบศึกในครั้งนี้แตกต่างกัน;

 พงศาวดารพม่าระบุว่า ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาส่งเครื่องบรรณาการพร้อมทั้งช้างม้า มามอบให้แก่มังมหานรธา ทูตสยามกล่าวว่า สยามได้ส่งเครื่องบรรณาการให้แก่พม่าอย่างสม่ำเสมอและมีความสัมพันธ์ที่ดีต่อกัน แต่ความสัมพันธ์นั้นร้าวฉานจากการที่ชาวมอญเป็นกบฏสยามจึงไม่สามารถส่งบรรณการให้แก่พม่าได้ ครั้งนี้สยามจะยินยอมส่งบรรณาการให้แก่พม่า มังมหานรธาและเนเมียวสีหบดีปรึกษากันแล้วจึงตอบว่า สถานการณ์ในการรบของพม่าและสยามนั้นแตกต่างกันมาก แตกต่างกันประหนึ่งระหว่างเมล็ดพืชกับน้ำหนักหนึ่งวิศา (viss) ไม่สามารถเจรจากันอย่างเท่าเทียมได้ฝ่ายสยามต้องยอมจำนนอย่างไม่มีเงื่อนไขเท่านั้น หากสยามมีความจริงใจที่จะอ่อนน้องต่อมา ให้ส่งพระโอรสธิดา ส่งช้างม้า และมอบปืนใหญ่สองกระบอกที่รักษาเมืองให้แก่พม่า แล้วเมื่อนั้นฝ่ายพม่าจึงจะยินยอมสงบศึก หากฝ่ายสยามยังมานะทำศึกต่อไป ก็จงส่งทหารพันคนออกมาพม่าจะตีแตกพ่ายไปด้วยคนเพียงร้อยคน หรือหากสยามส่งคนออกมาหมื่นคนพม่าก็จะต่อรบด้วยคนเพียงพันคน
 พงศาวดารไทยระบุว่า กรุงศรีอยุธยาและกรุงรัตนปุระอังวะ เคยสามัคคีเป็นสุวรรณปฐพีเดียวกัน ไม่เคยเป็นปัจจามิตรกันมาก่อน เหตุใดพระเจ้าอังวะผู้เป็นใหญ่ในอัสดงคตประเทศ จึงยกพยุหทัพมากระทำแก่สยามปราจีนประเทศ ให้เดือดร้อนแก่สมณชีพราหมณ์อาณาประชาราษฎร์ทั้งปวง ฝ่ายพม่าตอบว่า ครั้งสมัยก่อนกรุงศรีอยุธยาเคยถวายบรรณาการสุวรรณบุปผา แต่กลับแข็งเมืองไม่ถวายบรรณาการละทิ้งธรรมเนียมโบราณเสีย พระเจ้าอังวะจึงให้ยกทัพมาตีให้เป็นเมืองออกอย่างแต่ก่อน ฝ่ายพระเจ้าเอกทัศน์ เมื่อทรงทราบเนื้อความตอบเจรจาของพม่าแล้ว ตรัสว่าพม่าเจรจาโกหกกล่าวไม่จริง

มังมหานรธาถึงแก่กรรม 
ในการรุกรานกรุงศรีอยุธยาในครั้งนี้ ฝ่ายพม่ามีแม่ทัพใหญ่หรือโบชุกสองคนได้แก่มังมหานรธาและเนเมียวสีหบดี อย่างไรก็ตามมังมหานรธามีอำนาจเหนือกว่าเนเมียวสีหบดี มังมหานรธาเป็นผู้บัญชาการรบสูงสุดในกรุงศรีอยุธยา ห้าวันหลังจากการเจรจาสงบศึกระหว่างพม่าและสยาม ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2310 มังมหานรธาล้มป่วยถึงแก่กรรม อัฐิของมังมหานรธาถูกบรรจุไว้ที่วัดสีกุก พงศาวดารฉบับพระพนรัตน์ฯระบุว่า กองทัพพม่าฝ่ายตะวันตกเดิมของมังมหานรธาปรึกษากันเลือกโบชุกคนใหม่ มีการเสนอชื่อแม่ทัพพม่าสามคนได้แก่ เนเมียวสีหบดี ติงจาแมงข่องปลัดค่ายสีกุก และปะกันหวุ่น (แมงยีกามะนีจันทา) นายค่ายบางไทร สุดท้ายกองทัพพม่าจึงเลือกปะกันหวุ่น เนื่องจากปะกันหวุ่นมีเชื้อสายพม่าแท้ ในขณะที่เนเมียวสีหบดีมีมารดาเป็นชาวลาว (ล้านนา?) และติงจาแมงข่องมีมารดาเชื้อสายมอญ แต่สุดท้ายแล้วเนเมียวสีหบดีได้ยึดอำนาจ เข้าควบคุมบัญชาการทัพเดิมของมังมหานรธา

เนเมียวสีบหบดีส่งคนไปถวายรายงานพระเจ้ามังระที่กรุงอังวะ ว่ามังมหานรธาถึงแก่กรรมเนเมียวสีหบดีได้เข้าควบคุมทัพพม่าในกรุงศรีอยุธยาทั้งหมด ขณะนี้ล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่ในสภาพอิดโรยไม่อาจต่อกรได้นาน จะต้องได้พิชิตกรุงศรีอยุธยาและได้องค์กษัตริย์อยุธยาในไม่ช้า พระเจ้ามังระจึงมีพระราชโองการตอบว่า ขณะนี้ศึกสงครามกับจีนกำลังเดินหน้า จะต้องเข้าพิชิตกรุงศรีอยุธยาให้รวดเร็วที่สุด เมื่อได้เมืองแล้วจะต้องเผาทำลายกรุงศรีอยุธยาลงอย่างราบคาบ (เพื่อป้องกันให้เกิดศึกด้านหลังขณะกำลังรบกับจีน) และให้นำเชื้อพระวงศ์อยุธยาไปไว้ที่พม่าทั้งหมด

นอกจากนี้ พระเจ้ามังระยังทรงแต่งตั้งให้มังรายแมงหลาอุจนา (Minye Minhla Uzana) เจ้าเมืองเมาะตะมะ เป็นโบชุกแม่ทัพพม่าฝ่ายตะวันตกคนใหม่แทนที่มังมหานรธา ยกกำลังพล 3,000 ลงมาสมทบ พร้อมทั้งพระราชทานผ้านุ่งอย่างดี 300 ผืน และเหรียญเงิน 500 เหรียญ พระราชทานให้แก่ทหารพม่าผู้มีความดีความชอบในสงครามกับอยุธยา ทัพเสริมใหม่นี้ได้ออกเดินทางจากอังวะเมื่อวันแรม 5 ค่ำ เดือนสาม (18 กุมภาพันธ์) พ.ศ. 2310 อย่างไรก็ตาม ทัพใหม่ของเจ้าเมืองเมาะตะมะต้องใช้เวลาเดินทางกว่าจะถึงกรุงศรีอยุธยา ในระหว่างนี้นั้นเนเมียวสีหบดีกุมอำนาจการบัญชาการไว้ทั้งหมด

การรบช่วงสุดท้าย 
ฉับกุงโบแม่ทัพพม่านำกำลัง 500 คน เข้าตีค่ายไทยที่วัดไชยวัฒนาราม รบกันเก้าวัน ค่ายวัดไชยวัฒนารามถึงแตกพ่าย อุตตมะสิงหจอจัวเจ้าเมืองปรอนนำกำลัง 500 คน เข้าตีค่ายจีนคลองสวนพลู

ฝ่ายพม่าเข้าโจมทีตั้งค่ายคริสเตียนที่โบสถ์เซนต์ยอเซฟ ค่ายโปรตุเกสที่บ้านโปตุเกส และค่ายจีนที่บ้านฮอลันดา ทั้งชาวจีนและชาวโปรตุเกสต่างช่วยเหลือซึ่งกันและกัน ฝ่ายพม่าเข้าล้อมค่ายจีนไว้ หลังจากที่ต้านทานพม่าอยู่เป็นเวลาสองสัปดาห์ ค่ายจีนที่บ้านฮอลันดาจึงได้เสียให้แก่พม่าในวันที่ 13 มีนาคม จากนั้นอีกแปดวันต่อมาพม่าจึงเข้ายึดค่ายบ้านโปรตุเกสได้ในวันที่ 21 มีนาคม ฝ่ายพม่าได้ยึดค่ายบ้านโปรตุเกส และได้จับกุมบาทหลวงฟรานซิสกันและโดมินิกันไว้เป็นตัวประกัน เพื่อเจรจากับปีแยร์ บรีโกต์ สังฆราชที่ค่ายวัดเซนต์ยอเซฟ ให้ยอมแพ้และยอมจำนนแต่โดยดี สังฆราชปีแยร์บรีโกต์เดินทางจากวัดเซนต์ยอเซฟไปพบกับพม่าที่บ้านโปรตุเกส พม่าจับกุมสังฆราชไว้ โดยที่ให้สัญญาว่าจะไม่ทำอันตรายแก่ศาสนสถานคริสเตียน แต่แล้วอีกสองวันต่อมาในวันที่ 23 มีนาคม พม่าได้จุดไฟเผาทำลายทั้งโบสถ์นักบุญเปาโล โบสถ์นักบุญดอมินิก ที่บ้านโปรตุเกส และวัดนักบุญยอเซฟที่คลองตะเคียน

ปลายเดือนมีนาคม พ.ศ. 2310 ฝ่ายพม่าเริ่มทำการขุดอุโมงค์เข้าพระนครศรีอยุธยา โดยทัพพม่าจากวัดสามวิหาร วัดเจดีย์แดง และวัดมณฑป ยกเข้ามาสร้างป้อมค่ายขนาดใหญ่จากไม้ตานขึ้นสามค่ายที่บริเวณหัวรอทางกำแพงพระนครด้านทิศเหนือ แต่ละค่ายมีขนาดเส้นรอบวง 800 ทา และสูงสิบตอง (ประมาณ 4.5 เมตร) เพื่อป้องกันการสร้างสะพานข้ามคูเมืองและการขุดอุโมงค์เข้าพระนครของฝ่ายพม่า โดยอยู่ภายใต้การบังคับบัญชาของแม่ทัพพม่าฉับกุงโบ จิกสินโบ (Thitsein Bo) และสะโดมังถ่าง (โป่มะยุง่วน) เข้าประจำค่ายทั้งสามค่าย แต่ละค่ายมีกำลังพล 2,000 คน รวมสามค่าย 6,000 คน ฝ่ายพม่าขุดอูโมงค์ทั้งหมดห้าสาย ขุดเข้าไปถึงใต้รากฐานกำแพงพระนครศรีอยุธยา พม่านำไม้มาค้ำยันรากกำแพงไว้ก่อนและเพื่อใช้เป็นฟืนในการเผารากกำแพงเมืองต่อไป

ฝ่ายกรุงศรีอยุธยาจมื่นศรีสรรักษ์ (ฉิม) ซึ่งในพงศาวดารพม่าเรียกว่าพระมนตรี (Bra Mundari) ระบุว่าเป็นพี่ชายของพระสนมของพระเจ้าเอกทัศน์ นำทัพออกมาโจมตีค่ายพม่าทั้งสามค่ายที่หัวรอ นำบันไดพาดเข้าโจมตีค่ายพม่า นำไปสู่การรบที่หัวรอ พงศาวดารพม่าระบุว่า ฝ่ายสยามมีกำลังพลจำนวนมากเข้ารุมค่ายพม่าเหมือนฝูงผึ้ง ทหารสยามเหยียบศพของทหารฝ่านตนที่ล้มตายเพื่อไต่ตะกายบันไดเข้าค่ายพม่า ฝ่ายสยามสามารถเข้าค่ายได้เกิดการสู้รบในค่าย จนฝ่ายพม่าเกือบจะเสียค่างทั้งสามแต่ได้รับกำลังสนับสนุนได้ทันเวลา ทำให้ฝ่ายพม่าสามารถรักษา่ายทั้งสามไว้ได้ พงศาวดารพม่าระบุว่า จมื่นศรีสรรักษ์หลบหนีขี่ช้างกลับเข้ากรุงไป ทหารสยามเสียชีวิต 800 คน จับกุมได้อีก 200 คน

เสียกรุงศรีอยุธยา 

พงศาวดารพม่าระบุว่า พระเจ้าเอกทัศน์ทรงไม่ย่อท้อไม่ยอมแพ้ต่อพม่า ยังคงมีพระปณิธานยืนหยัดสู้กับพม่าต่อไป ตรัสว่ากรุงศรีอยุธยามีกำแพงแน่นหนาแข็งแรงไม่เสียให้แก่พม่าอย่างแน่นอน ฝ่ายเนเมียวสีหบดีเรียกประชุมแม่ทัพนายกอง ปรึกษากันว่าการล้อมกรุงศรีอยุธยากินเวลามานานมากแล้ว ควรรีบเผด็จศึกให้สิ้นสุดโดยเร็ว เห็นควรให้เอารากกำแพงพระนครศรีอยุธยา เพื่อให้กำแพงพระนครถล่มลงมาฝ่ายพม่าจึงจะสามารถเข้าเมืองได้

พงศาวดารไทยระบุว่า ก่อนการเสียกรุงศรีอยุธยานั้น เกิดลางร้ายอาเพศต่างๆขึ้นดังนี้;

 พระพุทธปฏิมากรใหญ่วัดพนัญเชิง หรือพระพุทธไตรรัตนนายก น้ำพระเนตรไหลลงมาจนถึงพระนาภี
 พระพุทธไตรโลกนาถ ในวัดพระศรีสรรเพชญ์ ซึ่งแกะจากไม้ศรีมหาโพธิ์ พระอุระแตกแยกออกเป็นสองส่วน
 พระพุทธปฏิมากรขนาดท่าตัวคน และพระพุทธสุรินทร์ซึ่งหล่อด้วยนาค ในวัดพระศรีสรรเพ็ชญ์นั้น พระเนตรตกหล่นมาอยู่ที่พระหัตถ์
 กาสองตัวตีกัน กาตัวหนึ่งพุ่งเสียบลงที่ยอดเหมฉัตรของเจดีย์วัดราชบูรณะ
 เทวรูปพระนเรศวร เปล่งเสียงกระทืบกระบาทเหมือนดั่งอสนีบาตต้องตกหลายครั้ง

ครั้นถึงวันอังคารขึ้น 9 ค่ำ เดือนห้า หรือวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310 เวลาประมาณบ่ายสามโมง พม่าจุดไฟสุมรากกำแพงเมืองตรงหัวรอที่ริมป้อมมหาไชย ตั้งแต่เวลาบ่ายสามโมง และยิงปืนใหญ่ระดมเข้าไปในพระนคร จากบรรดาค่ายที่รายล้อมทุกค่าย พอเพลาพลบค่ำเวลาสองทุ่มกำแพงเมืองตรงที่เอาไฟสุมทรุดลง แม่ทัพพม่ายิงปืนเป็นสัญญาณให้ทหารเข้าพระนครพร้อมกันทุกด้าน พม่าเอาบันไดปีนพาดเข้ามาได้ตรงที่กำแพงทรุดนั้นก่อน ทหารอยุธยาที่รักษาหน้าที่เหลือกำลังจะต่อสู้ พม่าก็สามารถเข้าพระนครได้ในเวลาค่ำวันนั้นทุกทาง ทั้งจากทางกำแพงที่ทรุดลง ทางอุโมงค์ที่ขุดไว้ รวมทั้งปีนบันไดข้ามกำแพงเข้ามา นอกจากนี้ คำให้การชาวกรุงเก่ายังระบุว่ามีพระยาพลเทพซึ่งรู้เห็นเป็นใจกับพม่า ได้เปิดประตูให้พม่าเข้าเมืองอีกด้วย ภายในกรุงศรีอยุธยานั้น ฝ่ายสยามเจ้าพระยาพระคลังสมุหนายกและพระยากลาโหมยังนำกำลัง 10,000 คน เป็นกองกำลังสุดท้าย เข้าต่อสู้กับทหารพม่าอยู่แต่ไม่ประสบความสำเร็จ ทหารพม่าจุดไฟเผาบ้านเรือนวัดวาอารามต่างๆ รวมทั้งปราสาทราชมณเฑียร เพลิงลุกไหม้เป็นแสงสว่างดั่งกลางวัน นอกจากนี้ ทหารพฝ่ายังจับกุมชาวอยุธยาบีบบังคับเอาทรัพย์สินต่างๆ ทั้งเงินทองอัญมณีต่างๆ เกิดความโกลาหลวุ่นวายไปทั่วกรุง พงศาวดารไทยและพงศาวดารพม่าให้รายละเอียดเกี่ยวกับการสิ้นพระชนม์ของพระเจ้าเอกทัศน์ที่แตกต่างกัน;

 พงศาวดารไทยระบุว่า สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์เสด็จหลบหนีลงเรือน้อยไปกับมหาดเล็กสองคน ไปหลบซ่อนพระองค์ที่สุมทุมพุ่มไม้ที่บ้านจิกข้างวัดสังฆาวาส ต่อมามหาดเล็กก็ได้ละทิ้งพระองค์ไป พระเจ้าเอกทัศน์จึงทรงได้รับความทุกขเวทนาอดพระกระยาหารสวรรคตไปในที่สุดแต่พระองค์เดียว
 พงศาวดารพม่าระบุว่า สมเด็จพระเจ้าเอกทัศน์เสด็จหลบหนีออกทางประตูพระนครทางทิศตะวันตก แต่ท่ามกลางความสับสนวุ่นวายนั้น พระเจ้าเอกทัศน์ทรงต้องกระสุนปืนสวรรคต

ทหารพม่าเข้ายึดครองพระราชวังหลวงกรุงศรีอยุธยา พบพระองค์เจ้าจันทร์ถูกจองจำขื่อคาอยู่ที่พระศอ ทหารพม่าจึงปล่อยพระองค์เจ้าจันทร์ให้เป็นอิสระ ฝ่ายพม่าค้นหาองค์กษัตริย์อยุธยา พบพระศพอยู่ที่ประตูพระนครด้านตะวันตก ฝ่ายพม่าจึงฝังพระศพของพระเจ้าเอกทัศน์ไว้ที่โคกพระเมรุหน้าพระวิหารมงคลบพิตร ฝ่ายพม่าจับกุมได้เชื้อพระวงศ์อยุธยาได้แก่; 

 พระมเหสีของพระเจ้าเอกทัศน์สี่พระองค์ รวมทั้งกรมขุนวิมลพัตร และพระสนมเจ้าจอมนางในทั้งสิ้น 869 คน 
 พระอนุชาของพระเจ้าเอกทัศน์สิบสองพระองค์ รวมทั้งพระปทุมราชาพระเจ้าอุทุมพรขุนหลวงหาวัด
 พระเชษฐภคินีและพระขนิษฐาของพระเจ้าเอกทัศน์สิบสี่องค์ รวมทั้งเจ้าฟ้าสุริยพงศ์ เจ้าฟ้าอินทสุดาวดี เจ้าฟ้ากุณฑล เจ้าฟ้ามงกุฎ
 พระโอรสของพระเจ้าเอกทัศน์สามพระองค์ได้แก่ พระองค์เจ้าประไพกุมาร พระองค์เจ้าสุทัศน์
 พระธิดาของพระเจ้าเอกทัศน์สี่พระองค์
 พระเจ้าหลานเธอที่เป็นชาย 14 พระองค์ และพระเจ้าหลานเธอที่เป็นหญิง 14 พระองค์ มีพระยศเป็น"หม่อม"
 พระโอรสธิดาของเจ้าฟ้าธรรมธิเบศร์ 4 พระองค์

ฝ่ายพม่าจับกุมได้เชื้อพระวงค์อยุธยา รวมทั้งหมด 2,000 คน และยังจับกุมขุนนางได้แก่ เจ้าพระยาพระคลังสมุหนายก พระยาราชภักดี พระยาพลเทพ พระยายมราช เนเมียวสีหบดีกลับไปตั้งอยู่ที่โพธิ์สามต้น มีประกาศว่า ให้แม่ทัพนายกองพม่า ส่งเชลยเชื้อพระวงศ์ขุนนางอยุธยาให้แก่เนเมียวสีหบดีที่โพธิ์สามต้นทุกคน ห้ามเบียดบังเก็บไว้เป็นส่วนตัวอย่างเด็ดขาด ฝ่ายพม่าจับกุมได้ช่างสิบหมู่ช่างฝีมือต่างๆ ยึดได้พระไตรปิฎกรวมทั้งตำราโหราศาสตร์แพทยศาสตร์ พระราชทรัพย์เครื่องเงินเครื่องทองอัญมณีต่างๆ พระภูษาดิ้นเงินดิ้นทอง พม่ายึดยุทโธปกรณ์ช้าง 700 เชือก ได้เรือ 2,000 ลำ ปืนคาบศิลา 10,000 กระบอก ปืนคาบศิลาประดับเงินทอง 1,000 กระบอก ปืนใหญ่ทองเหลืองขนาดใหญ่ที่ไว้สำหรับป้องกันพระนครสองกระบอก ปืนใหญ่ขนาดเล็กทำจากทองเหลืองและเหล็ก 3,550 กระบอก กระสุนปืนขนาดต่างๆจากจีน 50,000 ลูก พงศาวดารพม่าระบุว่าอาวุธปืนของอยุธยานั้นมีอยู่อย่างล้นเหลือ ไม่สามารถนำกลับไปได้ทั้งหมด ต้องเลือกเฉพาะปืนที่อยู่ในสภาพดีใช้การได้และทิ้งทำลายปืนที่เหลือทั้งหมด โดยการระเบิดทิ้งหรือการทิ้งลงน้ำ

ฝ่ายพม่าจับกุมได้ราษฏรชาวกรุงศรีอยุธยาได้จำนวน 30,000 เศษคน ยังไม่รวมที่หลบหนีไปตามป่า ทหารพม่าบีบบังคับเอาทรัพย์สิ้นจากชาวกรุง เฆี่ยนตีหรือสังหารเสียชีวิต เนเมียวสีหบดีแจกจ่ายเชลยอยุธยาให้แก่แม่ทัพนายกองผู้มีความชอบไปเป็นผู้รับใช้ส่วนตน โดยแม่ทัพระดับทัตมู (Tathmu) ได้เชลยอยุธยาคนละ 100 ครอบครัว แม่ทัพระดับจิกเก (Sitke) ได้เชลยอยุธยาคนละ 75 ครอบครัว แม่ทัพระดับนะกาน (Nakan) ได้รับเชลยคนละ 50 ครอบครัว ทหารระดับทัตเร (Tatye) ได้รับคนละ 5 ครอบครัว และทหารไพร่ราบทั่วไปได้คนละ 2 ครอบครัว นอกจากนี้ พม่ายังเผาหลอมพระพุทธรูป นำเอาทองกลับไป ฝ่ายพม่าใช้เวลาเก็บกวดต้อนทรัพย์สินและผู้คนในอยุธยาอยู่เป็นเวลา 10 วัน หลังจากนั้นเนเมียวสีหบดีจึงแต่งตั้งให้สุกี้พระนายกองหรือนายทองสุกชาวมอญโพธิ์สามต้น ให้เป็นผู้รักษากรุงศรีอยุธยา ให้มองย่าเป็นปลัด คอบเก็บรวบรวมทรัพย์สินและผู้คนที่ยังค้างอยู่ ส่งให้แก่พม่าที่โพธิ์สามต้น

สถานการณ์ทางทหารระหว่างการทัพ

การละทิ้งหน้าที่ระหว่างการทัพ 
ในระหว่างการทัพ เจ้าเมืองที่ถูกขอความช่วยเหลือส่งความช่วยเหลือมายังกรุงศรีอยุธยาเพียงเล็กน้อย โดยหัวเมืองตามเส้นทางเดินทัพเลือกที่จะใช้กำลังเพื่อป้องกันตนเองหรือไม่ก็ยอมจำนนต่อพม่า ซ้ำยังมีไพร่พลเมืองยังติดสินบนข้าหลวงเพื่อเลี่ยงการเกณฑ์ทหาร

ครั้นเมื่อข้าศึกเข้าประชิดกรุงศรีอยุธยา ได้ปรากฏข้าราชการและราษฎรจำนวนมากหลบหนีไป ทำให้พวกที่เหลืออยู่ในกรุงเกิดการท้อหมดกำลังใจ ทั้งที่ผู้ซึ่งหลบหนีไปจำนวนมากนั้นได้สร้างวีรกรรมในสมัยต่อมา นอกจากนี้ กองทัพหัวเมืองทั้งหลายที่มีจำนวนน้อยอยู่แล้ว และส่วนใหญ่ก็คงไม่เต็มใจจะช่วยเหลือกรุง เป็นผลให้หลังจากกองทัพพิษณุโลกยกกลับไป กองทัพหัวเมืองอื่นก็ไม่มีกำลังใจอยู่ต่อสู้อีก ตัวอย่างข้าราชการผู้ละทิ้งหน้าที่ระหว่างการทัพ ได้แก่ พระยาพลเทพ หลวงโกษา พระยารัตนาธิเบศร์ พระยานครราชสีมา เจ้าศรีสังข์ และพระยาตาก เป็นต้น ความล้มเหลวของยุทธวิธีน้ำหลากนี้เองซึ่งส่งผลกระทบถึงความเข้มแข็งและวินัยทหาร

สงครามจีน-พม่า 
ขณะที่สงครามดำเนินไปนั้น จากการเกณฑ์ทหารในรัฐฉานตอนเหนือของเนเมียวสีหบดี ซึ่งทางการจีนถือว่าเป็นดินแดนของตน จักรพรรดิเฉียนหลงจึงมีพระบรมราชโองการให้รุกรานสิบสองปันนาและเชียงตุง ราวเดือนธันวาคม พ.ศ. 2308 ขณะที่พม่าทำสงครามอยู่ที่พิษณุโลกและอยุธยา จีนได้ส่งทหาร 6,000 นายล้อมเมืองเชียงตุง แต่ก็ถูกตีแตกกลับไป

เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2309 จีนส่งกำลังเข้ารุกรานพม่าเป็นครั้งที่สองโดยมีเป้าหมายมุ่งตรงไปยังกรุงอังวะ คราวนี้จีนมีกำลังพลถึง 25,000 นาย พระเจ้ามังระแม้จะไม่ได้ทรงคาดการณ์ถึงกำลังรบจำนวนมากเช่นนี้ แต่พระองค์ก็ไม่ทรงเต็มพระทัยจะเรียกกองทัพกลับมาจากอยุธยา พระองค์ทรงออกรบด้วยพระองค์เอง และมีคำบัญชาแก่แม่ทัพในอยุธยาให้ตีกรุงให้แตกโดยเร็ว เพื่อจะได้กลับมาตุภูมิเพื่อป้องกันบ้านเมือง และในภายหลัง พระองค์ทรงมีบัญชาอีกหนหนึ่งให้ "บากบั่น"ในการล้อม

เหตุการณ์ภายหลัง

การทำลายกรุงศรีอยุธยา 

เผาทำลายพระนครแล้ว ทัพพม่าได้พำนักอยู่ ณ ที่นั้นจนถึงวันที่ 6 มิถุนายน พ.ศ. 2310 ก่อนยกกลับประเทศตน โดยประมวลเอาทรัพย์สินและเชลยศึกไปด้วย เนเมียวสีหบดีได้แต่งตั้งให้สุกี้เป็นนายทัพ คุมพล 3,000 คน รั้งทัพอยู่ที่ค่ายโพธิ์สามต้น คอยกวาดต้อนผู้คนและทรัพย์สินตามกลับไปภายหลัง อย่างไรก็ดี หลักฐานพม่ากล่าวตรงกันข้ามกับหลักฐานไทย คือ ทหารพม่ามิได้ฆ่าฟันผู้คนมากมาย เพียงแต่เผาเมือง ริบสมบัติ และจับพระเจ้าแผ่นดิน ข้าราชสำนัก และพลเมืองกลับไปด้วยเท่านั้น

ฝ่ายพระเจ้ามังระทรงพระดำริว่า จะไว้กำลังจำนวนหนึ่งที่กรุงศรีอยุธยา โดยอาจทรงให้อยู่ในบังคับบัญชาของพระราชวงศ์อยุธยาหรือข้าราชการชั้นผู้ใหญ่ของพม่าโดยตรง แต่เผอิญ พม่าเกิดการสงครามกับจีน พระองค์จึงเปลี่ยนพระทัยเรียกกองทัพส่วนใหญ่กลับไปป้องกันมาตุภูมิ และให้คงกองทหารขนาดเล็กไว้ประจำในหลายพื้นที่เท่านั้น กองทัพพม่าที่เหลืออยู่ในอาณาจักรอยุธยาที่เป็นซากไปแล้วนั้นมีอยู่ไม่ถึง 10,000 นาย ซึ่งไม่รับกับอาณาเขตของกรุงศรีอยุธยา กองทัพเหล่านี้จึงมีอำนาจอยู่แต่ในบริเวณค่ายคูประตูหอรบของตนและปริมณฑลเท่านั้น ท้องที่ห่างไกลล้วนอยู่นอกเหนือการควบคุม ซ้ำบางแห่งกลายเป็นซ่องโจรไปเสีย

แม้ว่าพม่าจะได้ชายฝั่งตะนาวศรีตอนล่างมาเป็นของตนก็ตาม แต่พม่าไม่บรรลุวัตถุประสงค์สำคัญในอันที่จะพิชิตคนไทยและควบคุมดินแดนโดยรอบทั้งสิ้น เพราะคนไทยภายใต้การนำของพระมหากษัตริย์พระองค์ใหม่เป็นแรงหนุนเหล่ากบฏในล้านนาและพม่าตอนล่างได้ดีกว่าเดิม ประกอบกับพม่าสูญเสียความสามารถในการรบลงมากหลังผ่านพ้นสงครามกับสยาม ทั้งต้องรบกับจีนอีกหลายปี

สภาพจลาจล 

ภายหลังจากการล่มสลายของกรุงศรีอยุธยา เพื่อความอยู่รอด ทำให้เกิดชุมนุมทางการเมืองในระดับต่าง ๆ ซึ่งเป็น "รัฐบาลธรรมชาติ" ขึ้นมาในท้องถิ่นทันที ส่วนรัฐบาลธรรมชาติเหล่านี้เกิดจากการที่บรรดาเจ้าเมืองขนาดใหญ่ที่ไม่ได้รับผลกระทบจากสงครามมากนักได้ตั้งตนเป็นใหญ่ในเขตอิทธิพลของตน เรียกว่า "ชุมนุม" หรือ "ก๊ก" ซึ่งมีจำนวน 4-6 แห่ง นับว่ารัฐไทยเกือบสิ้นสลายไปเพราะไม่อาจรวมกันเป็นปึกแผ่นได้อีก

เป็นเวลาไล่เลี่ยกับการตั้งตนเป็นใหญ่ของพระยาตากแถบเมืองจันทบุรี, การขับไล่ทหารพม่าที่หลงเหลืออยู่ในดินแดนอยุธยาออกไปทั้งหมด, การปราบดาภิเษกตนเองเป็นกษัตริย์ของคนไทย พร้อมกับย้ายเมืองหลวงไปยังกรุงธนบุรี อย่างไรก็ตาม สภาวะความวุ่นวายทางการเมืองยังดำเนินอยู่ตลอดรัชสมัยของสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี จนกระทั่งคนไทยเริ่มกลับเป็นปึกแผ่นอีกครั้งเมื่อย่างเข้าสมัยรัตนโกสินทร์

ปัญหาทางเศรษฐกิจ 
ผลกระทบโดยตรงของสงครามคราวเสียกรุงครั้งนี้ คือ การเกิดทุพภิกขภัยครั้งร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์ไทย ทหารพม่าได้ทำลายไร่นาสวนในภาคกลาง ราษฎรไม่มีโอกาสทำมาหากินอย่างปกติ ซ้ำยังทำให้เศรษฐกิจของรัฐไทยตกต่ำอย่างหนักด้วยการปล้นท้องพระคลัง เผาบ้านเรือน วัด และสถานที่ราชการทั้งหลาย ทั้งนี้ในระหว่างการทัพเองก็มีเรือต่างประเทศจะนำเสบียงและยุทธภัณฑ์มาช่วยเหลืออยุธยา แต่ทัพเรือพม่าก็ขัดขวางจนมิอาจให้ความช่วยเหลือได้

ความเสื่อมโทรมหลายประการในภายหลังก็มีสาเหตุมาจากการปล้นทรัพย์สมบัติของพม่าเมื่อคราวเสียกรุง เช่น มะริดและตะนาวศรีตกเป็นเมืองท่าของพม่าอย่างเด็ดขาด การค้าขายกับชาวตะวันตกจึงเสื่อมโทรมลง อีกทั้งยังทำให้การทหารของชาติอ่อนแอลงจากการสูญเสียปืนน้อยใหญ่เรือนหมื่นที่พม่าขนกลับบ้านเมืองไปด้วย นอกจากนี้ ยังมีประชากรในลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาที่ละทิ้งบ้านเรือนหนีภัยสงครามเป็นจำนวนมาก เป็นอุปสรรคต่อการฟื้นฟูเศรษฐกิจในเวลาต่อมา

ประวัติศาสตร์นิพนธ์

การเปรียบเทียบเอกสารประวัติศาสตร์ 
ในการศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาในช่วงการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง นักประวัติศาสตร์ไทยในภายหลังส่วนใหญ่มักจะอิงจากหลักฐานประเภทพงศาวดารไทยที่ถูกชำระขึ้นในสมัยธนบุรีและสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น อันเป็นกรอบความคิดซึ่งเน้นกล่าวถึงความเสื่อมของอาณาจักรอยุธยาในราชวงศ์บ้านพลูหลวง แต่หลักฐานเหล่านี้ได้กล่าวถึงช่วงเวลาคราวเสียกรุงอย่างรวบรัด และยังมีความสับสนในความบางตอนอีกด้วย รวมทั้งมีอคติและกล่าวประณามพระเจ้าเอกทัศ และเน้นกล่าวถึงความอ่อนแอทางทหารของอาณาจักรอยุธยามากกว่าอย่างอื่น ทั้งนี้ นักประวัติศาสตร์ไทยไม่ค่อยยึดถือจาก คำให้การชาวกรุงเก่า และ คำให้การขุนหลวงหาวัด มากนัก แต่กลับเน้น คำให้การชาวอังวะ ซึ่งกล่าวคลาดเคลื่อนและรวบรัดเช่นเดียวกับพงศาวดารไทยที่ถูกชำระขึ้นนั้น และถึงแม้ว่าจะมีการเลือกความจากหลักฐานต่างประเทศ ก็มักจะเลือกเอาแต่ความที่ไม่ขัดแย้งกับพงศาวดารนั้น

ตรงกันข้ามกับหลักฐานที่เป็นพงศาวดารพม่าและ คำให้การขุนหลวงหาวัด ซึ่งมีการกล่าวถึงช่วงเวลาเสียกรุงอย่างละเอียด รวมทั้งยุทธวิธีของพม่าที่ใช้เอาชนะอยุธยา นอกจากนี้ในพงศาวดารพม่ากล่าวถึงความฉลาดทางยุทธวิธีที่แม่ทัพพม่าใช้เอาชนะแม่ทัพอยุธยา ซึ่งย่อมหมายถึง ความเข้มแข็งในระดับที่สามารถรบด้วยกับพม่าเช่นกัน อย่างไรก็ตามในพงศาวดารพม่าเองก็มีอคติและความคลาดเคลื่อน รวมทั้งกล่าวถึงชัยชนะของตนอย่างเกินจริง

การเผยแพร่

ความแตกต่างระหว่างเหตุการณ์คราวเสียกรุงทั้งสองครั้ง 

ในการศึกษาสงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวและสมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพได้ทรงเรียกกองทัพพม่าว่า "มาอย่างกองโจร" คือ เที่ยวปล้นอยู่โดยรอบเป็นเวลานานกว่าจะหักเอากรุงศรีอยุธยาได้ นอกจากนี้ สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพยังมิทรงเชื่อข้อความในพงศาวดารพม่าซึ่งกล่าวว่า การรุกรานดังกล่าวมีการวางแผนอย่างถูกต้อง ด้วยทรงเห็นว่าอาจเป็นความที่ถูกแต่งเติมขึ้นในภายหลัง อย่างไรก็ตาม นิธิ เอียวศรีวงศ์ มีความเห็นว่า ความแตกต่างระหว่างทัพที่มีกษัตริย์นำมาหรือไม่มีกษัตริย์นำมาดูจะไม่แตกต่างกันมากนัก เพราะแม่ทัพทั้งสองต่างก็ปฏิบัติตามพระราชโองการของกษัตริย์ มิได้กระทำการตามอำเภอใจ หรือล่วงเข้ามาในอาณาจักรอยุธยาเพราะเห็นว่าอ่อนแอเลย สำหรับที่มาของความเชื่อนี้ สุเนตร ชุตันธรานนท์ อธิบายว่า เป็น "แนวคิดที่รับกับการอธิบายถึงความเสื่อมของอาณาจักรอยุธยาในสมัยราชวงศ์บ้านพลูหลวง"

หากแต่ประเด็นที่โดดเด่นกว่า คือ ความแตกต่างในจุดประสงค์ของสงครามคราวเสียกรุงทั้งสองครั้งมากกว่า เพราะในสมัยพระเจ้าบุเรงนอง เมื่อปี  พ.ศ. 2112 เป้าหมายในการทัพครั้งนั้นเป็นเพียงการสร้างความเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันของอาณาจักรตองอู โดยประสงค์เพียงจะตีเอากรุงศรีอยุธยาเป็นประเทศราชเท่านั้น แต่เป้าหมายในการทัพครั้งนี้ เป็นการสร้างความแตกแยกให้กับกลุ่มการเมืองทั้งหลายในอาณาจักรอยุธยา หรือไม่ก็ทำลายลักษณะทางกายภาพ ทรัพยากรมนุษย์ ทรัพย์ทางคติความเชื่อศิลปะ และทรัพย์ทางปัญญาจนไม่อาจฟื้นฟูได้

การวิเคราะห์สาเหตุทางสังคม 

การวิเคราะห์สาเหตุอันนำไปสู่การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สองได้มีการตีความในหลายประเด็น แต่การจะสรุปสาเหตุที่แท้จริงนั้นยังระบุลงไปแน่นอนมิได้

พงศาวดารไทยในอดีตส่วนใหญ่มักจะกล่าวถึงความอ่อนแอของกษัตริย์ ขุนนางและระบบราชการ ว่าเป็นประเด็นสำคัญประเด็นหนึ่งที่นำไปสู่การเสียกรุงศรีอยุธยา ประเด็นดังกล่าวนับว่าเป็นกรอบความคิดที่ส่งต่อกันมาผ่านทางจารีต การจดบันทึกและการบอกเล่า โดยเฉพาะอย่างยิ่ง พระเจ้าเอกทัศ ซึ่งถูกมองว่า "เป็นผู้ปกครองที่มีความอ่อนแอเหลวไหล...พร้อมกับแสวงหาความฟุ้งเฟ้อสนุกสนานส่วนตัวแม้ในยามศึก" จากมุมมองเดียวกันในสงครามสยาม-ฝรั่งเศส ร.ศ. 112 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงตรอมพระทัยจนประชวรหนัก เพราะทรงเห็นว่าพระองค์ไม่สามารถปกป้องแผ่นดินสยามจากฝรั่งเศสได้ และทรงเกรงว่าจะถูกติฉินนินทาสืบไป

นอกจากนี้ ต้นกรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท พระราชภาตาในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก ยังได้ทรงพระราชนิพนธ์เพลงยาวสะท้อนความรู้สึกคับแค้นพระทัยในพระเจ้าเอกทัศด้วย ความตอนหนึ่งว่า

อย่างไรก็ตาม แนวคิดซึ่งปรากฏในงานเขียนทางประวัติศาสตร์สมัยใหม่ได้พยายามมองประเด็นที่ต่างออกไปว่า พระองค์มิใช่กษัตริย์ที่อ่อนแอ หากแต่เป็นกษัตริย์ชาตินักรบพระองค์หนึ่ง และมองว่าประวัติศาสตร์ซึ่งยึดถือกันมานี้ถูกครอบงำจากเงื่อนไขทางการเมืองของชนชั้นผู้ปกครองในภายหลัง แต่ก็มีข้อเท็จจริงปรากฏว่า ผู้ปกครองในสมัยอยุธยาตอนปลายต่างก็แย่งชิงความเป็นใหญ่กันเอง บ้านเมืองสูญเสียกำลังพลและขุนนางเป็นจำนวนมากในสงครามกลางเมือง ดังที่สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงสรุปว่า "ไทยอ่อนกำลังลงด้วยการจลาจลในประเทศ ไทยด้วยกันมุ่งหมายกำจัดพวกเดียวกันเอง เนื่องจากการชิงราชสมบัติมาหลายซับซ้อนนับตั้งแต่สิ้นสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถเป็นต้นมา กรุงศรีอยุธยาจึงทรุดโทรมลงเป็นลำดับ"

การที่รัฐบาลกลางของอยุธยามีการควบคุมอำนาจท้องถิ่นอย่างหละหลวม ทำให้กรุงศรีอยุธยามีอำนาจและความสามารถในการป้องกันตนเองที่จำกัด เพราะไม่ได้รับการช่วยเหลือจากกองทัพหัวเมือง ที่ไม่ปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลกลาง ซึ่งแนวคิดดังกล่าว นิธิ เอียวศรีวงศ์ ได้เน้นเป็นพิเศษ และกล่าวว่าการเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่สอง "เป็นความล้มเหลวของระบบป้องกันตนเองของอาณาจักรมากกว่าความผิดของบุคคลหรือกลุ่มบุคคลหนึ่งเท่านั้น" ความเสื่อมโทรมของระบบการป้องกันตนเองของอาณาจักรอยุธยาอีกประการหนึ่ง คือ จำนวนไพร่ที่สามารถเรียกเกณฑ์เข้าสู่กองทัพมีน้อย เพราะรัฐบาลได้สูญเสียไพร่ให้กับเจ้านายและขุนนางไปเป็นอันมาก และอีกจำนวนหนึ่งก็หลีกเลี่ยงการขึ้นทะเบียน เช่น ชาวบ้านบางระจัน นอกจากนี้ หากจะใช้วิธีการกวาดต้อนไพร่มายังภาคกลางเพื่อตั้งกองทัพขนาดใหญ่อย่างสมัยสมเด็จพระนเรศวรก็จะก่อให้เกิดจลาจลขึ้นอีก

สุเนตร ชุตินธรานนท์ได้เสนอแนวคิดว่า จำนวนประชากรที่เติบโตหลังจากการค้าขายกับต่างชาติในสมัยอยุธยาตอนปลาย ซึ่งมีการขัดกับจารีตการปกครองเดิมจนทำให้เกิดความปั่นป่วน อันทำให้การจัดระเบียบและควบคุมเกิดความยุ่งยาก

การวิเคราะห์สาเหตุทางทหาร 
สงครามครั้งนี้เกิดในช่วงที่อำนาจทางทหารของราชวงศ์โก้นบองรุ่งเรืองเกือบถึงขีดสุด โดยนักประวัติศาสตร์ถือว่าชัยชนะเหนือจีนเป็นช่วงที่อำนาจทางทหารของราชวงศ์โก้นบองรุ่งเรืองถึงขีดสุด สาเหตุหลักที่พม่ารบชนะอยุธยาและจีนนั้น มิใช่เพราะกำลังพลหรืออาวุธที่เหนือกว่า แต่ทหารพม่ากรำศึก และมีผู้บังคับบัญชาทหารที่มีความมั่นใจและได้พิสูจน์ความสามารถมาแล้ว ขณะที่ฝ่ายผู้นำอยุธยามีประสบการณ์สงครามเพียงเล็กน้อยในสงครามพระเจ้าอลองพญาเท่านั้น ซ้ำแม้ว่าจะมีการเตรียมการสงครามอย่างกว้างขวาง แต่เมื่อสงครามมาถึง ผู้บังคับบัญชาอยุธยากลับล่าช้าและไม่ประสานงานกัน

ในสงครามคราวนี้ ฝ่ายอยุธยาประสบกับความพ่ายแพ้ทางยุทธศาสตร์อย่างเห็นได้ชัด เพราะยุทธวิธีของฝ่ายพม่าสามารถรับมือกับยุทธวิธีน้ำหลากที่ฝ่ายอยุธยามักใช้ได้เป็นผลสำเร็จหลายครั้งในประวัติศาสตร์การสงคราม นอกจากนี้ พม่ายังได้โจมตีหัวเมืองทางเหนือเพื่อป้องกันการตีกระหนาบ ก่อนกองทัพเหนือและใต้เข้าปิดล้อมพระนครพร้อมกัน ซึ่งช่วยแก้ปัญหาการขาดแคลนเสบียงได้อีกด้วย ดังนั้น ฝ่ายอยุธยาจึงไม่เหลือยุทธศาสตร์อื่นใดที่จะสู้กับพม่าได้อีก ส่วนการที่ฝ่ายอยุธยาพยายามป้องกันมิให้ข้าศึกเข้าประชิดพระนคร แต่ได้มีการจัดวางกำลังกระจัดกระจายกันเกินไป อันแสดงให้เห็นถึงข้อผิดพลาดทางด้านการข่าวอีกด้วย เพราะมีที่ตั้งทัพหลายแห่งที่พม่ามิได้ยกเข้ามาเลย ส่วนทางที่พบกับพม่านั้นก็ปราชัยทุกทิศทาง

สมเด็จพระเจ้าเอกทัศไม่แสดงความสามารถด้านการบัญชาการรบ เนื่องจากทรงมอบหมายการป้องกันบ้านเมืองแก่คณะลูกขุน ณ ศาลา

ตาม คำให้การของชาวกรุงเก่า ได้ระบุว่ามีคนไทยทรยศ ชื่อว่า พระยาพลเทพ ความว่า "...มีคนไทยชื่อ พระยาพลเทพ ข้าราชการในกรุงศรีอยุธยาเอาใจออกห่าง ลอบส่งศาสตราวุธเสบียงอาหารให้แก่พม่า สัญญาว่าจะเปิดประตู [ด้านทิศตะวันออก] คอยรับเมื่อพม่าเข้าโจมตี เข้าใจว่าเป็นบริเวณหัวรอหรือใกล้เคียง ซึ่งพม่าก็ได้ระดมเข้าตีกรุงศรีอยุธยาทางด้านนี้ ตามที่พระยาพลเทพนัดหมายไว้... 

ขัดแย้งกับ มหาราชวงษ์พงษาวดารพม่า มาจากบางตอนของพงศาวดารพม่า "มานนาน มหายาสะวินดอจี" หรือที่นักวิชาการทั่วไปรู้จักกันในนาม "พงศาวดารฉบับหอแก้ว" ไม่มีการกล่าวถึงพระยาพลเทพในฐานะไส้ศึกเลย กล่าวว่า พระยาพลเทพเป็นหนึ่งในเสนาบดีอยุธยาที่ถูกกวาดต้อนไปพม่า (ต้นฉบับภาษาพม่าสะกด ‘ภยาภลเทป’ ဘယာဘလဒေပ)

ความสำคัญ

อิทธิพลของไทยต่อวัฒนธรรมพม่า 
เชลยศึกอยุธยาที่ถูกกวาดต้อนไปกรุงอังวะนั้นได้เข้าไปมีอิทธิพลอย่างมากต่อการละครและการเต้นของพม่าในปี พ.ศ. 2332 ข้าหลวงพม่าอันประกอบด้วยเจ้าชายและรัฐมนตรีได้รับมอบหมายให้แปลละครไทยและชวาจากภาษาไทยเป็นภาษาพม่า ด้วยความช่วยเหลือจากศิลปินอยุธยาที่ถูกกวาดต้อนไปนั้น ข้าหลวงจึงสามารถแปลวรรณคดีเรื่องสำคัญได้ถึงสองเรื่อง ได้แก่ รามเกียรติ์และ อิเหนา

ผลกระทบต่อความสัมพันธ์ไทย–พม่า

มุมมองฝ่ายไทย 
ในปี พ.ศ. 2460 กรมพระยาดำรงราชานุภาพทรงตีพิมพ์ประวัติศาสตร์ความขัดแย้งอันยาวนานหลายศตวรรษระหว่างสองประเทศที่มีความเป็นชาตินิยมสูง ชื่อว่า ไทยรบพม่า ซึ่งได้มีอิทธิพลสำคัญต่อการพัฒนามุมมองประวัติศาสตร์ชาติไทย ซึ่งมักพบปรากฏในหนังสือเรียนและวัฒนธรรมสมัยนิยมในมุมมองนี้ ไม่เพียงแต่ชาวพม่าจะถูกมองว่าเป็นพวกป่าเถื่อนและก้าวร้าว แต่ว่าอยุธยาพ่ายแพ้ในสงครามเพราะว่าขาดการเตรียมตัวและเกิดการแตกแยกภายในอีกด้วย พระมหากษัตริย์ผู้ทรงนำประชาชน อย่างเช่น สมเด็จพระนเรศวรมหาราชและพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงทำสงครามปลดปล่อยชาติจากการครอบงำของข้าศึก และการศึกสมัยโบราณระหว่างผู้ปกครองสองฝ่ายได้กลายมาเป็นสงครามระหว่างชาติไป

ล่าสุด นักวิชาการจำนวนมากขึ้นได้เตือนการมองประวัติศาสตร์คริสต์ศตวรรษที่ 16 และ 18ในกรอบความคิดของคริสต์ศตวรรษที่ 20 นักประวัติศาสตร์ แดเนียล ซีคินส์ เขียนว่า "สงครามไทย-พม่าทั้ง 24 ครั้ง ที่กรมพระยาดำรงราชานุภาพอธิบายนั้น เป็นสงครามระหว่างพระมหากษัตริย์มากกว่าสงครามระหว่างชาติ" และ "ชาวสยามคนสำคัญในสมัยนั้น รวมทั้งพระราชบิดาของสมเด็จพระนเรศวร สมัครพระทัยยอมรับอำนาจเหนือกว่าของพม่า" นักประวัติศาสตร์อีกคนหนึ่ง เฮเลน เจมส์ เขียนว่า "โดยพื้นฐาน สงครามเหล่านี้เป็นการต่อสู้ช่วงชิงความเป็นใหญ่ในภูมิภาคและในหมู่ราชวงศ์ และไม่ใช่ทั้งความขัดแย้งระหว่างชาติหรือชาติพันธุ์เลย" สุดท้าย ทหารเกณฑ์สยามจำนวนมากมีส่วนในการโจมตีกรุงศรีอยุธยา มุมมองนี้ถูกสะท้อนในวิชาการไทยสมัยใหม่ อย่างเช่น นิธิ เอียวศรีวงศ์ และสุเนตร ชุติธรานนท์ สุเนตร เขียนว่า "ทัศนคติแง่ลบที่มีต่อชาวพม่านั้นเกิดขึ้นไม่เพียงแต่เฉพาะผลจากความสัมพันธ์ในอดีตเท่านั้น แต่เป็นผลจากอุบายทางการเมืองของรัฐบาลชาตินิยมมากกว่า โดยเฉพาะอย่างยิ่ง รัฐบาลทหาร"

อย่างไรก็ตาม มุมมองทางวิชาการสมัยใหม่ยังมิได้แทนที่มุมมองของกรมพระยาดำรงราชานุภาพในหนังสือเรียนหรือวัฒนธรรมสมัยนิยม ซึ่งเป็นการส่งเสริมความรู้สึกเป็นปรปักษ์ในหมู่ประชาชนชาวไทยต่อพม่า ความเป็นปรปักษ์นี้อย่างน้อยผู้นำทางการเมืองของไทยได้แสดงออกมาในนโยบาย "พื้นที่กันชน" ของไทย ซึ่งได้จัดหาที่พัก ซึ่งในหลายโอกาสได้กระตุ้นอย่างแข็งขันและ "ให้การสนับสนุน" กลุ่มเชื้อชาติต่อต้านรัฐบาลพม่าหลายกลุ่มแนวชายแดน

มุมมองฝ่ายพม่า 
เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2497 อู นุ นายกรัฐมนตรีคนแรกของสหภาพพม่า ได้กล่าวขอโทษต่อสาธารณะถึงการกระทำผิดศีลธรรมในอดีตของพม่าระหว่างการเดินทางเยือนกรุงเทพมหานครอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตาม ชาวพม่าส่วนใหญ่ในปัจจุบันทราบถึงรายละเอียดการขยายอาณาเขตของพระมหากษัตริย์ในอดีตเพียงผิวเผิน ทำให้หลายคนไม่ทราบถึงเหตุผลทางประวัติศาสตร์เบื้องหลังความเป็นปรปักษ์ของไทย และนโยบายพื้นที่กันชนของไทย ชาวพม่าจำนวนมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในหมู่ทหาร ไม่เชื่อในการรับประกันของรัฐบาลไทยที่ว่าไทยจะไม่ยินยอมให้มีกิจกรรมใด ๆ อัน "บั่นทอนเสถียรภาพของประเทศเพื่อนบ้าน"

ดูเพิ่ม 
 ความสัมพันธ์พม่า-ไทย
 ราชวงศ์โก้นบอง

เชิงอรรถ 
I. ในหลักฐานของทั้งสองฝ่ายพบว่ามีเวลาที่เสียกรุงแตกต่างกัน หลักฐานไทยกล่าวว่า การเสียกรุงเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ. 2310 (เมื่อเทียบกับการนับเวลาทางจันทรคติ)ในพงศาวดารพม่าระบุว่า ทัพพม่าตีเข้าพระนครศรีอยุธยาได้ในเวลาตี 4 กว่า ของวันพฤหัสบดี ขึ้น 11 ค่ำ เดือนเมษายน พุทธศักราช 2310 ตรงกับจุลศักราช 1129  นอกจากนี้ ยังมีบันทึกอีกว่า พม่าสามารถเข้ากรุงศรีอยุธยาได้ในวันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2310 ซึ่งสาเหตุที่นับวันแตกต่างกันนี้ อาจเนื่องมาจากนับวันที่ต่างกัน หรือใช้หลักเกณฑ์แตกต่างกันก็เป็นได้

II. ในพงศาวดารไทยและพม่ากล่าวตรงกันว่ามังมหานรธาป่วยไข้ตาย แต่ระบุระยะเวลาตายไม่แน่นอน ส่วนในหนังสือ History of Siam ของ Turpin กล่าวว่า การตายของมังมหานรธามีสาเหตุจากปมความขัดแย้งกับเนเมียวสีหบดี  พระเจ้ามังระทรงแต่งตั้ง เมงเย เมงละอูสะนา (เจ้าเมืองเมาะตะมะ) ขึ้นเป็นแม่ทัพแทนมังมหานรธา แต่อำนาจทั้งหมดก็เหมือนกับจะตกอยู่ในมือของเนเมียวสีหบดีแต่เพียงผู้เดียว

III.  หม่องทินอ่อง เขียนใน "ประวัติศาสตร์พม่า" ว่า "ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1766 กองทัพพม่าทั้งสองรวบรวมรี้พลได้ประมาณ 50,000 คน พอ ๆ กับที่กษัตริย์อยุธยาทรงรวบรวมได้ที่อยุธยา" ส่วนตัวเลขของเดวิด เค. วัยอาจ ระบุไว้ว่าการป้องกันทางใต้ของอยุธยามีทหารจำนวนมากกว่า 60,000 นาย แต่จำนวนดังกล่าวอาจมิใช่กำลังพลทั้งหมดของอาณาจักรอยุธยาในยามนั้นก็เป็นได้ เพราะอาจยังไม่นับรวมทหารที่เกณฑ์มาจากหัวเมือง หรือรวมทหารซึ่งถูกส่งออกไปรับศึกยังหัวเมืองรอบนอก และทหารอยุธยาอีกไม่ทราบจำนวนที่น่าจะไม่ได้เข้าร่วมรบจริง ๆ

IV.  จำนวนกำลังพลในกองทัพพม่าถูกระบุไว้ในจำนวนที่แตกต่างกันไป:ใน ประวัติศาสตร์ไทย ของ พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ ระบุไว้ที่ 40,000 นาย (เนเมียวสีหบดีและมังมหานรธาคนละ 20,000 นาย);ใน ประวัติศาสตร์พม่า ของ หม่องทินอ่อง ระบุไว้ที่ 50,000 นาย;ใน พงศาวดารฉบับราชวงศ์โก้นบอง ระบุไว้ที่ 73,000 นาย;ใน การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ พ.ศ. ๒๓๑๐ ของ พลตรี จรรยา ประชิตโรมรัน ระบุไว้ที่ 78,000 นาย;ใน คำให้การชาวกรุงเก่า ระบุไว้ที่ 80,000 นาย; ศ. ขจร สุขพานิช ได้ประเมินไว้ที่ 120,000 นาย (ภายใต้เนเมียวสีหบดี 70,000 และภายใต้มังมหานรธา 50,000)

V. ในพงศาวดารฉบับพระราชหัตถเลขา เล่ม 2 หน้า 299 ได้กล่าวว่า "พม่าเสียรี้พลประมาณสามพันสี่พันนายทั้งป่วยไข้ตาย ชาวเมืองอยุทยาเสียคนประมาณสองแสนเศษ ทั้งตายด้วยอาวุธและป่วยไข้ตาย" ซึ่ง ชัย เรืองศิลป์ ได้ประมาณว่า มีชาวอยุธยาเสียชีวิตจากการอดอาหารตายมากกว่าต้องอาวุธศัตรูถึงห้าหกเท่า

อ้างอิง

บรรณานุกรม 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 M.L. Manich Jumsai. Paular History of Thailand. Bangkok : Chalerm-nit, 1972.
 สมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ. ไทยรบกับพม่าฉบับรวมเล่ม. พระนคร : ศิลปาบรรณาคาร, 2524.
 กรมศิลปากร. คำให้การของชาวกรุงเก่า คำให้การของขุนหลวงหาวัด และพระราชพงศาวดารกรุงเก่าฉบับหลวงประดิษฐ์อักษรนิติ. [ม.ป.ท.] : คลังภาษา, 2515.
 พระราชวรวงศ์เธอ กรมหมื่นพิทยาลงกรณ์. สามกรุง. พระนคร : คลังวิทยา, 2511.
 ขจร สุขพานิช. ข้อมูลประวัติศาสตร์ : สมัยบางกอก. กรุงเทพฯ : โรงพิมพ์คุรุสภาลาดพร้าว, 2531.
 จรรยา ประชิตโรมรัน. การเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ พ.ศ. ๒๓๑๐. กรุงเทพฯ : สำนักพิมพ์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2547.
 ชัย เรืองศิลป์. ประวัติศาสตร์ไทยสมัย พ.ศ. ๒๓๕๒-๒๔๕๓ ด้านเศรษฐกิจ. กรุงเทพฯ : ไทยวัฒนาพานิช, 2541.
 ดนัย ไชยโยค. (2550). ประวัติศาสตร์ไทย: ยุคอาณาจักรอยุธยา. โอ. เอส. พริ้นติ้ง เฮ้าส์.
 เทพมนตรี ลิมปพยอม. "เกร็ดความรู้คราวเสียกรุง". สยามอารยะ. ปีที่ 2 ฉบับที่ 16 ประจำเดือนเมษายน พ.ศ. 2537.
 นิธิ เอียวศรีวงศ์. การเมืองไทยสมัยพระเจ้ากรุงธนบุรี. กรุงเทพฯ : มติชน, 2550.
 บูญเทียม พลายชมภู. พม่า ภูมิหลังทางประวัติศาสตร์. กรุงเทพฯ : โอเดียนสโตร์, 2548.
 ประชุมพงศาวดารฉบับหอสมุดแห่งชาติเล่ม 9. พระนคร : ก้าวหน้า, 2508.
 ประชุมพงศาวดาร ภาคที่ 39. [ม.ป.ท.] : [ม.ป.พ.], 2508.
 ประพิณ ออกเวหา. อยุธยาเมืองเก่าของเราแต่ก่อน. กรุงเทพฯ : ซีเอ็ดบุ๊ค, 2546.
 พระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยาฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) . [ม.ป.ท.] : [ม.ป.พ.], [ม.ป.ป.].
 พลาดิสัย สิทธิธัญกิจ. ประวัติศาสตร์ไทย. [ม.ป.ท.] : ตถาตา พับลิเคชั่น, 2547.
 พิเศษ เจียจันทร์พงษ์. พระมหาธรรมราชากษัตราธิราช. กรุงเทพฯ : มติชน, 2546. ISBN 974-322-818-7
 ลำจุล ฮวบเจริญ. เกร็ดพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา. พิมพ์ครั้งที่ 3. กรุงเทพฯ : The Knowledge Center, 2548. ISBN 974-9517-04-0
 วัลลภา รุ่งศิริแสงรัตน์. บรรพบุรุษไทย: สมัยอยุธยา. กรุงเทพฯ : โรงพิมพ์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2545.
 สุเนตร ชุตินธรานนท์. สงครามคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ ๒ ( พ.ศ. ๒๓๑๐) : ศึกษาจากพงศาวดารพม่า ฉบับราชวงศ์คองบอง. กรุงเทพฯ : สยาม, 2541.
 หม่องทินอ่อง. ประวัติศาสตร์พม่า. เพ็ชรี สุมิตร แปล. [ม.ป.ท.] : มูลนิธิโตโยต้าประเทศไทย, 2548.
 หลวงประเสริฐอักษรนิติ์. (ร.ศ. 120). หนังสือพระราชพงศาวดาร เล่ม 3. พระนคร : โรงพิมพ์พิศาลบรรณนิติ์.
 อนันต์ อมรรตัย. คำให้การชาวกรุงเก่า. กรุงเทพฯ : จดหมายเหตุ, 2510. ISBN 9748789578
 อาทร จันทวิมล. ประวัติของแผ่นดินไทย. พิมพ์ครั้งที่ 2. กรุงเทพฯ : สำนักพิมพ์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย, 2537. ISBN 974-584-663-5
 ๕๓ พระมหากษัตริย์ไทย : ธ ครองใจไทยทั้งชาติ. กรุงเทพฯ : โอเดียนสโตร์, 2543. ISBN 9742777519

 
การเสียกรุงศรีอยุธยา
สงครามพม่า–สยาม
สงครามเกี่ยวข้องกับอาณาจักรอยุธยา
การเสียเมืองหลวง
การล่มสลายของอาณาจักรอยุธยา
พระเจ้ามังระ
สมเด็จพระที่นั่งสุริยาศน์อมรินทร์
ประเทศไทยในปี พ.ศ. 2307
ประเทศไทยในปี พ.ศ. 2308
ประเทศไทยในปี พ.ศ. 2309
ประเทศไทยในปี พ.ศ. 2310