อนุกรมวิธาน
อนุกรมวิธานวิทยา () ซึ่งมีรากศัพท์จากคำในภาษากรีกโบราณว่า  (การจัดเรียง) และ  (กฎ, ธรรมเนียม) เป็นการจัดจำแนกสิ่งมีชีวิตออกเป็นหมวดหมู่ตามสายวิวัฒนาการ
อนุกรมวิธานเป็นวิชาที่ว่าด้วยกฎเกณฑ์เกี่ยวกับ
 การจัดจำแนกสิ่งมีชีวิต (classification) ออกเป็นหมวดหมู่ต่าง ๆ 
 การกำหนดชื่อสากลของหมวดหมู่และชนิดของสิ่งมีชีวิต (nomenclature)
 การตรวจสอบชื่อวิทยาศาสตร์ของสิ่งมีชีวิต (identification)
ในการศึกษาอนุกรมวิธานจะมีศัพท์ที่ใช้เรียกแตกต่างกันออกไป ถ้าหากการศึกษาเป็นไปในทางรวบรวมตัวอย่าง (specimen)

บิดาแห่งอนุกรมวิธานวิทยา คือ คาร์ล ลินเนียส นักพฤกษศาสตร์ชาวสวีเดน

ประวัติ 
จุดเริ่มต้นของการจัดจำแนกสิ่งมีชีวิตในรูปแบบอนุกรมวิธาน เกิดขึ้นจากการศึกษาของนักพฤกษศาสตร์ชาวสวีเดนชื่อ คาร์ล ลินเนียส และได้แก้ไขใหม่โดยการตรวจสอบและเรียบเรียงใหม่โดยนักชีววิทยาชาวอเมริกันชื่อ คาร์ล ริชาร์ด โวส (Carl Richard Woese) ในปี ค.ศ. 1990 โดยเพิ่มโดเมนหรือเขต (domain) เหนืออาณาจักร (kingdom)

การจัดหมวดหมู่ของสิ่งมีชีวิต 
การจัดสิ่งมีชีวิตให้เป็นหมวดหมู่ตามลำดับจากใหญ่ไปหาเล็กหรือจากเล็กไปหาใหญ่ ในที่นี้ขอแสดงตัวอย่างจากใหญ่ไปหาเล็ก เริ่มต้นจาก
 โดเมน (domain, empire, superregnum) เช่น มนุษย์ อยู่ในโดเมน Eukaryota
 อาณาจักร (kingdom, regnum) เช่น อาณาจักรสัตว์ (Animalia) และอาณาจักรพืช (Plantae) 
 ไฟลัม (phylum) เช่น มนุษย์ อยู่ในไฟลัม Chordata
 ไฟลัมย่อย (subphylum) เช่น มนุษย์ ไฟลัมย่อยคือ Vertebrata
 ชั้น (class) เช่น มนุษย์ ชั้น Mammalia
 ชั้นย่อย (subclass) เช่น มนุษย์ ชั้นย่อย Theria
 อันดับ (order) เช่น มนุษย์ อันดับ Primates และยังสามารถจัดแบ่งออกเป็น อันดับใหญ่ (superorder) อันดับย่อย (suborder)
 วงศ์ (family) ในสัตว์จะลงท้ายด้วย -idae เช่น มนุษย์ วงศ์ Hominidae และในพืชจะลงท้ายด้วย -aceae เช่น อันดับ Poales มีวงศ์ทั้งหมด 14 วงศ์ เช่น วงศ์ Bromeliaceae, Cyperaceae
 วงศ์ย่อย (subfamily) โดยในพืช จะลงท้ายด้วย -ideae เช่น วงศ์ Arecaceae มีทั้งหมด 5 วงศ์ย่อย คือ Arecoideae, Calamoideae, Ceroxyloideae, Coryphoideae, Nypoideae
 เผ่า (tribe) โดยในพืช จะลงท้ายด้วย -ae เช่น วงศ์ย่อย Arecoideae มีทั้งหมด 14 เผ่า เช่น Areceae, Chamaedoreeae, Cocoseae, Euterpeae, Geonomateae
 เผ่าย่อย (subtribe)
 สกุล (genus) เช่น สกุล Aechmea 
 สกุลย่อย (subgenus) ในพืช 1 สกุล อาจมีสกุลย่อยเพียง 1 สกุลย่อย แต่พืชบางชนิดใน 1 สกุล อาจมีสกุลย่อยมากกว่า 1 สกุลย่อย
 สปีชีส์หรือชนิด (species)
 สายพันธุ์หรือพันธุ์ (variety) วิธีใช้ คือ เคาะวรรค หลัง สปีชีส์ var.

 แต่ละอาณาจักร จะแบ่งออกได้เป็นหลายไฟลัมในสัตว์ และหมวดหรือส่วนในพืช
 แต่ละไฟลัม (ในสัตว์) หรือแต่ละหมวด (ในพืช) สามารถแบ่งย่อยได้เป็นหลายชั้น
 แต่ละชั้น สามารถแบ่งย่อยได้เป็นหลายอันดับ
 แต่ละอันดับ สามารถแบ่งย่อยได้เป็นหลายวงศ์
 แต่ละวงศ์ สามารถแบ่งย่อยได้เป็น หลายวงศ์ย่อย, หลายสกุล
 แต่ละสกุล สามารถแบ่งย่อยได้เป็นหลายสปีชีส์หรือชนิด

การจัดหมวดหมู่เริ่มตั้งแต่การแบ่งแบบคร่าว ๆ ในระดับอาณาจักร ซึ่งในระดับนี้จะแบ่งสิ่งมีชีวิตในโลกออกเป็น 5 อาณาจักร คือ

 อาณาจักรสัตว์ 
 อาณาจักรพืช ได้แก่ พืชทุกชนิด
 อาณาจักรโปรติสตา (กึ่งพืชกึ่งสัตว์) ได้แก่ สาหร่ายต่าง ๆ ราเมือก และโปรโตซัว
 อาณาจักรเห็ดรา ได้แก่ เห็ด รา และยีสต์
 อาณาจักรโมเนอรา ได้แก่ แบคทีเรียและสาหร่ายสีเขียวแกมน้ำเงิน

ในความเป็นจริงแล้ว การแบ่งสิ่งมีชีวิตในโลกนั้น หนังสือบางเล่มบอกว่ามีมากกว่า 5 อาณาจักร เช่น มีอาณาจักรไวรอยส์ (ไวรัส ไวรอยด์ และสิ่งมีชีวิตที่ไม่เป็นเซลล์) แต่อาณาจักรอื่น ๆ หรือการแบ่งอาณาจักรแบบอื่น ๆ ยังไม่ได้รับการยอมรับจากวงการชีววิทยาเท่าที่ควร ในตำราเรียนของกระทรวงศึกษาธิการ จึงยังใช้การแบ่งแบบ 5 อาณาจักรอยู่

การแบ่งในระดับอาณาจักร จะแบ่งสิ่งมีชีวิตได้เพียง 5 ประเภท แต่เมื่อแบ่งในระดับที่ละเอียดขึ้น ก็จะแบ่งได้หลายประเภทมากขึ้น ซึ่งเมื่อแบ่งละเอียดถึงระดับสปีชีส์ แล้ว สิ่งมีชีวิตในโลกจะแบ่งได้เป็นล้าน ๆ ประเภท

การเรียกสิ่งมีชีวิตโดยใช้หลักอนุกรมวิธาน จะเรียกโดยเริ่มจากอาณาจักร ไปไฟลัม ไปชั้น ไปอันดับ ไปวงศ์ ไปสกุล ไปสปีชีส์ เช่น การจะเรียกมนุษย์สายพันธุ์ปัจจุบันโดยใช้หลักอนุกรมวิธาน จะเรียกได้ดังนี้

Domain Eukaryota
Kingdom Animalia (อาณาจักรสัตว์)
Phylum Chordata
Subphylum Vertebrata
Class Mammalia
Subclass Theria 
Infraclass Eutheria
Order Primates
Family Hominidae
Genus Homo
Species Homo sapiens

ความแตกต่างระหว่างสายพันธุ์ต่าง ๆ นั้น จะมากหรือน้อยขึ้นอยู่กับว่า การเรียกแบบอนุกรมวิธานนั้นจะแตกต่างในระดับใด เพราะถ้าหากสิ่งมีชีวิตสองชนิด มีความแตกต่างกันที่ระดับหนึ่ง ๆ แล้ว ระดับที่อยู่ต่ำลงไปก็จะแตกต่างไปด้วยเสมอ เช่น นำสิ่งมีชีวิตสองชนิดเปรียบเทียบกัน พบว่า ตั้งแต่อาณาจักรถึงวงศ์เหมือนกัน แต่สกุลไม่เหมือนกัน ก็จะพลอยทำให้สปีชีส์ไม่เหมือนกันไปด้วย เช่นนี้เป็นต้น

นอกจากนี้ สิ่งมีชีวิตส่วนใหญ่ จะผสมพันธุ์กับสิ่งมีชีวิตที่มีชื่ออนุกรมวิธานเหมือนกันทั้ง 7 ระดับเท่านั้น การผสมข้ามสายพันธุ์จะถูกขัดขวางโดยกระบวนการธรรมชาติ เช่น ฤดูผสมพันธุ์ที่ไม่ตรงกัน, ลักษณะอวัยวะสืบพันธุ์ที่ไม่เหมือนกัน, การอาศัยอยู่ในพื้นที่ ๆ ลักษณะทางภูมิศาสตร์ต่างกัน ฯลฯ แต่ถึงกระนั้น ก็ยังมีบางกรณีที่สิ่งมีชีวิตเกิดการผสมข้ามสายพันธุ์ ซึ่งธรรมชาติก็จะหาทางให้ไม่เกิดการปฏิสนธิ เช่น ให้อวัยวะสืบพันธุ์ของเพศเมีย หากได้รับเชื้อจากเพศผู้ที่ต่างสปีชีส์กัน จะหลั่งสารยับยั้งและฆ่าเชื้อจากตัวผู้ตัวนั้น หรือถ้าสิ่งมีชีวิตบางชนิดไม่มีสารเหล่านี้ จนเชื้อของเพศผู้สามารถเข้าไปได้ ก็จะไม่เกิดการถ่ายทอดยีน เพราะยีนของสิ่งมีชีวิตข้ามสายพันธุ์ไม่เหมือนกัน

แต่ในบางกรณีที่เกิดการปฏิสนธิและออกลูกมาได้จริง ๆ จะเรียกว่า ลูกผสม ซึ่งลูกผสมจะมีชะตากรรมอย่างในอย่างหนึ่งใน 3 กรณีต่อไปนี้
 อายุสั้น
 เป็นหมัน (เช่น ตัวล่อ ที่เกิดจากม้า+ลา)
 ออกลูกได้อีกเป็นลูกผสมรุ่นที่ 2 แต่ลูกผสมรุ่นที่ 2 นี้ จะเป็นหมันแน่

จริง ๆ แล้ว ยังมีการแบ่งสิ่งมีชีวิตออกเป็นซับสปีชีส์หรือชนิดย่อยได้อีก แต่ส่วนใหญ่จะพูดถึงกันแค่ระดับสปีชีส์ เพราะซับสปีชีส์คือการแบ่งประเภทของสปีชีส์ต่ออีกรอบ แต่ก็ยังอยู่ใน สปีชีส์เดียวกัน สิ่งมีชีวิตสามารถผสมข้ามซับสปีชีส์ได้ตามปกติโดยไม่ก่อให้เกิดปัญหาใด ๆ ความแตกต่างระหว่างซับสปีชีส์น้อยมาก ดังนั้น ส่วนใหญ่จึงพูดถึงกันละเอียดที่สุดที่ระดับสปีชีส์

หลักเกณฑ์ในการตั้งชื่อในทางวิทยาศาสตร์ 
 ใช้ชื่อภาษาละตินเสมอ เพราะภาษาละตินเป็นภาษาที่ไม่มีการใช้เป็นภาษาพูดแล้ว โอกาสที่ความหมายจะเพี้ยนไปเมื่อเวลาผ่านไปนาน ๆ จึงมีน้อย
 ชื่อทางวิทยาศาสตร์ของพืชและสัตว์จะเป็นอิสระไม่ขึ้นต่อกัน
 ชื่อวิทยาศาสตร์ของพืชและสัตว์แต่ละหมวดหมู่จะมีชื่อที่ถูกต้องที่สุดเพียงชื่อเดียว
 ชื่อหมวดหมู่ในลำดับขั้นวงศ์ลงไป ต้องมีตัวอย่างต้นแบบของสิ่งมีชีวิตนั้นประกอบการพิจารณา เช่น ชื่อวงศ์ในพืช จะลงท้ายด้วย -aceae แต่ในสัตว์ จะลงท้ายด้วย -idae
 ชื่อในลำดับขั้นสกุลจะใช้ตัวอักษรตัวใหญ่นำหน้า และตามด้วยอักษรตัวเล็ก
 ชื่อในลำดับขั้นสปีชีส์จะประกอบด้วย 2 คำ โดยคำแรกจะดึงเอาชื่อสกุลมา แล้วคำที่สองจึงเป็นคำระบุชนิด (specific epithet) ซึ่งจะขึ้นต้นด้วยอักษรตัวเล็ก
 ชื่อในลำดับขั้นสปีชีส์จะเขียนตัวเอน หรือ ขีดเส้นใต้เสมอ

ตัวอย่างชื่อเรียกอนุกรมวิธาน

บรรพบุรุษของมนุษย์ 
เป็นสิ่งมีชีวิตที่ยังไม่จัดเป็นมนุษย์ แต่ว่าได้เริ่มแยกเผ่าพันธุ์ออกมาจากบรรพบุรุษร่วมระหว่างลิงและมนุษย์แล้ว สามารถเดินสองขาได้ ใช้ชีวิตทั้งบนพื้นดินและบนต้นไม้  นับเป็นจุดเริ่มต้นของเผ่าพันธุ์มนุษย์ มีชีวิตในช่วง 3,900,000 - :2,900,000 ปีก่อน มีชื่อเรียกแบบอนุกรมวิธานดังนี้

โดเมน (Domain): Eukarya
อาณาจักร (Kingdom): Animalia (อาณาจักรสัตว์)
ไฟลัม (Phylum): Chordata
ชั้น (Class): Mammalia
อันดับ (Order): Primates
วงศ์ (Family): Hominidae
สกุล (Genus) : Australopithecus
สปีชีส์ (Species): Australopithecus afarensis

จะสังเกตว่า ตั้งแต่ระดับอาณาจักรจนถึงระดับวงศ์รวม 5 ระดับ เหมือนมนุษย์ปัจจุบัน แต่สกุลต่าง ดังนั้นสปีชีส์จึงต่างไปด้วย

การศึกษาการอนุกรมวิธานในประเทศไทย
อาจจะถือได้ว่าในการศึกษาอนุกรมวิธานในประเทศไทย ปรากฏอย่างเป็นทางการครั้งแรกในสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) ในชื่อ สัตวาภิธาน แต่งโดย พระยาศรีสุนทรโวหาร (น้อย อาจารยางกูร) ซึ่งเป็นคำโคลง เกี่ยวกับการจำแนกสัตว์ที่มีขาหลากหลาย (พหุบาท) ได้แก่ แมลง, แมง และครัสเตเชียน

อ้างอิง

ดูเพิ่ม 
 การจำแนกชั้นทางวิทยาศาสตร์ 

ระบบการเรียกชื่อสิ่งมีชีวิต
อนุกรมวิธาน (ชีววิทยา)